鸦片战争前后，清王朝的封建统治在内外交困中日益腐朽。政治危机，文网渐疏。一部分地主阶级知识分子，出于民族意识不畏权贵，开始敢于批评议论“钦定《明史》”的错漏了。
    夏燮是近代率先突入明史研究禁区的史学家。他认为，万斯同当年在编撰《明史》时，正“当鼎革之际”，故而“嫌意颇多，其不尽者，属之温晒园”，而其纂修者“多系先朝遗老，亡臣子孙，其中或以师友渊源，或因门户嫌隙”，得进史馆，这就不能不使《明史》存在不少缺陷和疏漏。如不替张煌言立传，沈涛民不附《黄道周传》，顾杲不列《吴应箕传》后。夏燮在校证南明忠烈吴次尾《楼山堂集》时，“搜辑明季野史，不虑数百种，以明通鉴无书，概然欲辑之”。③于是，他以《明史》和《御撰资治通鉴纲目三编》两书资料为主，旁采碑官野史百余种，而成这部二百万字的百卷著作。
    《明通鉴》约成书于咸丰同治年间。全书共九十纪，另附《前编》四，《后编》六，用编年体形式较为翔实地编录了明代近三百年的历史发展轨迹。《明通鉴》将明史分作三个部分叙述：《明前纪》，起自元顺帝至正十二年（1352年），迄于至正二十八年（1368年），用元朝年号，记叙朱元璋投奔郭子兴参加农民军到创建明朝的历史。《明纪》起自洪武元年，迄于崇祯十七年，记叙朱元璋创业称帝到崇祯煤山缢死、清军入关的历史。《附编》起于清顺治元年，迄于康熙三年，用清朝年号，记叙南明政权和人民反清斗争的历史。
    夏燮继承了司马光编撰《资治通鉴》的传统，比较注重总结历史经验教训，探求“治乱之源”，因而他在书里，对明代之纲纪、礼乐、刑政、天文、历法、河道、漕运及营兵、练饷、折色、加赋等史实，极力网罗，尽可能详加叙述。但他并不强调书法上的褒贬，而主张把历史上的“得失劝惩”，贯穿在史实的记述之中。
    作为近代系统研究明史第一人的夏燮，他的《明通鉴》对明史研究所作出的贡献，主要表现在：
    （一）、补阙辑遗，表彰南明忠烈。如前所述，夏燮之所以要作《明通鉴》，重要一点就是要完“钦定《明史》”之未备，补阙辑遗，再现明代完整的历史。清朝统治者出于其封建统治的需要，对明末清初的抗清英烈，在《明史》里极其歪曲和抹杀之能事，甚至根本不予记载。对此，夏燮颇为不满，他说“甲申之变，正史语焉不详，所记殉难诸臣，亦多遗漏”，所以，他“博采《北略》、《绎史》、《绥寇纪略》及甲申以后之野史，必使身殉社稷之大小臣工，悉取而登之简策，以劝千秋忠义”。④对南明汉族地主政权，他寄予了深切的同情和怀念，对抗清的南明忠义之士，极力表彰。他在撰写《明通鉴》之前，就已校证了吴应箕的《楼山堂集》，并编有《忠节吴次尾先生年谱》。吴氏是明末复社的重要人物，清军南下后，他曾在安徽家乡组织义军抗清，后被清军俘获，宁死不屈，英勇就义。夏燮为这样的人校文集、编年谱，正反映了他对南明英烈的仰慕敬重之情。南明重臣张煌言在明亡以后，与钱肃乐等坚持抗清，官至兵部尚书。但《明史》却不为他立传。夏燮不满道：“煌言之授命杭城，与文信国之就刑西市，先后同揆。而《明史》不为之立传”，宁毋贻刘道原失之瞠眠之饥乎！”⑤对这样的历史人物“列之《忠义传》犹非其例，况无传乎！”因而，他在《明通鉴》里极力网罗他的事迹，并附有热情的评论，说煌言“流离海上，与宋之陆秀夫相似；就刑杭城，与宋之文天祥相似，若其身膏斧锧，距我大清鼎已二十年，疾风劲草，足以收拾残明之局，为史可法以后一人。”
    （二）、确立南明史的应有地位。《明通鉴》对明史研究的另一个重要贡献，是夏燮大胆地将南明史纳入明史的体系之中。1644年李自成率领农民军攻占了北京城，推翻了明王朝。但不久，吴三桂引清军入关，建立了以满族贵族为主体的封建政权。在清初的近半个世纪里，全国各地反清斗争风起云涌，从来没有停止过。其间，以明皇室为首的部分汉族地主，为恢复他们昔日的统治，在南京、绍兴、闽中和西南等地，分别建立了福王、鲁王、唐王和桂王诸政权，并进行了英勇的反清斗争，写下了许多可歌可泣的英雄事迹。但清朝统治者，为防止激起汉族人民的民族情绪，用高压手段，禁止研究这段历史，不准将其事迹写进《明史》，致使《明史》中南明史成了历史的空白。夏燮以其卓越的胆识和无畏的精神大胆地突入禁区。为了既能反映南明历史，又不致引起统治者太大的忌讳，夏燮与清政府作合法斗争。他从《通鉴辑览》后的诏令里，找出乾隆《附唐桂两王本末》作为护身符，巧妙地将南明史作为《附编》纳入明史体系。在《明通鉴·附编》中，他不但分别记载了福鲁唐桂诸政权由建立到灭亡的过程，而且对扬州、江阴、嘉定人民以及郑成功等的抗清斗争也作了较为详细的评述，对马士英、阮大钺之流的例行逆施，进行了深刻的揭露和鞭挞。以《附编》这种形式记载明史，是夏燮在编撰《明通鉴》里的一个独创。用这种形式不仅保存了大量南明史料，而且使明史首尾相连，蔚然而为一部完整的历史著作。
    （三）、从历史编纂学角度来看《明通鉴》，夏燮还继承了司马光编《资治通鉴》斟酌取舍史料的优良传统。他说他自己“二十年精力，实始参证群书，考其同异，有疑则阙，择善而从，去取既明，然后敢下笔编次。”可见他对史料的取舍十分慎重。他博览群书，凡有立论，皆有凭据。对疑难史料不妄加论断，而是不厌其烦地反复推敲，以求真实。他还仿照司马光《通鉴考异》的体例，把尚无法定论的史料，汇集成《明通鉴考异》，并分注在正文之下。这样做，大大便利了一般读者和明史研究者，使人们在索其根由时，比较清晰了解作者由史料而成书的整个发展脉络，尤其是其中许多材料后多亡佚，幸因夏燮搜集才得以保存，今天已成为研究明史的珍贵文献。