当然，修昔底德的选择性不仅表现在对演说的记载，还体现在对历史事件的记述之中。让我们仍然回到狄奥尼修斯，他选取两个事例，对修昔底德的选择性进行了十分有趣的分析。他的第一个事例是公元前430年，雅典人在遭受斯巴达人连续两年的入侵和瘟疫的巨大打击之后，已有求和之意，乃派遣使节到斯巴达进行和谈，修昔底德对此只是一笔带过，云谈判“没有成功”（II，59）；但在记叙到公元前425年斯巴达因在皮洛斯战败、300名士兵被俘而试图同雅典和谈时，修氏却详细描述了和谈的过程，不仅记录了斯巴达使节在雅典的演说，而且还列举了雅典人拒绝和谈的理由（Ⅳ，15～21）。对于这两件性质相同的事件，修昔底德的处理方式却截然不同，狄奥尼修斯对此十分不解，他质问道：
    如果有关雅典使节的记载只需提到谈判的要点，而省略使节们的论点和呼吁，是因为这些论点没有说服斯巴达人同意停战的话，他（修昔底德）在记叙斯巴达使节访问雅典时，为什么不遵循同样的方法呢？他们离开时同样没有达成和平啊。如果有必要对后者详加记述的话，他为什么如此粗心地忽略前者呢？……也许有理由详述其中的一次谴使而忽略另一次，但我不能理解他为什么重视斯巴达的使团而非雅典的，重视在时间上居后的而非居前的，重视敌方的而非己方的，重视在较小不幸而非更大不幸情形下的和谈。[25]
    当然，狄奥尼修斯肯定没有意识到，修昔底德详述斯巴达使团的一个目的，是为了突出表现雅典人的野心以及民主派领袖克里昂之流的煽动（Ⅳ，21），在修氏看来，这是雅典走向失败的真正原因。但即使如此，狄奥尼修斯的分析还是揭示了修昔底德书写历史的方式：对不同的事件进行简略不同的处理，或详而述之，或一笔带过，甚至于完全缄默。这些当然都是古今历史学家惯常使用的方式，原本无可厚非，但修昔底德对一些重大事件的沉默不语还是令分析者们十分困惑。例如在第一卷概述所谓“五十年时期”（pentecontaetia，公元前479-前435）历史时，他完全没有提及公元前449年的“卡里阿斯和约”。这一和约结束了雅典和波斯长达近半个世纪的敌对状态⑨，对雅典的霸权及其和提洛同盟诸邦乃至伯罗奔尼撒同盟的关系都不无重大影响，从而可以说非常贴近修昔底德所关注的雅典和斯巴达这两大阵营何以爆发战争的问题，而他似乎又不可能不知道这样一个和约的存在，因此他的完全沉默就十分奇怪了。也许更令人费解的是，他全然没有提及公元前425年雅典重新核定同盟诸邦交纳贡金数量的事件。这年雅典的公民大会通过法案，下令重新核算各邦需缴纳的贡金，幸而法令的部分铭文得以保存下来，给我们提供了一个可以和修昔底德的记载进行比较的难得机会。法令规定，由500人议事会选出一个十人委员会负责确定应该缴纳贡金的城邦，派遣各由2人组成的4组传令官分赴帝国（即提洛同盟）的四个区域，宣布雅典人的决定并要求各邦派代表到雅典参加核定。具体数额的核定由1000名陪审员组成的陪审法庭负责。法令还规定，以后每四年重新核定一次贡金的数额，在大泛雅典娜节期间进行，铭文的下方还开列了所有必须缴纳贡金的城邦名单及其应缴纳的金额⑩。法令的目的显然是为了增加贡金的额度，其规定的总额从战前的约400塔伦特大幅上升至不少于1460塔伦特。雅典的这一行动无疑是伯罗奔尼撒战争中的重要事件，对雅典同提洛同盟诸邦的关系和战局的发展都有直接而根本性的影响。由于这一事件影响面极广，修昔底德不可能对此一无所知。很难想象，一个以客观记载这场战争历史为己任的人会完全忽略这样重大的事件。它只能说明，修昔底德的历史书写是有所取舍和选择的。除了对上述这样重大事件的忽略，学者们早已注意到，修昔底德的记叙在很大程度上忽视了波斯在伯罗奔尼撒战争中所起的作用，只是到了其著作的最后一卷，波斯的作用才有所体现。
