从上可见，吕祖谦与朱熹相比，其史学思想并不相同。虽然吕氏的史学思想中也含有理学成分，但他更偏重于史学的传统，具有“中原文献之学”的色彩；而朱熹则以“纯”理学的观点来阐述自己的史学思想，显示出强烈的理学色彩，形成自己以理阐史、以史证理的理论特色。侯外庐先生主编的《宋明理学史》中曾指出：朱熹把“天理论引入社会政治思想，引入历史哲学，使这些领域也呈现不同的面貌”（注：侯外庐主编：《宋明理学史》上册，人民出版社1984年版，第424页。），如果从史学思想角度来看，可以说也使这一领域“呈现不同的面貌”，这就是在该领域中从此出现了一种有浓厚理学色彩的新理论体系。
    第二，朱熹史学思想是个完整的体系，其核心是天理。之所以说是个完整的体系，是它涉及到史学思想的各个方面，如历史哲学、治史态度、治史方法论、史著编纂理论、史学批评，从哲学高度到具体的编纂、以至历史人物、历史事件的评价，都有相关的研究；说其核心是天理，是因为在每个部分都贯穿着他的天理论（注：参见拙作：《朱熹史著编纂思想》，载《朱子学专刊》1987年11月；《朱熹历史哲学的层次分析》，载《朱子学刊》第二辑，1990年10月。另外，笔者已经发表了《试论朱熹的史学人才观》、《朱熹给赵师渊“八书”考辨》、《朱熹与〈通鉴纲目〉》、《〈通鉴纲目〉作者考辨》、《朱熹生前主要著述流传考》、《朱熹经世致用思想新议》、《道统之争-朱陈之辩新探》、《郑樵与朱熹：史学思想的异同》等文，可参见。）。下面撮要论述。
    朱熹史学思想的哲学基础是其历史哲学，而其历史哲学的最高层次是天理论。在这一层次中，他把天之“道”（历史发展的规律）与人之“道”（封建的伦理道理）等同起来，认为两者都是永恒的，泛称为“天理”，以此为基础来讨论人类社会的发展和个人在历史上的作用等等相关问题。虽然，朱熹在人类社会发展的客观现实面前，也不得不承认它的发展有一种不以人类意志为转移的必然趋势，但他又把这种“势”置于“理”规定性之下，即所谓“理势”；虽然朱熹在研究历史中，发现了人在人类社会的发展中可以起到一定的、积极的作用（所谓“本领”作出的“事业”），看到了人的主观意志（心术）与社会实践（经世致用）之间的内在关系，但他夸大了人的主观意志的作用，提出了正“心术”的观点，而正心术正是要求人们去理解、认识天理这一永恒的“真理”！显然，朱熹以认知“天理”来替代认知历史发展的规律，把认识天理作为历史研究的终极任务。可见，朱熹天理论贯穿到历史哲学的各个方面，充分显示其历史哲学的理学色彩。
    在治史态度上，朱熹强调四书六经是天理所在，是学者首先要认真学习的；而史书中“道理不多”，无须费力去研究，因而治史只能作为认识天理的辅助手段。他强调学者必须先经后史，“培壅根本”，然后才可去治史，才能对史书中的天理、人欲一目了然。这样，历史事件、历史人物所反映出来的是非、利弊、得失、功过、成败等等经验教训，便善可为法、恶可为戒，对己身的道德修养才会有益，治史才有价值。显然，朱熹在治史态度上仍是以认识天理为核心，其基础便是天理论。
    在治史方法论上朱熹有一些独到的见解，如搜集史料上应该博采善择，强调实证的治史方法，这些都是应该予以肯定的。但是，朱熹认为治史方法仅仅是手段，而治史目的则是为了更准确地认识天理。因而在主次关系上，他强调明天理是主，是目的；治史方法是次，是理解天理的手段。正因为如此，为了论证圣贤之语便是天理，他就往往抛弃自己所强调的实证方法，忽视甚至歪曲历史事实。如朱熹认为《周礼》是周公所作，于是反复“考辨”，“证实”《周礼》所载之语便是圣人所阐述的天理。
    在史著编纂方面，朱熹的远见卓识与迂腐固执两方面都表现得淋漓尽致。朱熹对董仲舒、刘向父子、班固等人的五行推衍正统论作了哲理性的改造，提出了“大权归一”便是正统的观点；同时又从序名分这一“天理”出发，把蜀汉认定为“正统之馀”的王朝，归入正统这一大的系列。这样，他的“大权归一”的正统标准便出现了二律背反的矛盾：如果把“大权归一”作为正统标准，则蜀汉不能归入正统这一系列之内；如果把蜀汉归入正统系列，则“大权归一”是正统标准就难圆其说。显然，从序名分这一天理去判断正统与否，是难以得出符合历史真实的结论的；况且，五行推衍正统论的本身便不可取。当然，朱熹的正统论也含有如何解决数朝并列时的史著编写方法问题，他主张采用书写甲子来解决这一难题，确实含有一定的合理因素。朱熹把正统论作为编纂史书的根本纲领，在编纂原则上犯了难以挽回的错误，即使在具体编纂方法上有些创见，在总体上也无法避免错误的轨道。在史书编撰体裁上，朱熹能摆脱马、班优劣问题的束缚，别开生面地提出史体互补的观点，其见解确实比他前辈或同时代学者们高明。至于他主张秉笔直书，继承了前辈史家的优良传统，无疑也是正确的。朱熹强调著史必须贯穿义理（即天理），含有从哲学、政治理想高度来统率编史的因素，从其高瞻远瞩看，他并不比前辈或同辈中那些优秀史家逊色；然而这种观点仍是一种理学的说教，十分明显地反映出他那强烈的以理学占领史学阵地的愿望，偏离了史书编纂的正确途径，其局限性是不言而喻的。朱熹亲撰《资治通鉴纲目》一书，力图以重天理而据事实作为自己编纂此书的原则，其原意固然是想“以理阐史”，但无法将所有历史事实都归入理学轨道，确实显示出一种矛盾的心态。作为一个理学家，他是无法摆脱这一窘状的。
    朱熹的史学批评思想，完全是以“天理”这一标准来衡量史学著作、史家和历史人物的。虽然他在具体论述中也不乏精见卓识，如功过不掩的人物评价方法之类，但其最终目的仍是为了阐述天理，而且一以贯之。