（3）喀喇沁右旗札萨克衙门档案
    喀喇沁右旗札萨克衙门档案全宗全部为蒙文档案，其中清代档案574卷，民国时期档案2卷。该档案全宗形成时间为1737年至1931年，内容包括官员任免、调遣、年班、册封、兵丁马匹统计、木兰狩猎、灾情调查、民刑案件、旗仓田租收入有及赈灾、保护山林等。
    （四）内蒙古主要盟旗档案馆馆藏蒙古近代历史档案（注：伊克昭盟档案馆、土默特左旗档案馆、阿拉善左旗档案馆馆藏的蒙古近代史档案资料情况主要参与了《内蒙古自治区历史档案全宗概览》一书。）
    内蒙古自治区的呼和浩特市档案馆、包头市档案馆、赤峰市档案馆、呼伦贝尔盟档案馆、兴安盟档案馆、哲里木盟（今通辽市）档案馆、锡林郭勒盟档案馆、乌兰察布盟档案馆、伊克昭盟档案馆、巴彦淖尔盟档案馆以及土默特左旗、阿拉善左旗等55个旗县市区档案馆均收藏着数量不等的与蒙古近代历史有关的档案，其数量也相当可观。其中伊克昭盟档案馆、土默特左旗档案馆和阿拉善左旗档案馆所藏的历史档案较多。
    1.伊克昭盟档案馆馆藏历史档案
    伊克昭盟档案馆收藏伊克昭盟政府（67卷，1940-1949年）、杭锦旗（2798卷，1846-1949年）、鄂托克旗（130卷，1787-1944年）、乌审旗（16卷，1864-1951年）、达拉特旗（8卷，1852-1910年）、准格尔旗（81卷，1920-1949年）、郡王旗（15卷，1938-1948年）、札萨克旗（164卷，1914-1950年）等盟旗档案全宗，共3279卷。这些档案大都为蒙文档案，绝大部分形成于清末及民国年间，内容涉及伊盟各旗政治、军事、垦牧、民政、教育、宗教、成陵祭典以及人民革命斗争等方面。该馆还有绥远盐务分局、达拉特旗组训处、东胜县政府、桃力民办事处、国立伊盟中学等全宗，共计3460卷，形成于1894-1950年。内容涉及盐池征税产销、盐务工作以及民政、军事、财政税收、贸易、农牧水利、文教、卫生、禁烟禁赌等。
    需要说明的是，伊盟准格尔、郡王、鄂托克、杭锦等四旗札萨克衙门的相当一部分档案收藏在内蒙古档案馆。其中准格尔旗档案130卷（1739-1947年，清代100卷，民国时期30卷）、郡王旗档案1952卷（1828-1949年，清代1020卷，民国时期932卷）、鄂托克旗档案313卷（1743-1949年，清代102卷，民国时期211卷）、杭锦旗档案10卷（1745-1947年，清代7卷，民国时期3卷），共计2693卷。
    2.土默特左旗档案馆馆藏历史档案
    土默特左旗档案馆有归化城土默特副都统衙门、土默特特别旗政府、归绥县政府、萨拉齐县政府等历史档案全宗，共21731卷，其中副都统衙门及土默特旗政府档案保存完整，可以反映出土默特地区二百多年的历史面貌。副都统衙门档案共16198卷，形成于1728-1911年，65%以上为满文档案。该全宗中涉及到近代的内容有回民起义、反洋教、人事任免、土地整理、放垦抗垦、勘界、保护森林、开发煤矿、开办学堂、地丁钱粮、民刑案件、外人游历、教案以及有关喇嘛寺庙等。土默特特别旗公署档案共有3522卷，形成于1912-1949年，内容包括旗政府法规条例、人事任免、禁烟禁毒、经费收支、民刑案件、喇嘛、矿产户口调查、警察、军队及教育等方面。
    3.阿拉善左旗档案馆馆藏历史档案
    阿拉善左旗档案馆馆藏清代阿拉善和硕特旗札萨克衙门全宗（2458卷，1685-1911年）、民国时期阿拉善旗札萨克衙门档案全宗（4226卷，1912-1949年），共计6774卷。这些档案绝大部分为蒙文，而且大部分形成于清末及民国时期，涉及阿拉善旗政治、经济、军事、文化、教育、外事及宗教方面的内容，是研究阿拉善旗近代历史的第一手资料。
    此外，阿拉善和硕特旗札萨克衙门档案在内蒙古档案馆有28卷（1719-1931年），大部分为蒙文档案，内容涉及该旗官员承袭、征调兵丁军马、民刑案件、畜牧业调查、人丁户口统计、寺庙喇嘛、盐业税收及禁止开垦开矿等方面。