但是，对沃野千里的东北垂涎已久的日本，很早就开始了对东北进行全面的调查研究，并建立了所谓“满蒙学”、“满鲜学”，而日本帝国大学教授矢野仁一的《满蒙非支那论》，则成为日本吞并东北的历史学根据。
    出于恢复故土的爱国主义思想，禹贡学会重点研究东北史地，包括对日本研究东北成果的介绍、东北的民族、地理环境和历史。《禹贡》半月刊第六卷3、4期的《东北研究专号》便是学会东北研究成果的一次集中展示。据笔者初步统计，《禹贡》半月刊发表有关东北的论文40篇左右，作者20余人，其中以冯家昇著述最丰，成就最大。
    首先是对日、俄学者东北研究成果的译介。《禹贡》学人认为这是进一步研究东北的基础性工作。俄国对东北的研究起步很早，并在人种学、语言学、民俗学、考古学、地质学、地理学等方面都取得了比较突出的成绩，而日本学者在东北史地方面的研究更胜一筹。早在明治维新之前，日本学者就开始了对我国东北的研究，“但只限于元清两朝之事，且其时之眼光与方法不脱前人之窠臼”。自明治维新以后到日俄战争，日本研究东北进入了第二时期。这一时期，产生了几位卓越的学者，“学植既富，又颇能利用西洋人之方法”，从而建立了所谓“满鲜学”或“满蒙学”的基础，其中以那珂通世、内藤虎次郎和白鸟库吉三人最引人注目。那珂通世于1900年在《史学杂志》发表了《台湾朝鲜满洲研究指南》，并著有《高句丽古碑考》、《朝鲜古史考》。白鸟库吉则精通英法德诸国文字，著有《匈奴属何种族》、《突厥阙勒碑铭考》、《契丹女真西夏文字考》、《盘据中国北部之古民族之种类》等。日俄战争后，日本进行大规模地发掘搜求史料工作。
    其次对东北民族的研究。冯家昇的东北史地研究计划中，作《东北史地》，“以东北民族为主体，打破向来以中国朝代为段落的老套，主旨在说明：一、各民族之文化概括；二、各民族间之关系；三、各民族与中国文化及政治上之关系。”（注：冯家昇：《我的研究东北史地的计划》，《禹贡》半月刊第1卷第10 期。）为此，冯家昇先后发表了《述肃慎系之民族》、《述东胡系之民族》和《原始时代之东北》、《豆莫娄国考》、《匈奴民族及其文化》等数篇论文。此外，周信的《清初东北土人的生活》、王日蔚的《契丹与回鹘考》、蒙文通的《古代民族迁徙考》等论文，也论述了东北各民族的历史、文化、它们与汉民族文化的相互关系，特别是它们与中原之间的政治隶属关系。
    第三是对东北史地的研究。主要有李晋华的《明代辽东归附及卫所都司建置沿革》、张维华的《明代辽东卫所建置考略》、潘承彬的《明代之辽东边墙》和李漱芳的《明代边墙沿革考略》等。此外，有关东北地理考证的，有谭其骧的《辽史地理志补正》、冯家昇的《辽金史地理志互校》、周一良的《都尔鼻考》、王怀中的《唐代安东都护府》、王华隆的《洛阳史迹》、饶宗颐的《古海阳地考》、张印堂的《中国东北四省的地理基础》等。
    第四是有关东北地区的历史文化的研究。如田凤章的《原始时代东北居民与中国之关系略识》、王伊同的《燕秦西汉与东北》、冯家昇《汉魏时代东北之文化》和《周秦时代中国经营东北考略》、刘选民《东三省京旗屯垦始末》以及龚维航《清代汉人拓殖东北述略》等。
    要而言之，禹贡学会的东北史地研究，取得以下几方面的成绩：
    一是基本上理清了自古及今居住于东北地区的部落、民族的源流及其历史文化。古代的肃慎、夫余、东胡诸族，近世的满、蒙等少数民族之间及其与汉族间的相互关系；表彰了各族人民共同开发、建立东北的贡献，揭示了团结是古代民族关系的主流的历史事实。
    二是研讨了中国历代政府在东北地区开疆拓土、怀敌附远、开辟榛莽、教化蛮荒的文治武功，说明了自古以来东北就是中国的领土，这是不争的历史事实。同时，也批判了封建统治者实行反动的民族隔离政策，蓄意制造民族间的猜疑和敌视，使东北千里沃土得不到应有的开发，终于给外敌以可乘之机。正如一位研究者所指出的：“东北可称地大物博，本应早已开发，但因满清排禁汉人，放任土人，以至这天府之国的饶美地域，数百年来极少进步，最后终为日人所劫夺”（注：载《禹贡》半月刊第3卷第5期。）。
    三是考察了东北地理的沿革变迁、军事要塞、边墙、物产，说明东北在我国军事防务、经济民生等方面的重要地位，为我国有朝一日收复东北建设东北做好了知识上的准备。
    禹贡学派对西北史地的研究也卓有成效。西北史地研究在清季曾形成一股热潮。时至二十世纪，西北问题依然引人注目，俄国在大面积侵夺中国西北、东北的领土之后，又凯觎新疆和蒙古。东北被日寇吞并后，西北在俄国的政治、军事上的地位更为重要。为此，禹贡学会在历史研究的基础上，加强对西北现状的调查，先后组织了“西北史地考察团”和“后套水利调查团”，获取了大量第一手资料，先后刊出了《西北史地》、《后套水利调查》以及《回族与回教》等专号，在国内外引起了较大的反响。
    例如在后套水利调查中，他们发现了兴修水利、造福一方的爱国人物王同春，其人其事在当地民众中广为流传，但在史志中却湮没无闻。于是决意要大力表彰王同春的爱国事迹，以激励民族士气。顾颉刚说：
    王同春是一个民族的伟人，贫民靠了他养活了多少万，国家靠了他设了三个县。然而他的事业是及身而失败了，他的名誉除了绥远一带之外是湮没了。如果我们再不替他表彰，岂不证明中国太没有人了！（注：见《禹贡》半月刊第2卷第12期。）