氏族方面。中国历史悠久，氏族渊源流长。对于氏族，历来颇受重视，但存在不少问题，史书中也往往错谬疏漏。钱氏对于氏族问题颇为注意，他说：“顾州郡、职官，史志尚有专篇，惟氏族而不讲。班氏之《古今人表》散而无纪，欧阳（修）之《宰相世系》偏而不全，思欲贯穿诸史，勤为一书，而衰病遽臻，有志未逮。昔应仲远、王节信之述氏族，皆推本受姓之始。予谓史学与谱学不同，邃古既远，命氏之典久废，汉氏已无姓氏之分，史公于《汉本纪》称‘姓刘氏’，言汉之以氏为姓也。后儒强作解事，谓汉出祁姓，因訾史公之谬。不知项伯、娄敬赐姓，不曰祁而曰刘，此汉制之异于三代也。”他接着说：“予所谓氏族之当明者，但就一代有名之家，辨其支派昭穆，使不相混而已矣。自作史者不明此义，于是有一人而两传，若《唐》之杨朝晟，《宋》之程师孟，《元》之速不台、完者都、石抹也先、重喜者矣；有非其族而强合之，若《宋纪》以余晦为介子者矣；有仞昆弟为祖孙，若《元史》以李伯温为彀子者矣。至于耶律、移刺本一也，而或二之；回回、回鹘本二也，而或一之。氏族之不讲，触处皆成窒碍，此虽卑之无甚高论，实切近而适于用，至于遥遥华胄，始置勿道可尔。”[4]意思是，史书中存在很多氏族问题，应当重视，但不可好古。
    钱氏对于“廿二史”等史书中的一些氏族多有考究，这里仅举关于李延寿写氏族人物问题一例；魏晋南北朝崇尚门第，讲求家世，当时及稍后的史书颇染此风。李延寿所撰《南北史》中的人物传，多以家世类叙，不以朝代为限制，有议其失者。钱氏认为，“当时本重门第，类而次之”，“甚得《史记》合传之意，未可轻议其失。”[4]但他又觉得，李延寿对氏族并不很通，乃针对《北史·外戚传》前言“又检杨腾、乙弗绘附之魏末，以备《外戚传》云”，而发论：“乙氏自有家传，[8]绘又无事迹可称，正当类叙，以省繁复，何须别入《外戚》邪？李氏徒见魏澹书有此二人，亟为附益，而不知乙弗氏之即乙氏，乙弗莫瑰之即乙瑰，若以乙弗后与乙瑰两传参校，去其重沓，又以绘附其父瑰之后，庶几简而有法矣。”[3]这就表明，李延寿《南北史》既然以家世类叙，而又对氏族不甚了了。
    年代问题。时间是社会历史的基本要素之一，因此治史要注意年代以及中国古代纪年的年号，还有历史人物之活动时代及其生卒年。“廿二史”等史书在这方面是有失误的。钱氏在年代问题上也多有考究，试举关于宋代人洪迈的生卒年问题为例。《宋史·洪迈传》记载：“淳熙改元……明年，再上章告老，进龙图阁学士。寻以端明殿学士致仕，是年卒，年八十。”钱氏觉得这个记载有问题，说：“据《传》文，似淳熙二年告老，即以其年卒。今考之，不特‘淳熙’字误（按：当是‘绍熙’），即谓卒于绍熙二年（1191年）亦误也。”据他考究，“《容斋三笔》成于庆元二年（1196年）六月，其序云：‘予以会稽解还里，于今六年，年令之运，逾七望八。’则是庆元二年丙辰，迈年尚未盈八十也。据《续笔》云，乾道己酉（1169年），年四十七。迈既寿至八十，其卒当在嘉泰二年壬戌（1202年）矣。”[3]这是依据洪迈《容斋随笔》的材料，考明洪迈的卒年。这来自第一手资料，是完全可靠可信的。所以今人已信服其考，采用其成果。
    天文历算问题。钱氏学兼中西，通天文历算，于“廿二史”中的《天文》、《历》等志及历来历法，多有考究及成果，为世所取资应用。他的专著《三统术衍》三卷，是这方面的代表作。这里仅举其考究《史记·十二诸侯年表》的干支问题一例。今本《史记·十二诸侯年表》有干支，如经行第一格“庚申”，第二格“周，共和元年”；最后经行第一格“甲子”，第二格“四十三，敬王崩。”钱氏认为：“史公以汉太初元年，岁在焉逢摄提格，据此上推，共和之元，不值庚申；且汉人言太初百四十四而超一辰，不皆依六十之序，故史公作表有年岁而无干支，此表“庚申”、“甲子”、“甲戌”之类，盖徐广所注，非《史记》本文。”[3]关于这个问题，他再三申论，《十驾斋养新录》卷6《十二诸侯年表》条，《廿二史考异》卷68《宋书·律历志》条，《潜研堂集》卷36《答孙渊如观察书》等，也都表述了这个看法。钱氏经过考证，推断《史记·十二诸侯年表》本无干支，今本的干支是裴骃采徐广注附入，后人遂误以为正文，其主要理由是两点：（1）古人以岁星纪年，有超辰之法，司马迁不可能推断共和元年为“庚申”；（2）《史记》之《六国年表》、《秦楚之际月表》皆无干支，在此二表前的《十二诸侯年表》也不可能有干支。此考是牢靠的，其说可信。按：今北京中华书局点校本《史记·十二诸侯年表》，在“共和元年”下，有裴骃《集解》：“徐广曰：‘自共和元年，岁在庚申，讫敬王四十三年，凡三百六十五年，共和在春秋前一百一十九年’。”在“四十三年，敬王崩”下，裴骃《集解》：“徐广曰：‘岁在甲子。’”由此也可见钱氏推断的正确性。
    从上述有关官制、舆地、氏族、年代、历算等问题的考究，可见钱氏祛疑指瑕、订讹规过之一斑，足证其考史的工夫及实事求是的思想。
    三、专题考究
    钱氏“实事求是”史学的特点与工力，主要表现在“祛疑指瑕”上的专题考究。
    所谓专题，是指专门研讨的题目。专题考究往往可见作者对某些历史问题的专注及其考究的深度和水平。钱氏考史，有些方面可谓专题考究，如：
    秦郡考辨（见《潜研堂集》卷16，《秦三十六郡考》、《秦四十郡辨》）。岁星纪年法考（见《潜研堂集》卷16，《太阴太岁考》）。西汉百三郡国考（见《潜研堂集》卷16，《汉百三郡国考》）。西汉侯国考（见《廿二史考异》卷9，《侯国考》）。三统术考释（见《三统术衍》、《三统术钤》）。《三国志注》引书考（见《廿二史考异》卷15，《三国志一》）。东晋侨州郡加“南”字考，上文已谈。唐宋的大学士与学士考（见《十驾斋养新录》卷10，《大学士》条；《潜研堂集》卷28，《跋中兴学士院提名》）。宋奉使诸臣年表（见《廿二史考异》卷83，《辽史》）。《宋志》五等封国考（见《诸史拾遗》卷2）。元艺文志考（见《元史艺文志》4卷；《十驾斋养新录》卷14，《元艺文志》条）。元氏族考（见《元史氏族表》3卷）。《通鉴注》考辨（见《通鉴注辨正》2卷；《潜研堂集》卷28，《跋资治通鉴》、《跋通鉴释文》）。