从中国第二历史档案馆馆藏的有关蒙古近代史的档案内容来看，涉及到20世纪上半叶蒙古的政治、经济、军事、外交、文化、教育、宗教等各个方面，不仅数量多，而且在空间范围上包括了内蒙古、外蒙古、青海、甘肃、新疆等蒙古族聚居地区。所以说，中国第二历史档案馆是蒙古近代史档案资料最重要的宝库之一。
    （三）内蒙古档案馆馆藏蒙古近代历史档案资料（注：内蒙古档案馆馆藏蒙古近代史档案资料情况，主要参考了内蒙古档案馆编《内蒙古自治区档案馆指南》（内蒙古人民出版社，1991年）和内蒙古自治区历史档案资料目录中心编《内蒙古自治区历史档案全宗概览》（远方出版社，1999年）。）
    内蒙古档案馆是收藏蒙古近代史档案资料最多的档案馆。该馆共有283个全宗，317750卷，其中清代档案20个全宗，63258卷（册），而且大部分为近代的档案；民国时期档案（包括日伪政权档案）71个全宗，45968卷；革命历史档案6个全宗，1513卷，其余为建国后的档案。
    内蒙古档案馆馆藏档案中清代后期、民国时期（包括日伪政权）及革命历史档案与蒙古近代史有关。这部分档案不仅数量可观，而且涉及的文种很多，有蒙文、汉文、满文、藏文，还有日文、俄文、英文档案，涉及到蒙古地区政治、经济、文化、民族、宗教等方面的内容，是研究蒙古近代史的史料宝库。
    内蒙古档案馆从80年代初开始根据馆藏档案，整理出版或内部编印了部分专题档案资料汇编，主要有《内蒙古民族团结革命史料选编》（1983年）、《大青山抗日游击根据地资料选编》（上、中册，1986、1987年）、《绥远“九一九”和平起义档案史料选编》（1986年）、《内蒙古统战史档案资料选编》（1987年）、《内蒙古革命历史文件汇集》（1988年）、《内蒙古自治运动联合会档案资料选编》（1989年）、《中国第一个民族自治区诞生档案史料选编》（1997年）、《清末内蒙古垦务档案汇编》（1999年）、《中国档案精粹·内蒙古卷》（1999年）、《东蒙自治政府蒙文档案史料汇编》（1985年）、《内蒙古人民革命青年团蒙文档案史料汇编》（1985年）、《成吉思汗八白室》（1998年）等蒙、汉文档案汇编。此外，内蒙古档案馆从1992年至1993年创办过《内蒙古档案史料》（季刊），共出六期，另有一期特刊，公布了与内蒙古近代史有关的几百件档案史料。该馆还与内蒙古档案局合办《内蒙古档案工作》（蒙、汉）、《内蒙古档案》等刊物，其中有时也公布一些档案史料。
    内蒙古档案馆馆藏历史档案中，蒙文档案数量在国内是最多的，而且也最有价值；绥远地区垦务档案和1937-1949年的绥远省政府档案等内容比较齐全；日伪政权档案、革命历史档案虽然内容不全，但具有较高史料价值。
    1.内蒙古档案馆蒙文历史档案
    内蒙古档案馆馆藏蒙文历史档案共有17个全宗、69254卷、239885件，内有部分满文、汉文及少数藏文档案。主要有呼伦贝尔副都统衙门、科右后旗、喀喇沁左旗、喀喇沁右旗、喀喇沁中旗、土默特左旗、土默特右旗、茂明安旗、四子王旗、喀尔喀右翼旗、准格尔旗、杭锦旗、郡王旗、鄂托克旗、阿拉善旗、察哈尔都统衙门的档案。
    内蒙古档案馆馆藏蒙文历史档案分两种类型，一类是档册档案，另一类是折件档案。前者是将文件装订成册，后者是折叠而成的单件档案。这些档案内容分为盟旗政务、财政经济、民政、军事、司法、宗教、民族事务与民族关系、文化教育、国家政务、外事等十大类，时间跨度为305年（1644-1949），其中大部分档案形成于近代（即清末及民国时期）。这些档案是研究蒙古近代历史的重要史料来源，有着其他史料所不可替代的特殊作用。
    内蒙古档案馆已经将这些蒙文档案全部编制了目录，并对其中一部分编制了文件级目录，共99254条；还汉译了部分档案目录，编制了蒙汉文对照目录3737条，可供查阅。
    2.呼伦贝尔副都统衙门档案
    内蒙古档案馆馆藏的呼伦贝尔副都统衙门档案共3161卷（排架长度13.69米），其中清代档案719卷，民国时期档案2442卷，档案所属年代为1644-1938年，95%为满文档案，涉及到近代呼伦贝尔地区的旗佐设置、官员任免、设立道府厅县、兵丁调遣、人口、民刑案件、建立学校、选送学生、市场贸易、盐务、寺庙、敖包祭祀、水陆交通以及布里亚特、达斡尔、鄂伦春、鄂温克人迁居、调查材料等。
    这里需要说明的是，呼伦贝尔副都统衙门档案还有6271卷（排架长度12.35米）收藏在呼伦贝尔盟档案馆。这部分档案所属年代是1913-1932年，以蒙文档案为主，内容涉及人事任免调动、行政区划、边防驻军、民刑案件、户口及出入境管理、对外关系、农牧及税收、交通运输、文教、卫生防疫以及喇嘛寺庙等方面。