然而，学部并不能像保护文渊阁旧籍那样，以收归部管杜绝失窃，敦煌文物在运送过程中及抵达学部之后，连遭荼毒。关于这一历史悬案，罗振玉有如下记述：“及甘省派员解送京师，委员某为江西人，到京不先至部，而住其同乡某家，其同乡乃竭日夜之力尽窜取其菁华。卷数不足乃裂一轴为二、三以充之，解部后予等转不得见”（注：罗振玉：《集寥编》，第28页。）。罗继祖怀疑合谋犯事者为甘肃布政使何彦升父子及其儿女亲家李盛铎、京师大学堂总监督刘廷琛等人（注：《庭闻忆略--回忆祖父罗振玉的一生》，吉林文史出版社1987年版，第41页。何彦升于1910年8月25日授新疆巡抚，未到任即于11月死于途中。 ）。学部侍郎宝熙闻讯，准备上奏参劾，因辛亥革命爆发而未及实行。学部为此扣留甘省押解员傅宝华，“部中有主究诘者片传不放行。经人关说，以此事无佐验而罢。”（注：甘孺辑述：《永丰乡人行年录》（罗振玉年谱），江苏人民出版社1980年版。）其实窃案虽无佐证，率尔放行的重要原因还在“堂宪本不深求”（注：吴昌绶：《松邻书札》致张祖廉札，引自《庭闻忆略--回忆祖父罗振玉的一生》，第41页。），一旦有人托请，便顺水推舟，糊涂了结。
    据罗振玉回忆，敦煌遗书遭窃在运抵学部前夕。但罗所知得自风传，仍系揣测之词。从《学部为续送敦煌唐人写经致京师图书馆片》可知，由甘督委解学部的敦煌经卷18箱，已于1910年送往京师图书馆，但后来再度由学部通知京师图书馆查收“据原解委员续行呈到写经二十二卷、粘片二本”（注：《学部为续送敦煌唐人写经致京师图书馆片》，《中国古代藏书与近代图书馆史料》，第137～138页。）。学部在其所附清单中，详细记录每本页数、有无年款、每卷写经的起止文字，像是追缴归案的盗赃。清单如此详尽开列，似为防止再遭割裂盗窃。据关注其事并多少了解内情的汪康年记：“委员某运至京，初有六千卷。至京先住苏州胡同吴宅，捡出佳者百卷。次日始将所余五千九百卷送部，并碎片一箱云。闻委员即李木斋之甥。此事木斋与同志数人为之，取得即共分云云。”（注：《汪穰卿笔记》，章伯锋、顾亚主编：《近代稗海》第11辑，四川人民出版社1988年版，第557页。）
    宝藏运京，已是大事，遭劫更加成为传媒焦点。当时《民立报》也有风闻，说法却是别样，大意为学部虽严密慎守，但某日学部某司员在琉璃厂书肆偶见有写经一大卷，经辨认“乃为石室之物，即学部所藏之一，出重价购归，密告唐尚书不敢声张，恐失部中体统，密派司员多人到处缉访。盖部中所藏者检点后知已失去甚夥，幸旬日间陆续查得原物多件，据闻已将盗物之人捕获，连日正在诘讯，惟关防严密，外人难得其详，但知盗物者即该部中人耳”（注：《新闻》，《民立报》1910年10月20日。）。遗书运抵北京，约在1910年夏（注：1910年9月2日曹元忠来函，《艺风堂友朋书札》下，上海古籍出版社1981年版，第985 页。），先藏于国子监，继而转归学部，后又移交京师图书馆。是年8 月，日本中国学者内藤虎次郎、小川涿治、滨田耕作、富冈谦藏等闻讯，特来华调查，在学部看到约700卷写经， 回国后将有关照片提供给松本文三郎研究。后者据以撰写《敦煌石室古写经之研究》，列举写经的名称及有年代写本的题跋。据荣新江教授与《李木斋氏鉴藏敦煌写本目录》对照，所阅经卷均为后来李盛铎藏品，则遗书当由学部官员监守自盗，李氏等人所得是在经卷入学部后才攫取到手。（注：荣新江：《李盛铎藏卷的真与伪》，《敦煌学辑刊》1997年第2期。 ）学部发现遗书失窃在9月底10月初，亦可映证。此案疑点甚多，押解员被拘， 并追得若干经卷，说明先期盗窃之说确为空穴来风。而经卷交学部后，关防严密之下，竟再度失窃，有关各员固是罪人，学部保护不力，难辞其咎。
    尽管如此，学部的努力仍然值得肯定。1913年1 月京师图书馆造送民国教育部的书目册里，敦煌石室唐人写经长短卷共8662卷（注：《京师图书馆造送书籍数目册》1913年1月30日， 《中国古代藏书与近代图书馆史料》，第201页。）。如果没有学部的及时抢救， 在当时的社会环境下，劫余经卷难逃全部散佚流失的厄运。
    文化历史是国家民族生生不息的精神命脉，世界文明史上不乏因社会动乱而造成文化浩劫的悲剧。晚清社会遭遇千年变局，文化事业又无政府部门专管，学部集教育文化界有识之士的灼见，运用中央教育行政机构的力量，采取措施，保护珍贵文物古籍，倡导兴建图书馆，以扩展近代文化的传播，使教育与文化相互促进，承上启下之功，不应忘却抹杀。而其过失，则值得后人反省检讨，以为借鉴。