侯外老在《中国近世思想学说史·自序》中说：“本书所采用的研究方法，仅‘朴实 ’二字。”他是从大量无可置疑的第一手资料出发，从精读原著、精研每一个个案入手 ，来作通观全体之研究，从而作出“启蒙”性质的论断的。他研究得最精深的是王船山 ，作《船山学案》；由此下行，精研各时段思想界的代表人物，集个案研究而成宏篇巨 帙，遂有从王船山至王国维的《中国近世思想学说史》（《近代中国思想学说史》）和从 王船山至龚自珍的《中国早期启蒙思想史》；然后又从王船山向上追溯，精研王艮、何 心隐、李贽、王廷相、罗钦顺、吕坤及东林学派诸个案，肯定这一时期的进步思想已开 17世纪启蒙思潮之先河。
    “早期启蒙说”决非有意抬高古人学说的价值，而是以严格的科学研究的态度所得出 的结论。对于以个人的好恶去肆意抬高古人、以古人的学说与西欧近代思想作牵强附会 之比较者，侯外老表示了坚决反对的态度。他曾经列举了学界的种种错误倾向而予以批 评，指出：“有因爱好某一学派而个人是非其间者；有以古人名词术语而附会于现代科 学为能事者；有以思想形式之接近而比拟西欧学说从而夸张中国文化者；有以历史发展 的社会成分，轻易为古人描画脸谱者；有以研究重点不同，执其一偏而概论全盘思想发 展的脉络者；有以主观主张而托古以为重言者。凡此皆失科学研究之态度。”（注：侯 外庐：《中国古代思想学说史·自序》。）侯外老的中国思想史研究，是极力避免他所 批评和反对的以上错误倾向的。他的结论是从材料中得来，而不是先预设一些原则，然 后再去寻找材料，所以他才说他的研究方法“仅‘朴实’二字”。对于那些否定“早期 启蒙说”的人们而言，侯外老对大量的史料的朴实引证，永远是他们绕不过去的一大障 碍。不正视这些史料，而空诬为“伪问题”，足见其学风浮躁而已。
    第二，它对思想变迁的内在理路作了精微的辨析。
    侯外老在思想史研究中十分注重思想演进的内在理路的辨析。早在写《中国古代思想 学说史》的时候，他就给自己提出了以下问题：“人类的新旧范畴与思想的具体变革， 结合何存？人类思想自身的过程与一时代学说的个别形成，环链何系？学派同化与学派批 判相反相成，其间吸收排斥，脉络何分？”（注：侯外庐：《中国古代思想学说史·自序 》。）而在早期启蒙思想史的研究中，关于明清之际学者与宋明理学的关系，是一个颇 有争议的问题，这就需要在清理思想发展的内在理路上狠下一番功夫。在这方面，侯外 老表现出极深蕴的功力和极敏锐的眼光。如论王船山学说与程、朱、陆、王的关系，论 定王船山“对朱为否定式的修正，对王为肯定式的扬弃”（注：侯外庐：《中国早期启 蒙思想史》，人民出版社1956年版，第43、179、38、19、3页。）。又如论黄宗羲与宋 明理学的关系，侯外老指出，梨洲虽然在思想体系上犹保留了“明道之余技”而留连于 理学的“枝叶”，但在基本上则自觉于人类现实的社会，反省于社会活生生的人类（注 ：侯外庐：《中国早期启蒙思想史》，人民出版社1956年版，第43、179、38、19、3页 。）；关于全祖望与黄宗羲学说的关系，侯外老指出：“全谢山笔削枝叶，不失学者态 度。明人好为晚年定论之说，在晚年定论一命题下便渗入了后学的新观念，于根柢上发 展了前儒，全谢山亦然。不明这一点，无以言‘史’的思想过程。梁任公先生虽有夸大 清学之病，而把根柢放大，犹可见其一面，而冯友兰先生抹煞根柢，重视清儒之‘留连 ’者则失实远甚。”（注：侯外庐：《近代中国思想学说史》，上海生活书店1947年版 ，第135-136页。）这些论断，在我们看来，都是合乎实际的确然不易之论。
    第三，它科学地揭示了16～19世纪中国社会时代思潮的本质。
    在侯外老以前，梁启超、胡适之皆曾认为清代学术类似于西方的“文艺复兴”，这充 其量只是一种现象形态的类比；而侯外老用“启蒙”二字来论定16～19世纪中国社会思 潮的变迁，才真正揭示了时代思潮的本质。
    侯外老把早期启蒙思潮的理论形态归结为“个人自觉的近代人文主义”。他说：
    在十六、七世纪之交，中国历史正处在一个转变时期，有多方面的历史资料证明，当 时出现了资本主义的萌芽。因此，在社会意识上也产生了个人自觉的近代人文主义。（ 注：侯外庐：《中国早期启蒙思想史》，人民出版社1956年版，第43、179、38、19、3 页。）
    从这一观点出发，他肯定王夫之具有“人权平等”的思想，肯定黄宗羲的《明夷待访 录》类似“人权宣言”，其中“具有人权平等、自由放任的道理”，并且“由人权的平 等推论到法律的平等”；又进一步阐说黄宗羲个性解放的自由思想，指出“人文主义的 自我解放或自由的思想，和他的政治哲学脉络相贯，而为近代启蒙者的精神”，“崇拜 个性”是启蒙学者自由思想的一个重要表现。又肯定傅山反奴性思想“具有启蒙期个性 解放的进步性”。他认为顾炎武的“清议”论，“含有近代‘大宪章’里的‘自由’的 内容”，“是近代言论自由的‘新民’思想”；又说顾炎武的“经济思想的前提，是自 由经济与私有恒产”，而顾炎武之所谓“以天下之权寄之天下之人”的政治思想，更体 现了“市民的民主要求”。自由、平等、人权是近代启蒙思想的理论基石，是“个人自 觉的近代人文主义”的集中体现。由以上论述可见，侯外老是深刻地把握了“启蒙”的 精神实质的。
    第四，它科学地揭示了社会历史的演进与思想之发展的关系。