学部在保护文献文物方面有两项重要贡献：
    其一，抢救濒临毁灭的内阁大库文书。
    大库是清代内阁放置和保管档案、书籍之所，位于东华门内、文华殿东、协和门西面，分为东西共20大间房。“书籍多为明文渊阁藏书之孑遗，档案则清列朝的朱谕、内外臣工的题本、奏本、外藩属国的表章、历科殿试的大卷，备在其中，由内阁典籍厅掌管”（注：罗继祖：《庭闻忆略--回忆祖父罗振玉的一生》，吉林文史出版社1987年版，第44～45页。）。平时库藏听其堆积，无人过问，损坏严重。1909年，载沣令阁臣于库中查找清初摄政典礼之旧档而未得，阁臣奏称库中无用旧档太多，请旨焚毁，得旨允行。罗振玉推测内阁应有宋元明历代珍版书籍，建议张之洞奏请拨归学部贮存于图书馆，其“片纸只字也不得遗弃”。开始整理之事由内阁中书曹元忠等人担任，仍欲分别存弃，而暗中多有窃取。罗见状后“急告宝侍郎，以大库之书乃宋、元、明三代之菁华，即零断缣叶，亦非海内藏家所得见，请不待整理，速移部中。”（注：罗振玉来函四，见《艺风堂友朋书札》下，上海古籍出版社1981年版，第999页。）张之洞立即派员将书籍全部运归学部保存。除古籍外， 内阁原拟焚毁的大批前朝奏章亦经张之洞、罗振玉、宗华、宝熙等学部官员的努力和争取，几经周折，亦归学部。严修先期于1909年10月22日同宝熙“往内观所藏，先至大库一看，内储题本极多，任检一、二本，皆乾隆前物也。”（注：严修自订，高凌霄补：《严修先生年谱》，齐鲁书社1990年版，第234页。）因经费拮据，保存所需之五、 六千只木箱难以筹集，学部会计司长宗梓山与罗振玉反复商议，请唐景崇拨款千元，装入8000个废弃米袋，运归学部，奏折案卷藏诸国子监之南学，历科殿试卷则藏诸学部大堂之后楼（注：罗振玉：《贞松老人遗稿甲集·集寥编》，辛巳秋印行，第28页；王国维：《库书楼记》，《观堂集林》卷二三，丁卯秋校印。）。既而学部先后派罗振玉、缪荃孙等人整理编目，成《京师图书馆善本书目》八卷。以今日眼光看，学部的保存措施固然不够得力，但正是由于学部官员的远见卓识和不懈努力，及时采取措施，内阁大库的珍贵藏书和明末清初重要档案史料才得以流传下来。
    其二，保存、收集与抢救敦煌石室遗书经卷。
    首先，保存与收集敦煌石室遗书经卷。敦煌文物为祖国文化的奇珍瑰宝现已众所周知，但在清末，对敦煌文物价值的了解和认识，还局限于京师的少数学者士绅。斯坦因、伯希和相继劫走大量莫高窟宝藏，地方官绅茫然无知，率先知情并起而设法亡羊补牢的，正是学部官员。他们主要采取两方面措施：（1）对于已经流失域外的文献，用抄录、 影写、照相等方法，了解保存，流传于世。1909年伯希和为法国国家图书馆采购图书再度来华至北京时，“行箧尚存秘籍数种”（注：沈竑译：《伯希和演说》，罗振玉辑：《流沙访古记》。）。罗振玉闻讯，携当时在学部编译图书局任职的王国维等赶赴伯氏下榻处拜访参观，并与伯氏妥商“尽照其已携归巴黎者”（注：1909年10月2 日罗振玉来函，《汪康年师友书札》（三），上海古籍出版社1987年版，第3169页。）。此事在京师学术界引起小小轰动，“索观者络绎不绝”，学部官员王仁俊、蒋黻皆日以继夜抄写，并要求伯氏将其掠至法国的经卷古籍寄邮印本回华（注：王仁俊：《敦煌石室真迹录·自序》。）。10月4日， 以学部官员为主的京师学者在六国饭店设宴招待伯希和，出席者有宝熙、刘廷琛、柯劭忞、江瀚、王仁俊、徐坊、蒋黻以及董康、吴寅臣等多人。席间学部诸官员再次要求伯氏“归后择精要之本照出大小一如原式，寄还中国”（注：沈竑译：《伯希和氏演说》；恽毓鼎：《澄斋日记》，孔祥吉：《晚清佚闻丛考--以戊戌维新为中心》，巴蜀书社1998年版，第63页。）。通过伯氏，他们获悉敦煌秘籍的存佚消息，开始设法收集和保存有关文献，发韧了中国的敦煌学研究。中国学者还“组织一会，筹集巨资，以供照印之费”（注：神田喜一郎：《敦煌学五十年》，《神田喜一郎全集》第9卷，第256～258 页； 梅村坦：《敦煌探险·研究史》，第155～156页。）。 但由于经费筹集几经周折，最后罗振玉出资2000元办理此事。伯希和归国后确曾履行承诺，后因“写真师身故，致寄出迟滞”（注：《艺风堂友朋书札》下，上海古籍出版社1981年版，第1000、1009～1010页。罗振玉来函，台北中央研究院近代史研究所史料丛刊（30）：《匋斋（端方）存牍》，第164页。 编者系是函于宣统元年冬，似以翌春为妥。），先期寄来的408 张照片目录则已存于京师大学堂。（2）与此同时， 为保存这些珍贵文献，罗振玉、蒋黻、缪荃孙等学部官员还努力将劫后复得者编辑出版，以广流传，先后出版的有罗、蒋校录《敦煌石室遗书》，王仁俊《敦煌石室真迹录》七辑，蒋黻《沙洲文录》一卷。
    其次，抢救保护残存的敦煌遗书。罗振玉等人从伯希和处得知敦煌石室中尚有约6000残卷，即请学部致电地方官员设法保护，即再三商请学部堂官致电地方官员设法保护。伯希和尚未离京，10月3日， 学部即致电护理甘督毛庆蕃：“请饬查检齐千佛洞书籍解部，并造象古碑，勿令外人购买”，第一次以中央政府部门的名义，正式要求地方行政机关保护敦煌文物（注：《行陕甘总督请饬查验检齐千佛洞书籍解部并造象古碑勿令外人购买电》，《学部官报》第104期，1909年10月。）。 经学部联络，1909年护理甘督派人送来一卷写经样本。学部堂官开始担心价高，颇感为难，罗以自己的薪俸作保，建议由京师大学堂出款购藏（注：罗继祖：《庭闻忆略--回忆祖父罗振玉的一生》，吉林文史出版社1987年版，第40～41页。）。电文发出一月后，甘肃复电，说明经文已购妥，共6000卷。因所需款项远低于预计，学部决定仍留部中。（注：罗振玉来函四，《艺风堂友朋书札》下，第1000页；另参《汪康年师友书札》（三），第3169～3170页。）