早在1916年，陈独秀就明确提出过：“一切建设，一切救济，所需于大科学家者，视破坏时代之仰望舍身济人之英雄为更迫切”。（注：《陈独秀著作选》第一卷，上海人民出版社1993年版，第188页。）认识到科学发展、大科学家的问世，对社会进步、经济发展的意义十分重大，较之少数舍身济人的英雄人物，更为社会所急需，有着科学救国济世思想的萌芽。
        1937年，抗日战争爆发，刚刚出狱的陈独秀在武昌华中大学作了一次“抗日战争之意义”的演讲，指出“十九世纪之末，西欧资本主义发展到最高阶段--帝国主义，各资本主义的先进国家，挟着工业与科学，企图掠夺征服全世界，做他们的殖民地；在这一时期，全世界的各民族，能够自动地发展工业与科学以适应环境的便兴旺起来，否则不免日渐衰落下去。这是近代史的一般规律。”（20）他追溯了中日发展科学和工业的历史。认为：日本自明治维新始“全国上下疯狂崇尚工业与科学，从那时一直到现在，六七十年，工业与科学很顺利的发展着，未曾一次遇到反动势力的阻碍，所以才有今日的强盛。”（21）而我们中国，虽也有过几次提倡工业与科学的呼声，但“每一次改革，都为反对势力所破坏。”（22）大肆渲染“东方的精神文明胜过西方的物质文明，认为大刀队能抵抗敌人的机关枪和大炮。这就是中日强弱之由分。”（23）这就是说，中国之所以暗弱，日本之所以强盛，版图不大的日本之所以对中国发动侵略战争，一个重要原因就是因为日本重视科学与工业，而中国未能把科学与工业提到应有的地位。这与陈独秀在1918年就提出的“现代战争不是军人的战争，简直是科学和经济的战争”的思想是一脉相承的。”
        科学技术不但推动物质文明的发展，同时也推动着精神文明的进步。“我们的物质生活上需要科学，自不待言，就是精神生活离开科学也很危险。”（注：《陈独秀著作选》第二卷，上海人民出版社1993年版，第124页。）当时中国祀天、信鬼、修仙、扶乩等迷信之风充斥朝野，迷惑人心。陈独秀高举科学旗帜，对此进行了尖锐的批判，说“若相信科学是发明真理的指南针，象那和科学相反的鬼神、灵魂、炼丹、符咒、算命、卜卦、扶乩、风水、阴阳五行，都是一派妖言胡说，万万不足相信的。”（注：《陈独秀著作选》第一卷，上海人民出版社1993年版，第386页。）有鬼论者还利用了西方盛行一时的“神灵世界中的自然科学”来证明鬼神的存在。对此，陈独秀专门写了《有鬼论质疑》一文，指斥：“今之士大夫，于科学方兴时代，犹复援用欧美人之灵魂说，曲征杂引，以为鬼之存在，确无疑义，于是著书立说，鬼话联篇，不独已能见鬼，而且摄鬼影以示人”。（注：《陈独秀著作选》第一卷，上海人民出版社1993年版，第377页。）陈独秀提出了八点质疑。论证鬼神迷信思想是何等虚妄。正如史华滋所说：“陈独秀把科学看作一种武器，一种瓦解传统社会的腐蚀剂。他的确崇拜科学征服自然的能动作用，但他更把它看作一种反对‘迷信’的武器……他便迅速地不但铲除了‘礼教’，而且铲除了神密主义的佛教、道教的全部基础。”（注：《中国共产党与毛的兴起》1951年版，第9-10页。）有的有鬼论者读了陈文以后，虽认为“从根本上可以断定无鬼”。但又以“人的身体有放射性”来证明“鬼相”的存在。陈独秀解释说：“宇宙万象森罗中，有客观的实质和主观的幻觉两种，实质有对境……幻觉无对境--，有对境者为实象，无对境者为幻象……幻象时隐时现，因为本无是物，不过是吾人主观的幻觉……即假定鬼相是人身的放射物，当然是有对境的实相，而何以时隐时现呢？”（注：《陈独秀书信集》新华出版社1987版，第229页。）陈独秀以唯物主义反映论观点，指出所谓鬼相，只不过是人的主观幻觉，并非实有。
        他还从天文学、地质学、生物学、人类学、解剖学来驳斥鬼神论。指出：“诸星之相毁、相成、相维、相拒”，“地球之成立、发达”，生物的进化，都有一定规律可循。由此他责问有鬼论者说：“森罗万象中，果有神灵为之主宰，则成毁任意，何故迟之日久，一无逃于科学法则耶？”（注：《陈独秀著作选》第一卷，上海人民出版社1993年版，第389页。）这种批判，无疑是有力的。
        要推进精神文明建设，必要有科学的思维方法。也就是说，离不开哲学。“哲学是关于思想的学问”，“虽不是抄集各种科学结果所能成的东西，但是不用科学方法下手研究、说明的哲学，不知道是一种什么怪物。”（注：《陈独秀著作选》第二卷，上海人民出版社1993年版，第124页。）一些代表现代思想的哲学大家，无不是把哲学建立在科学之上，这也是哲学不同于“诗人”和“愚人”之处。
        正是在这种科学观的引导之下，陈独秀明确指出要将“俄国精神和德国科学合而为一”，表明陈独秀科学观更加成熟和科学。此时，陈独秀的科学观更多的是强调唯物史观和实证哲学。突出地表现在“科学与玄学”的论战之中。科玄之争的中心问题是科学能否解决人生观问题，以张君劢为首的玄学派认为，人生观“决不为科学所支配”，而代表科学派的丁文江认为人生观必然受科学的支配，陈独秀用唯物史观的理论和科学思想对各执片面的“玄学鬼”和科学派进行了批判。对物质与意识，经济基础与上层建筑之间的关系作了辩证的理解，为唯物史观在中国的传播起了积极的作用。
        社会的进步，科学的发展都离不开主体的人。没有国人素质的提高，民族难以振兴，国家难以发展。而要提高国民素质，克服愚昧，破除迷信，解放思想，根治“无常识之思维无理由之信仰”，“厥惟科学”。（注：《陈独秀著作选》第一卷，上海人民出版社1993年版，第135页。）如果不懂科学，只能是愚昧无知，盲从迷信，浅薄暗弱。“士不知科学，故袭阴阳符瑞五行之说，惑世诬民；地气风水之谈，乞怜枯骨。农不知科学，故无择种去虫之术。工不知科学，故货弃于地，战斗生事这所需，--仰给异国。商不知科学，故惟识罔取近利，未来之胜算，无容心焉。医不知科学，既不解人身之构造，复不事药性之分析，菌毒传染，更无闻焉；惟知附会五行生克寒热阴阳之说，袭古方以投药饵，其术殆于矢人同科。”（注：《陈独秀著作选》第一卷，上海人民出版社1993年版，第135页。）由这种劣质的士、农、工、商组成的社会，只能是愚劣贫弱，无力与他族争雄，终究会被淘汰、绝灭，开除球籍。因此，他大声疾呼：在中国，要“造成科学底风尚，有四件事最要紧：一是在出版界鼓吹科学思想，二是在普通学校里强迫矫正重文史，轻理科底习惯；三是在高级学校里设立较高深的研究科学底机关；四是设立贩卖极普通的科学药品及工具，使人人得有研究科学的机会”。（注：《陈独秀书信集》新华出版社1987版，第311页。）陈独秀提出普及科学的目的，就在于提高国民素质，他不但是这样说，而且在任广东省教育委员会委员长时也是这样做的。