蜀汉与东吴也与曹魏大致同时实行与都督制相似的制度。如蜀汉曾任魏延为汉中都督、邓芝为江州都督、廖化为永安都督、李恢为k22k501.jpg降都督等。蜀汉都督统率的军队同样是派驻于地方战略要地的中央军。东吴所设都督遍于京畿与地方，凡是中央军驻屯于一个战略要地的都称为督或都督（注：谢钟英《三国疆域志补注》记东吴缘江和沿海置有信陵、西陵、夷道、东乡、江陵、公安、巴丘、蒲圻、沔中、夏口、武昌、半州、柴桑、吉阳、皖口、濡须、芜湖、徐陵、牛渚诸督及吴郡、三郡、广州、交州等都督。）。与曹魏不同，蜀汉仅占一州之地，版图狭小，其都督只能以郡为辖区；东吴的督、都督辖区大小不一，州、郡、县都有，以郡居多。都督的辖区范围既小，统兵人数亦不多，兵力部署远较曹魏分散。
    两晋十六国北朝各代仍继续施行都督制。如西晋曾设置八大都督区：关中都督，即魏雍凉都督，镇长安；幽州都督，即魏河北都督，镇蓟；荆州都督，镇襄阳；沔北都督，镇宛城；豫州都督，镇许昌；冀州都督，原称都督邺城守军，镇邺，末年改称，镇信都；青徐都督，镇下邳；扬州都督，镇寿春。西晋都督制与分封制合流，泰始元年（公元 265年）开始大封同姓诸王，并委任都督。咸宁三年（公元277 年）诸王移封就镇，分封王国和都督方镇相一致，种下了西晋末年“八王之乱”的祸根。
    魏晋南北朝的都督制，将全国划分为若干军事辖区，分遣都督为统帅官，统率中央军在地方驻屯和作战，又有权管理地方军使之与中央军协同配合。这种制度的创意旨在便于指挥和管理屯驻于地方的武装力量，加强中央对地方的控制。在皇权强化期，都督制确实可以发挥加强中央集权、巩固国家统一、提高军队战斗力的积极作用。根据都督制的规定，都督虽然驻守于地方，其身分仍为中央官员，并受中央的严格控制和监督，如没有皇帝的诏命，不得擅自出兵和募兵，并且驻地经常调动，家属要作为人质留住京城；都督的主要佐吏长史、参军等，均由中央委任；皇帝还派遣军师为监军，监督和节制都督的行动，如此等等。但是，这些措施只能防范于一时，并不能长期有效地遏制地方势力借助都督制得以滋长的趋势。这是都督制与州郡领兵制相结合，都督兼领刺史的必然结果。如果都督手握重兵，长驻地方，又大多兼领驻在州刺史，集地方军政大权于一身，这就不可避免地由中央集权的代表蜕变为地方势力的代表。这种弊端在曹魏末年已开始显露出来，西晋的“八王之乱”和东晋方镇的多次“举兵向阙”更表明皇权弱化期的都督制会发展到严重危害中央集权的地步。不过，从魏晋南北朝一代来看，都督制的积极作用还是大于消极作用，所以历代都推行不废并有所发展，不仅平时戍守，而且在战时出征也经常委任都督、大都督统率和指挥军队作战。在北魏太和改制中，明确规定了都督诸州军事的分级及官品，如都督府州诸军事为从一品上，同尚书令；都督三州诸军事为第二品上，同六卿；都督一州诸军事为从第二品下，同将作大匠（注：《魏书·官氏志》。）。
    从秦汉时期戍守地方的武装力量由州刺史、郡太守等地方长官统率，至魏晋南北朝在地方上普遍推行都督制，可以看到这样一个明显的变化：秦汉在地方上实行的是军政合一的领导体制，州刺史、郡太守既主民政、又主军事，而魏晋南北朝则是向军民分治、军政分离的方向过渡，即军事由都督主管，民政由刺史主管，都督只有兼任刺史，刺史只有带将军号，前者才能兼领民政，后者才能兼领军事。尽管这两种情况在当时相当普遍，但都督兼任刺史者仍要实行军府和州府两个机构分置和分司其事。这就表明都督制本身是一种旨在实行军民分治、军政分离的制度。下至隋唐实行府兵制，以卫统府，以府统兵，自成系统，军政分离，地方长官不再兼领军事，仅在某些军事行政事务方面有监督检查之权。魏晋南北朝时期正是处于从军政合一向军政分离过渡的历史阶段。
    二
