9月11日，在同蒋经国会面时，肯尼迪仔细询问了空运300至500人的突击队深入大陆腹地打击中国核设施是否可行，还询问了国民党在大陆实施的游击活动的情况和成果，如突击次数多少、伤亡比例如何等等。蒋经国答道，中央情报局的官员认为突击队的计划是可行的。关于国民党的游击活动，他承认从军事角度看这些突击并不算成功，伤亡惨重，但政治效果很大。然后，蒋经国投其所好地告诉肯尼迪，国民党的下一步计划是将突击队的规模从10人扩大到100人或100人以上，空投突击的目标是中共原子弹研制基地以及导弹基地。他保证该计划不会引发世界大战，但却会在未来12至18个月间逐步削弱中共的力量，并再次重申了蒋介石在大陆建立据点的设想。（注：王景弘：《采访历史：从华府档案看台湾》，台北远流出版公司2000年版，第260-262页。）事实上，肯尼迪对国民党的计划是否可行抱有怀疑。他在谈话中几次提到，“弱化中共政权”的计划务必“现实”，不能只基于愿望而不是对“现实的评估”。
    几天后，蒋经国再次会见麦可恩，把与肯尼迪会谈时达成的理解明确下来。双方同意建立一个策划小组，研究派遣国民党突击队摧毁大陆核基地的可行性。美国方面强调，任何行动都必须经由双方最高层批准。关于这个策划小组的研究结果，相关档案至今尚未解密。
    1963年秋冬，关于如何对付中国的核计划仍在美国决策层的议程之中，各种打击方案的出现使人有紧锣密鼓之感。在蒋经国离美后的数周里，行政当局和五角大楼继续审议包括空降台湾特工队在内的各种行动方案的可能性。早在1963年1月18日，参谋长联席会议主席泰勒将军向他的同事呈交了一份题为“我们怎样可以防止或延缓中国人发展核武器”的报告，展示了一个代号为“BRAVO的非常规作战计划”。这个报告一个月后送交中央情报局，标明参谋长联席会议建议成立一个跨部门小组，考虑“打击中共核武器计划的方法和手段”。为此，当年秋天中央情报局指示台湾国民党驾驶的U-2飞机装备红外线照相机，飞越位于包头的核物质生产工厂，了解并确定该工厂是否“已经过热”（即生产了相当数量的核物质），以至于不适合军事打击（注：美国外交关系文件集FRUS,1961-1963,vol.22,p.405.）。这表明该计划被非常认真地考虑过。12月中旬，参谋长联席会议又制订了一个应急方案，准备使用多次飞行打击，使中国核武器基地瘫痪。然而，该方案要求密集飞行打击，这使得参联会倾向使用原子弹攻击。但考虑到使用原子弹所造成的后果，这一方案似乎很难在白宫通过。
    四、不同声音的出现
    当美国的军事和情报部门加紧策划对中国核基地实施打击方案时，国务院内出现了不同的声音。根据肯尼迪的指示，国务院政策计划部一直在研究中国拥有核武器是否真的会对美国造成“不可容忍”的后果。1963年7月，政策计划部的罗伯特·约翰逊完成了长达200页的报告，这份报告的看法与弥漫白宫高层的恐慌形成鲜明对照。
    约翰逊在报告中提出：美国对中国即将获得原子弹一事根本不必紧张，也无需作出任何大的政策调整。在可预见的未来，中国的核能力不会改变亚洲大国之间的力量对比和平衡；由于美国绝对的核优势将继续对中国起到威慑作用，中国一定会考虑美国核反击的危险，绝不会首先使用原子弹，也不会用它来作“侵略的保护伞”，而只会以此来威慑外部可能的进攻。“中国的原子弹只会是一个政治工具，帮助中国赢得一些尊重”。对于中国在政治上的这一点收获，美国现在正在采取的措施已经足够，没有必要考虑军事打击计划。在中国成功爆炸原子弹后，美国应向盟国确认美国的安全承诺，以抵消中国拥有核武器后对周边形成的心理和政治压力。（注：伯尔和理奇逊前引文，第78～79页。）10月，该报告被压缩成100页，在行政当局各部门广泛传阅，并得到国务卿腊斯克的欣赏。
    这份报告的出现增加了肯尼迪政府内部对使用武力对付中国核基地必要性的怀疑，但有限的怀疑并没有动摇肯尼迪政府采取打击行动的想法。1963年10月，腊斯克责成政策计划部进一步研究美国的打击可以采取哪些方式和各种行动方案的可行性。由于罗伯特·约翰逊对此问题的精通，腊斯克决定仍由他牵头成立一个课题小组。制订进一步的计划要求对各种方案的利弊得失进行比较，并认真考虑动用武力的后果，拟定“退出战略”（即在采取行动后如何收场）。在此前的所有的策划中，尚没有人对这些问题进行深入分析。正是在决策的这个阶段，美国高层的看法逐渐发生了转变。
    1963年冬，肯尼迪遇刺身亡，林登·约翰逊入主白宫。1964年春，新总统开始认真考虑如何对付中国原子弹研制项目的问题。由于对外交所知有限，这大大提高了他的主要顾问们参与决策的程度。4月中旬，国务院罗伯特·约翰逊领导的小组完成了题为“探索对付中共核设施行动的可能基础”的报告。虽然这份绝密级文件至今仍未解密，但其他几份由约翰逊起草的相关文件已经解密，从中可以看到约翰逊小组的一些主要观点。
    有关报告提出，美国在打击的方式上有四种选择。即：（一）由美国直接发起公开的、常规的空中打击；（二）由台湾国民党发起的空中打击；（三）由在中国部署的特务进行的秘密的破坏；（四）空投国民党突击队进行的地面打击（注：美国外交关系文件集，FRUS,1964-1968,vol.30,pp.39-40.）。分析结果表明，直接由美国进行空中打击问题很大，因为需要多次飞行才能摧毁目标；由潜伏特务进行地面破坏也不现实，因为没有这种资源；由国民党进行空中打击更不可行，因为台湾根本不具备这种能力，而美军又无法成功地掩饰对国民党提供的任何军事支持；只有最后一种办法“目前在政治上是最可行的”，但美国一定要与此脱离干系。如果国民党能够空投100人左右的突击队，虽无法彻底摧毁这些设施，却可能对这些设施造成严重的破坏。不过，这一突击行动必须在几处同时进行，否则虽可能摧毁某一地的设施，但其他地区的设施会立刻受到严密保护。这其实是说这个办法也难以奏效。
    研究小组认为，从维护美国战略利益的角度来看，即使这些预防性的军事行动能够成功，它也利弊参半，甚至弊大于利。第一，由于缺乏关于中国原子弹研制项目的情报，华盛顿可能无法识别和选择出重要目标进行打击；第二，这种打击只能“争得一些时间”，也许只能4到5年，考虑到北京获得核武器的决心，中国肯定会重新开始原子弹计划，而且会建造地下设施并加强空防，防止美国的下一次打击；第三，不能排除中国可能对台湾和美国采取报复行动；第四，美国先发制人的挑衅式打击一定会惹起世界舆论的不满，从而付出外交上的代价。（注：伯尔和理奇逊前引文，第80～81页。）