四黄埔水师学堂的单列
    广东水陆师学堂成立后不久，张之洞即被朝廷调任湖广总督，离开了广东。继任两广总督的李瀚章无论是在对海防重要性的认识上，还是个人的魄力与才干上，都远不及张之洞，故广东水陆师学堂并未能按照初创时的规划顺利发展。1893年，李翰章干脆将水陆师学堂一分为二，水师学堂单列，命名为黄埔水师学堂。
    黄埔水师学堂单列后，成为一所专门培养驾驶、管轮人才的海军学校，对广东海防教育的发展不无意义，但是由于得不到足够重视和经费保障，招生人数锐减，规模越办越小，长期处于勉强维持的状态。甲午战争后任两广总督的谭钟麟，更漠视广东海防，到任之后“首以裁水师学堂、撤鱼雷学堂为务”。在其任内水师学堂虽最终未被取消，但撤消了管轮专业，仅留下驾驶一班（注：《近代中国海军》，海潮出版社，1994年版，第560页。）。1892-1901的《粤海关十年报告》中，评论这一时期广东海防不备和海防教育被冷落的情况道：“本十年度内，对海军事务基本上未加重视，除了几艘用于内河巡逻的小型旧炮艇和几艘旧鱼雷艇之外，广州已无所谓海军。位于黄埔的水师学堂和鱼雷学堂仍然存在，但已经决定关闭，并解雇外籍人员（此决定已付诸实施），主要是因为这里已没有海军雇佣其学生。”（注：《近代广州口岸经济社会概况--粤海关报告汇集》，暨南大学出版社，1995年版，第945-946页。）
    20世纪初，清政府推行“新政”，试图“复兴”海军，社会各界要求加强海防、建设海军的呼声日高，黄埔水师学堂的状况也稍有起色。1904年魏瀚任黄埔水师学堂总办兼水鱼雷局总办时，将水鱼雷局附属的鱼雷学堂并入水师学堂，使学堂规模有所扩大，为民国成立后该堂改建为广东海军学校奠定了基础。据1911年12月写成的《粤海关十年报告（1902-1911）》记载：“本十年内，在改进海军及其人员方面，也采取了一些措施。许多年以前在黄埔建立的陆军水师学堂，已经在上一个十年期内分开设立。水师部分称为黄埔水师学堂，现有学员150名，由前南洋水师提督李田主持。”（注：《近代广州口岸经济社会概况--粤海关报告汇集》，暨南大学出版社，1995年版，第988页。）
    广东水陆师学堂和黄埔水师学堂在清末20多年中（1887-1911），先后共招收了14届学生，毕业12届（另两届于民国成立后毕业），毕业生人数为122名，其中驾驶专业生占绝大多数，管轮专业生只有10名（注：《清末海军史料》（上），海洋出版社，1982年版，第442-444页。）。另外，还培养了若干名水、鱼雷方面的专门人才（数字不详）。广东水陆师学堂和黄埔水师学堂所培养的学生，在清末和民国时期中国的海防建设中发挥了一定的作用。例如，广东水陆师学堂首届驾驶班的学生，毕业之后被送入北洋练习舰实习，并留归北洋海军使用；清宣统年间成立海军部，担任海军副大臣的谭学衡，就是广东水陆师学堂首届驾驶班的毕业生；黄埔水师学堂第八届驾驶班毕业生林献？{炘、第十一届驾驶班毕业生陈景芗等人，后来都在海军中担任要职，在不同历史时期里为中国的海防、海军作出了贡献。然而，清末广东水陆师学堂和黄埔水师学堂从总的情况来说，却是规模狭小，办学质量不高。它所培养的海防、海军人才的数量？，不仅远不能与老牌的福州船政学堂相比，也较差不多同一时期或稍后成立的天津水师学堂、江南水师学堂、烟台海军学校为少（注：各校历年毕业生人数见《清末海军史料》（上），海洋出版社，1982年版，第434-458页。），这与广东作为海防大省的战略地位很不相称。产生这种情况的原因，客观上是由于近代广东海防地位的下降、海防重心的北移，主观上则主要是由于多数主粤清朝官员对海防以及教育事业的漠视。这从一个侧面反映了近代中国在帝国主义侵略、压迫下和清政府的腐朽统治下，海防虚弱、海防教育落后的状况。