祁承爜在图书资料的购求方面，还进一步提出了“眼界欲宽”、“精神欲注”、“心思欲巧”的看法(13)。“眼界欲宽”就是说购书一定要把范围放宽，不能只盯住某几类或某几种图书，而要全面地搜集，不论是经史还是子集，也无论是碑帖还是图志，凡是能购到的，都不应该轻易放过。“精神欲注”就是说购书一定要专心致志，他认为“物聚于所好，奇书秘本，多从精神注向者得之。”只要肯花功夫，图书就能源源不断地购到。“古今绝世之技、专门之业，未有不由偏嗜而致者。”(14)“心思欲巧”则是说购书一定要讲究方法，要多动脑筋。南宋著名的史学家、目录学家郑樵曾提出了求书八法：“求书之道有八：一曰即类以求，二曰旁类以求，三曰因地以求，四曰因家以求，五曰求之公，六曰求之私，七曰因人以求，八曰因代以求。”(15)祁承爜十分推崇郑樵的经验，但他并不满足于这些，他认为“自有书契以来，名存而实亡者，十居其九。”所以在郑樵的求书八法之外，更总结了两条。一是要重视辑佚工作。他指出：“书有著于三代而亡于汉者，然汉人之引经多据之，书有著于汉而亡于唐者，然唐人之著述尚存之。书有著于唐而亡于宋者，然宋人之纂集多存之。每至检阅，凡正文之所引用，注解之所证据，有涉前代之书而今失其传者，即另从其书各为录出。”(16)比如《周易坤灵图》可以从《太平御览》中找到。《会稽典录》可以从《北堂书钞》中得之。祁承爜对残缺的图书资料也同样重视，认为“汉唐以前，残文断简，皆当收罗。此不但吉光片毛，自足珍重，所谓举马之一体而马未尝不立于前也。”(17)祁承爜注意到了图书资料的亡佚，提出从引文、注解以及类书中去辑佚的主张，是非常有价值的。对后世影响很大。二是要作好调查研究，有目的地去访求。他认为古书“有必不可致者，有求之苦而得之艰者，有可随时随地而求辄得者”三类。根据这三种不同的情况，他“集四部之名在而不传者，为《名存录》，集其艰于得而力于求者，为《苦购录》，以见有镂版者，为《广梓录》。”(18)并附《购书檄》一篇，以此作为购书的工具。祁承爜还十分重视图书的序文，认为可以从中发现线索，取得事半功倍的效果。
    祁承爜在图书资料的购求与鉴别方面，提出了一系列的看法，对历史文献的整理工作帮助很大。特别是关于重视辨伪和辑佚的意见，更有深刻的影响。由于处于当时的历史条件加之实践方面的不足，使他未能取得更大的成就，深可惋惜。但他的理论，直接开了清代大规模辨伪和辑佚工作的先河，其功绩是不可埋没的。
    3
    祁承爜对历史文献整理工作的最大贡献是他在图书资料分类、编目方面的成就。目录学是研究图书目录工作规律的一门科学。我国古代很早就开始了图书分类，取得了很大的成绩。祁承爜继承了汉代刘向、刘歆开创的目录学重视学术流别，坚持从实际出发的优良传统，认真汲取了前人的成果，在图书资料的分类和著录等方面，从理论到实践进行了总结，对我国古代目录学的发展，作出了重要的贡献。
    祁承爜十分重视图书分类，他主张图书分类要类例分明，源流可考，所以推颂《七略》的成就；他强调图书分类要随时代而变，适应学术的发展，所以赞同《七录》的观点。他认为“隋志简编，虽多散佚，而类次可观；旧唐之录，本朝多缺，而新书褒益，颇自精详。”称许《文献通考经籍考》“条贯灿然，始末毕具”(19)。这样的评价是公允合理的。祁承爜关于图书分类的理论和方法，他自己归纳为四个字：因、益、通、互，下面分别加以说明。
    第一，因，就是因袭传统，按照经史子集四部来进行分类。他认为四部分类法“类聚得体，多寡适均”，“简而尽，约而详，循序仿目，检阅收藏，莫此为善。”无论是分类、编目、收藏、使用，都以四分法最为便利。“因者，因四部之定例也。部有类，类有目，若丝之引绪，若网之就纲，井然有条，杂而不紊。”(20)我国古代图书分类法，有四分、五分、六分、七分、八分、九分、十二分等多种，但应用最广的当推四分法，祁承爜的看法是在总结比较了历代图书分类法后提出来的，比较符合实际。他在自编的《澹生堂藏书目》中，首分经史子集四部，下再分若干类目，体现了他择善而从，效法四部的“因”的思想。
    第二，益，就是根据实际需要，增益一些类目。祁承爜采用了四部分类法，但他并不墨守陈规，沿袭不变，而是从实际需要出发，对传统的四分法进行改造和发展。他增删了一些类目，使分类更趋合理。“益者，非益四部之所本无也，而似经似子之间，亦史亦玄之语，类无可入，则不得不设一目以汇收，而书有独裁，又不可不列一端以备考。”(21)这里说得很明白，就是把一些本来无类可归的图书，通过设置新类目妥当地进行分类。祁承爜所增益的类目，计有约史、理学、诏制、丛书、余集五类。他认为《性理大全》、《程氏遗书》等书，为宋儒理学之言，“或援经释传，或据古证今，”“皆六经之注脚，理学之白眉”，不可与诸子并列，应入理学类。《百川学海》、《汉魏丛书》等书，“既非旁搜博采，以成一家之言，复非别类分门，以为考览之助，合经史而兼有之，采古今而并集焉，”“断非类家所可并收”(22)，特立丛书一类进行收录。祁承爜的分类，得到了后人高度的评价。近代著名的目录学家姚名达指出：“统观有明一代中，对于隋志之修正，分类之研究，比较肯用心思，有所发明者，允推祁承爜为冠军。”(23)他特别赞扬了丛书类的设立，认为此举“于分类学之功勋最巨”(24)。在祁承爜之前，还没有一个人把丛书单独列为一大类，祁承爜可谓慧眼独具。以后他的孙子祁理孙《奕庆藏书楼书目》分图书为经、史、子、集四部汇五部，姚际恒《好古堂书目》分图书为经、史、子、集、总五部，一直到张之洞《书目答问》分图书为经、史、子、集、丛五部，把丛书提高到与经史子集并列的地位，未尝不是受了祁承爜的影响。祁承爜实为设立丛书类的开山祖，他的功绩是不可磨灭的。
    第三，通，就是在四部之中，遇到一书内容混杂，兼及旁类，要根据实际情况分析出来著录。“通者，流通于四部之内也。”祁承爜认为“事有繁于古而简于今，书有备于前而略于后”，由于时代不同，图书往往也会有些变化。比如曾巩的《洪范传》王安石的《卦名解》，过去都有单行本，现在仅仅见于文集之中了。应该“各摘其目，列之本类，使穷经者知所考求。”又比如《靖康传信录》、《建炎时政记》，实属杂史类，却收在李纲的奏议之中，《宋朝祖宗事实》、《法制人物》，实属记传类，却收在朱熹的语录之内，可说是集中有子，子中有史，应该一一条理清楚，归入本类。至于“琐记、稗史、小说、诗话之类，各自成卷，不行别刻，而附见于本集之中者，不可枚举。”(25)象这样的情况，都要从原书中分析出来，归到合适的类目之下，使之条目清楚，使用方便。