    与秦汉时期相比较，魏晋南北朝时期的军事领导体制具有许多新的历史特点。这一时期皇权的强弱消长和民族关系的变动，是制约着军事领导体制的形态及运作发生变化的基本因素。
    魏晋南北朝时期虽然长期处于分裂局面，政权林立，更迭频繁，但在政治体制上仍然是上承秦汉，继续实行君主专制中央集权制度。这种政治体制的基本特征是，皇帝“总揽朝纲”（注：《后汉书·光武帝纪》。），皇权至高无上，“天下之事，无大小，皆决于上”（注：《史记·秦始皇本纪》。）。然而在这一时期中，皇权的强弱变化异常之大，皇权衰微、大权旁落的情况时有发生。如果说魏蜀吴三国前期、西晋前期、十六国、南朝、北朝前期、北齐和北周属于皇权强化期，那么建安时代（应纳入三国史范围）、三国后期、西晋后期、东晋、北魏后期、东魏和西魏则属于皇权弱化期。随着皇权的强弱异势，军事领导体制的形态及其运作也相应发生重大的变化。具体说来，在皇权强化期，皇帝直接掌握最高军事领导权，包括军事决策权、军队统率权、军事指挥权、兵员征集权和将帅任免权等各项权能；朝廷设置的军事领导机构协助皇帝实施军权，指挥军事，管理武装力量。而在皇权弱化期，军事领导权则旁落于权臣或地方军阀之手，朝廷设置的军事领导机构或为他们所把持，或形同虚设。即使是同一种制度在皇权强化期和弱化期所起的作用也不相同，甚至完全相反。
    建安时代揭开了魏晋南北朝时期的历史序幕。在军阀混战中崛起的曹操、刘备、孙权三大军事集团，各自在在中原、西南和江南地区建立起比较稳定的政权，形成“三国鼎立”的局面，东汉王朝已是名存而实亡。曹操于建安元年（公元196年）挟迎汉献帝都许后， 即集汉朝的军政大权于一身，汉献帝不过是他“奉天子以令不臣”（注：《三国志·魏书·毛玠传》。）的政治工具。建安十三年（公元208 年）曹操正式担任丞相后，总揽朝政。丞相府既是最高的行政机构，也是最高的军事机构。其幕僚都由曹操任用，其中两名重要军事官员--中领军和中护军即是曹操最亲信的军事助手，平时辅佐曹操，参与军事机密和决策，战时可以代表曹操出外统率或监护一个方面的军队作战。此外还有军师祭酒、参军事等参预军事谋议。丞相府所设诸曹也多与军事有关，如东曹负责武官任命，兵曹负责日常军务，尉曹负责运输供给等。可见曹操的相权早已凌驾于皇权之上，在军事领导体制中扮演着最高军事统帅的角色，皇帝成为傀儡，大将军、太尉等也仅仅是名义上的军事最高长官。曹丕代汉称帝后，亲掌军政大权，自任最高军事统帅，与此同时又设都督中外诸军事代表他统率军队，由亲信大臣担任此职。曹魏后期皇权衰微，又重演东汉建安时代相权高于皇权的历史。先是皇帝曹爽以大将军、都督中外诸军事、录尚书事、侍中的身分，集军政大权于一身，继后是司马氏通过“高平陵之变”，掌握了魏国的军政大权。甘露五年（公元260年），司马昭步曹操的后尘， “以相国总百揆”（注：《晋书·文帝纪》。），成为实际上的最高军政首脑，相权凌驾于皇权之上，魏王朝也名存实亡了。
    蜀汉、东吴皇权与军权的关系也经历了与魏国相似的变化过程。蜀汉为刘备所创立，章武元年（公元221年）称帝后， 仍担任最高军事统帅，经常直接统率和指挥军队作战。诸葛亮为丞相、录尚书事，总理政务，协助刘备统御全国军政。但刘禅继位后，由诸葛亮掌握军政大权。丞相府设有军师祭酒、中前后三军师以及司马、参军等军事属官，履行着最高军事领导机构的职责和权力。诸葛亮死后，不再设丞相一职，但继任者蒋琬、费祎任大将军兼录尚书事，仍然是集军政大权于一身。东吴割据江东，吴主孙权自任最高军事统帅，直接统率和指挥军队作战；参战诸军由孙权临时任命将领担任都督、大都督统率。孙权死后，继任者不再直接掌握军权，由大将军兼都督中外诸军事或领中外诸军担任最高军事统帅。宗室孙崚以丞相、大将军、督中外诸军事的身份总揽东吴军政大权，吴主完全变成了傀儡。