明清两代情况与元代有所不同。明太祖、成祖都欣赏《通鉴纲目》；而清康熙、乾隆两帝更是对《通鉴纲目》推崇备至。康熙不但下令将《通鉴纲目》译成满文，还亲自序曰：“朱熹（《纲目》）……纲仿《春秋》，目仿《左氏》，义例森严，首尾条贯，足以示劝惩而昭法戒。煌煌乎典章之总会，而治道之权术也”，自称“于《纲目》一书，朝夕起居之时，循环披览，手未释卷”（注：《清圣祖实录》康熙三十年三月戊子，《清实录》第5册，中华书局1985年，第666页。），亲自批注；乾隆即位之初，便规定乡试、会试策题“必令详引《纲目》中事迹人物”（注：《清高宗实录》乾隆元年五月，《清实录》第9册，第474页。）；乾隆还在修《明纪纲目》的诏书中宣称：“宋司马光汇前代诸史为《资治通鉴》，年经月纬，事实详明。朱子因之成《通鉴纲目》，书法谨严，得圣人褒贬是非之义。后人续修《宋元纲目》，上继紫阳，与正史纪传相为表里，便于检阅，洵不可少之书也。今武英殿刊刻《明史》将次告竣，应仿朱子义例编纂《明纪纲目》，传示来兹”（注：《清高宗实录》乾隆四年八月辛巳，《清实录》第10册，第486页。）；乾隆还专门下诏就正统论问题表示自己看法：“《春秋》大一统之义，尊王黜霸，所立万世纲常，使名正言顺，出于天命人心之正。紫阳《纲目》，义在正统，……夫正统者，继前统、受新命也。……至元世祖平安，始有‘宋统当绝，我统当绪’之语，则统绪之正，元世祖已知之稔矣！……盖《春秋》之大义，《纲目》之大法，实万世不易之准。”（注：《清高宗实录》乾隆四十六年十月，《清实录》第23册，第308-309页。）乾隆帝在肯定朱熹的“大权归一”即是正统的前提下，以华夷不别为清王朝争正统，在现在看来是没有什么意义的，但在当时则是很为重要的。这里可以看出朱熹正统论对当时修史也产生了很大的影响，这与元代有不同。
    在帝王的推崇下，朱熹史学思想对学术界的影响就十分大了。明人谢铎上书宪宗，称：“《（通鉴）纲目》一书，帝王龟鉴”（注：《明史》卷163《谢铎传》。），要求以此作为长治久安的法宝；王世贞更是声称自己一以朱熹为准，推崇道：“考亭朱子熹因《通鉴》为《纲目》，黜魏帝汉，义例严正，真是非不谬于圣人”（注：王世贞：《纲鉴会纂·序》，清光绪三十五年上海美华书局石印本。），甚至强调说：“《通鉴纲目》不作，则《尚书》、《春秋》之旨渐微”（注：王世贞：《纲鉴会纂·序》，清光绪三十五年上海美华书局石印本。），将《通鉴纲目》与六经相提并论；谢陛作《季汉书》也是“遵朱子《纲目》之义，尊汉昭烈为正统”（注：《四库全书总目提要》卷50《季汉书》条。）；清人徐鼒在《小腆纪年附考自叙》中说作此书是：“所以仰遵纯庙圣谕，窃取《春秋》、《纲目》之义，汲汲以正人心、维世运之愚衷，与不才之躯同忽焉没矣，是则梓而存之之意也夫！”（注：徐鼒：《小腆纪年附考》，载《明清史料汇编》第四集，台湾文海出版社1967年版，第8页。）正由于此，明清两代以《纲目序》的天道、人道为宗旨而撰写的史书极多，严重地束缚了史家们的思想，影响了史学的发展。
    总之，朱熹史学思想对后世影响较大者是正统论、名分论及强调著史必须贯穿义理等落后因素。产生这种结果的原因，除了朱熹史学思想本身的弱点之外，主要是封建帝王以及朱子后学在把朱熹“圣人”化的过程中，突出了朱熹史学思想中的封建伦理纲常（义理、道德修养），而抛弃了其他合理成分。他们的目的是要使朱熹变成了“朱子”、凡人变成“圣人”、把朱熹自创的一家之说变成了封建社会后期的“统治思想”，即“朱子学”（所谓程朱理学，核心是朱子学）。平心而论，这种责任主要不在朱熹身上，而在神化朱熹者身上。朱熹确实强调封建的伦理纲常，但是，朱熹思想是封建社会还在上升时期、中原王朝受到周边少数民族的威胁时、中国传统的儒学受到佛学冲击的情况下产生的，因而这种思想是符合时代需要的，并非属于没落、腐朽的思想，这与中国封建社会走向没落时再出现是不可同日而语的。当然，朱熹思想中也有不少落后因素，而且还被封建统治集团利用了，这不能让朱熹来负责，我们不必苛求古人。必须指出，客观地评价朱熹思想与复活朱熹理学是两种完全不同的态度。客观评价朱熹思想，目的在于清理中国的传统文化，使人们更加清楚地了解中国历史的发展和曾经取得过的成就，以此找到中国文化的出路和方向；而复活朱熹理学，则是一种不切实际的想法。因为朱熹思想已时过境迁，如果不从现代社会的具体条件着眼而想复活理学，笔者以为太缺乏历史主义的眼光了。