明末清初的思想史，现象繁纷复杂，侯先生特别着力于从思想史的现象细细抽绎，一旦发现了本质（或带有本质性质的问题），他便穷追不舍，作出更新的探寻。许多为人所忽视或不大重视的史料，经过侯先生的开掘，内涵得以显现，从而使人们对某一思想家的思想有了更深刻的把握。
    侯先生对王夫之的研究中就有这样的例子。旧史学家和学者多数认为王夫之属于理学家，他的思想直接继承张载。侯外庐先生没有满足于通常的看法，他从王夫之“六经责我开生面”的座右铭出发，竭力探寻王夫之如何对传统的学术和思想进行批判和发展。一方面，发掘出王夫之与汉代最富批判精神的思想家王充之间的思想继承关系，论证了“从王充到夫之是有思想上的一条红线贯穿着”，“王充比王夫之所尊许的张载，在夫之的思想中有更多的脉络可寻”。（《中国思想通史》第5卷第53页）另一方面，又从王夫之对佛教及老庄思想进行批判的资料之中， 发掘出他如何吸取了佛老方法论的许多内容。例如对庄子“万物皆种也，以不同形相禅”、“非耦齐物”的命题，对佛教相宗“八识”的范畴、佛教“能”、“所”的范畴等等，王夫之都能够大胆吸取其中的合理之处，这也是他与理学家的一个很大不同。总之，侯先生对王夫之思想的多处发掘，都体现着他通过现象探寻本质的科学方法。
    以上所论的研究方法，仅是举隅，未必能窥其全豹。侯先生在对思想史的研究中，自觉地运用着辩证的思维方法，他说，他对于中国历史上两次重大的变革时期（春秋战国和明清之际）有极大兴趣，力图用马克思主义的观点、方法去加以研究，并由此奠定了中国思想通史的研究基业（参见《韧的追求》第119页）。
    四
    从侯外庐先生对启蒙思想的研究中，我们还看到了老一辈史学家为建设马克思主义历史学而勇于开拓进取的精神。
    毋庸讳言，侯先生对马克思主义史学的开拓，首先表现在对旧史学的批评上。这是侯先生思想史研究中的重要特色之一。在对明末清初思想史的研究中，始终贯穿着这种批评。
    旧史学家对明末清初思想史的研究，根本的缺陷在于理论上的贫乏，因此他们虽然罗列许多史料，作出一些论断，但往往不能正确地把握这一时期进步思想的性质，对思想的分析因此也不能切中要害。例如，梁启超认为，启蒙思想的出现是思想史上“建设——破坏——再建设”之循环往复中的一环，在性质上属于“破坏”时期，在此环节之后的“建设”期，就是乾嘉时期的学术。他说：“启蒙期者，对于旧思潮初起反动之期也。旧思潮经全盛之后，如果之极熟而致烂，如血之凝固而成瘀，则反动不得不起。反动者，凡以求建设新思潮也。然建设必先之以破坏，故此期之重要人物，其精力皆用于破坏，而建设盖有所未遑。”（《清代学术概论》第3页）从这种观点出发，他认为明清之际的思想在成就上低于清代乾嘉时期，完全低估了启蒙思潮的意义。
    侯先生指出，梁启超的上述观点有两个明显的缺陷，其一，将思想史的发展看成是简单的“建设——破坏”的循环，脱离了社会历史发展去谈思想史的发展，使其成为抽象的玄谈；其二，他不能理解“破坏”与“建设”的关系，褒扬所谓“建设”期的乾嘉学术而看不到明清之际的“破坏”期对历史所产生的划时代的意义。侯先生的批评，抓住了梁启超在明清思想史研究中的根本弱点。我们知道，梁启超晚年笃信佛学，他对于思想学术史发展规律的研究，其理论基础是佛学“生、住、异、灭”的循环发展观，这种观点，虽然似乎在形式上指出了事物变化的规律，但它既没有研究事物变化的原因，又没有看到事物发展过程中有“质”的变化，因而是形而上学的，用这种观点来考察历史的发展，只能走入历史唯心论。
    胡适评价明清思想时，曾用所谓“心硬”的“高明”派与“心软”的“沉潜”派相互交替来说明思维发展的历史（参见《胡适文存》二集卷一《费经虞与费密》），这比起梁启超的观点显得更加幼稚。侯先生在对明末清初思想史的研究过程中，时时依据科学的理论对上述观点给予了批驳。
    侯先生对马克思主义史学的开拓，既有批判，又有建设。就明末清初的思想史而言，侯先生不仅是第一个用马克主义观点给以全面系统研究的学者，而且还深入具体地研究了许多不曾为人所重视的思想家，如王廷相、黄绾、吕坤、方以智、傅山、李贽、陈确，等等。他将这些人物的思想分为四种类型，即：（一）作为启蒙者先驱的反道学的哲学思想，以王廷相、吕坤为代表，他们是王夫之、顾炎武等早期启蒙思想家的先驱。（二）泰州学派的反封建的“异端”思想，以王艮、何心隐和李贽为代表。（三）长江流域以无锡为中心的东林党人的社会政治思想与人道主义思想。（四）一些杰出的科学家与自然科学相联结的唯物主义哲学思想，如李时珍、徐光启、宋应星等，最著名的代表人物是方以智。侯先生具体分析了上述四种思想的各自特点以及相互影响，这些成果，是侯外庐先生对明末思想史研究的巨大贡献。
    侯先生研究思想史，特别注重从基本的材料出发，不作浮泛之论。他说：“研究某一个思想家，总是阅读其全部著作及有关资料，历史地、唯物地进行考察，在认真研究的基础上作出分析判断，写成文字，没有草率涉笔、掉以轻心的，没有沿袭成说、人云亦云的。”（《韧的追求》第297页）建国以后，他对明末思想的研究，很多是利用了最可靠的善本资料，如何心隐的《爨桐集》、李贽的《九正易因》，当时都只有抄本，他从容肇祖先生处借得，进行研究。与此同时，侯先生还极为注意搜集和整理思想史资料，在他的主持下，先后整理出版了《王廷相哲学选集》、《陈确哲学选集》、《明道编》、《吕坤哲学选集》、《方以智〈东西均〉》等等。这些辛勤的开拓工作，为明清之际启蒙思想的研究，打下了扎实牢靠的基础。
    侯外庐先生开始研究中国思想史的时代，正是马克思主义史学开始成长、而旧史学还有相当影响的时代，因此，在作者的主观动机上，“确实比较有意识地要表现自己与旧学者之间旗帜的区别与方法的不同”（《韧的追求》第124页）。但是， 这种区别是为了显示真理、开拓马克思主义的史学，因此，侯先生始终坚持的一个最重要原则，这就是：“严格遵循科学态度，科学地剖析每一个人物，决不单纯为了区别旗帜而简单评判任何一个历史人物。”（同上）侯先生在实践中正是这样做的，他那种为追求学术真理而披荆斩棘的开拓精神永远值得后人景仰。