我们再就所谓色目人的内部进一步分析。他们中多数应是伊斯兰教徒，但是基督教也不在少数，此外还有极少数的犹太教徒等。连续的十字军东征，使伊斯兰教与基督教的矛盾达到了空前激烈的程度。他们在东来之后，双方除了传统的宗教敌视之外，又加上为权势而明争暗斗。至元十六年（1279年），元朝发生了一桩有趣而又轰动的大案子。“八里灰（今贝加尔湖东岸）贡海青（一种猎鹰）回回等所过，供食羊非自杀者不食，百姓苦之，帝曰：‘彼吾奴也，饮食敢不随我朝乎？’诏禁之。”（注：《元史》卷10。）《史集》关于这一事件的记载更清楚：“桑哥任维昔儿任内，有群穆斯林商人自豁里、巴儿忽与乞儿吉思前来合罕之庭，以白爪红喙之隼及白鹰为献。合罕厚加恩赏，并赐己案上之食品予之。然彼等不之食。彼询云：‘汝等缘何不食？’彼等对曰：‘此食物于我辈为不洁。’合罕为此言所激怒，乃下令曰：‘嗣后穆斯林及其他奉圣书之人等，除依蒙古风俗宰羊时剖其胸膛外，不得以它法宰羊。有犯者按同法处死，没其妻女、财产，以予告发之人。’有爱薛迭屑怯里马赤（迭屑Tarsa，波斯人对基督教的称呼；怯里马赤Kelemeci，蒙古语译“史”）伊本马阿里及拜答黑者，当时之邪恶无行人也，利用此法令而得旨，凡宰羊于家者皆处死。彼等遂以此为借口，多肆勒取人之财货，并引诱穆斯林之奴仆曰：‘有能告其主者，我等将纵之为良。’诸奴仆为求放良而诬控其主。爱薛怯里马赤及其恶徒行事一至于此，致使四年之内，诸穆斯林皆不能为其子行割礼。彼等且诬陷神圣之伊斯兰司教赛甫丁之门徒不儿罕丁，遣送其往蛮子之地而死。情况之发展致使留居此境之大部分穆斯林人均离契丹而去。”“此事之外，合罕统治时期，基督教徒表现极大之宗教狂热，反对穆斯林，大加攻击。”（注：拙译《成吉思汗的继承者》，天津古籍出版社，1992年，360-361页。）爱薛，《元史》卷134有传，西域弗林人，长期领崇福使，掌西域星历、医药事；擢秘书监、迁翰林学士承旨，兼修国史。其实他主要的职务是宫内怯薛（一种宫廷护卫）的怯里马赤。秘书监、翰林学士云云，便是他在外廷的任官。作为怯薛，他白天任职于外廷，晚上轮值供职于宫内，得接近皇帝。因此，他是当时朝廷上最显赫的基督教徒权要。他同穆斯林权要之间，因宗教与权力争夺而相互倾陷是很自然的。另一个基督教徒权要则要数钦察军团的统领土土哈、床兀儿、燕铁木儿祖孙和他们的家族。泰定帝死，燕铁木儿以所部钦察军团为主力，打败了以丞相回回人倒剌沙为首的上都军，一手扶持文宗，取得帝位，倒剌沙集团势力的基础就是回回人。所以，冯承钧在谈到这次争位战时，曾说：“元代这一次政变，天顺帝一方面的主角，固然是倒剌沙、囊加台，秃坚等三人。图贴睦尔（文宗）一方面的主角，固然是燕铁木儿。我觉得在另一方面看起来，好像是钦察人与回回人之争。又好像起初蒙古人多帮着回回人，阿速人多帮着燕铁木儿的钦察人（也许斡罗思人也曾参加在内）。”（注：《西域南海史地考证论著汇辑》，中华书局，1957年，206页《元代的几个南家台》。）其实，无论钦察人、阿速人和斡罗思人，他们都是基督教徒。所以这次争位战也明显地带有基督教与伊斯兰教徒相争斗的色彩。有元一代，基督教徒与伊斯兰教徒相互倾轧，彼此势力消长。这两个宗教间的仇视、隔阂，较之当时的民族等级间的仇视、隔阂有过之而无不及，这是无可否认的。
    同在基督教徒内部，元以前流行在克烈、汪古等部中的是景教（聂斯脱里派）；罗马天主教则把景教斥为宗教分立论者，视同异端。它们间进行排陷的情况，我们从孟德科儿维诺致罗马教皇的信中亦可窥知。他写道：在大都“聂斯脱里派教徒--他们自称为基督教徒，但是他们的行为根本不像是基督教徒的样子--在这些地区的势力发展得如此强大，因此他们不允许奉行另一种宗教仪式的任何基督教徒拥有任何举行礼拜的地方，即使是很小的教堂；也不允许宣讲任何与他们不同的教义。由于从来没有任何使徒和使徒的门徒来过这些地方，因此上面提到的聂斯脱里派教徒们既直接地，又用行贿的办法指使别人对我进行极为残酷的迫害。宣布说：我并不是被教皇陛下派来的，而是一个间谍、魔术师和骗子。后来，他们又伪造了更多的证据，说：教皇派的是另一个使者，携带着赠给皇帝的许多财宝，是我在印度谋杀了他，窃取了他携带的礼物。这个阴谋持续了大约五年之久，因此我常常受到审讯，并且随时有被处死刑而可耻地死去的危险。但是，最后，由于上帝的安排，他们之中有些人供认所有这些都是阴谋，因此皇帝知道了我是无罪的，控告我的人是诬告，就把他们连同他们的妻子儿女一道流放出去。”“我在那里已为大约六千人施行了洗礼。如果没有上述的造谣中伤，我可能已为三万余人施行了洗礼。”受洗者中，包括“好王阔里吉思”，“他劝导他的大部分人民皈依了真正的罗马天主教”。因此，其他的聂斯脱里派教徒们责备他为叛教。他死后，儿子年幼，他的兄弟们坚持聂斯脱里派的错误，把阔里吉思王劝导改信罗马天主教的人统统诱入邪道，使他们回到聂斯脱里派（注：《出使蒙古记》，社会科学出版社，1983年，263-264页。）。此“好王阔里吉思”即《元史》卷118之阔里吉思，汪古部人。汪古部很早以来便奉景教。阔里吉思在大德二年（1298年）被海都俘害，子术安（Jean，即取孟德科儿维诺名字之约翰）年幼，诏以弟术忽难袭高唐王。另一位教士，刺桐主教彼烈格林在致罗马教皇的信件中也说：“在上述总主教来到大汗帝国以前，由于聂斯脱里派教徒凭借其权力加以阻挠，不管哪一个民族或哪一个教派的基督教徒都不能在这里建筑一座小礼拜堂（不管它是如何地小）或树立一个十字架。”（注：《出使蒙古记》，270页。）这些材料都有力地说明，景教徒与天主教徒之间也是畛域甚深的。不过在马可波罗旅华时期，罗马天主教尚未东传，不成单独的宗教群体。
    综上所述，元代旅华的西方人基本上是按民族、宗教自成聚落，分布在全国的某些地区，大分散、小集中，在汉人社会之内形成自己的小绿洲。它们与汉人社会，由于等级、宗教与民族的矛盾，造成彼此隔绝。在这些东来的旅华人内部，同样由于宗教与民族的矛盾，也是互不相容的。把马可波罗放到这样一个大环境来了解，一些问题便可以得到较合理的解释。