    至此我们的分析应该已足以说明，修昔底德的历史书写并不是像人们通常所认为的那样，是客观真实的历史记载。一方面，由于资料的限制，他不可能做到完全的客观真实，对许多细节的描绘只能是根据自己的理解和想象；另一方面，修昔底德也像所有的历史学家一样，根据自己的理解和判断对历史事件选择性地加以详略有别的记载。换言之，修昔底德的历史书写同样是对伯罗奔尼撒战争这段特定历史的建构。可以肯定，他所记载的战争中的重大事件是真实的，但对这些事件的细节的描述、对它们之间的关联性则很可能是修昔底德本人的合理想象和理性分析。甚至可以说，是修昔底德的理性建构。事实上，笔者认为，“理性建构”是解读修昔底德历史的一把钥匙。为了理解这一点我们就必须回到公元前5世纪后半期希腊世界（尤其是雅典）的知识生活背景中去。其时，经过几代哲人和思想家的思索和探讨，希腊思想的方式已经从“神话”（muthos）方式全面转向“理性”（logos）方式。尤其是在公元前5世纪中后期，可以说希腊世界经历一次思想方式的巨大变革，智者派对知识与宗教传统的挑战，悲剧家们对传统神话主题的反思和重新诠释，都是这种思想变革的体现。反映在历史思维方面，历史学的开创者们开始尝试从人本的角度，以理性探索的方式，去理解与把握过去的历史。希罗多德之所以把自己的历史著作称为“探究”（historia），正是因为他运用理性思维方式理解和把握历史的缘故。如果说作为最初的开创者和“历史学之父”，希罗多德的历史书写还多少带有“神话”方式的痕迹的话，那么站在他的肩膀之上进行历史书写的修昔底德已经能够将成熟的希腊理性思维方式熟练地运用于历史写作这一新兴的文学领域，因而他的著作很快成为新型思维方式下历史写作的经典，成为理性历史的准绳。对于修昔底德而言，历史书写的目的并不仅仅是记录过去事件，更重要的是发现和阐明那些事件背后的一般性规律，以使历史能够成为现实生活的指导。过去的历史事件虽然各不相同，但都是可以通过对人性的把握来理解和解释的，因而不必依靠超自然的因素进行解释。详述具体历史事件的意义即在于通过个别事件的叙述来把握在事件背后起作用的人性以及人类社会群体的一般性行为模式。因为人性是不变的，人类群体的行为模式是循环反复的，所以历史事件也可能在将来重复。修昔底德的历史书写中充满了对人性及人类社会群体一般特性行为模式的分析，例如在米提林辩论中，克里昂和他的反对者狄奥多托斯都会援引对人性的剖析来为自己的立场辩护，尤以狄奥多托斯的辩词为甚，其主要论点即是建立在对人类行为的一般性理解之上的。他提出城邦和个人一样，在本性上易于犯错。严厉的惩罚非但无助于阻止反叛，反而会使盟邦的反叛更为激烈（Ⅲ，45-46）。修昔底德一般性规律的剖析还包括他对权力的马基雅弗里式的理解，他以雅典人所说“有力量者主导，弱者只能屈从”，阐明了权力政治的准则。这也是他探究雅典和斯巴达两大阵营爆发冲突的根本原因的钥匙。在其著作的前言中，他说他计划详述双方发生分歧的原因以及发生冲突的各个事件，以使每个人都清楚地知道是什么导致了这场希腊世界的大战，接着他说：“但是我认为，战争的真正原因很可能被这样的叙述所掩盖。使战争不可避免的原因是雅典力量的增长以及斯巴达人对此的担忧。”[26] 正是这种理性的分析使得修昔底德的著作成为“垂诸永远”的作品。不过这并不意味着，修昔底德做到了客观公正，没有自己的价值判断，正相反，他其实是从自己的价值倾向和政治立场出发来书写伯罗奔尼撒战争史的。虽然他对自己的城邦表现出了强烈的热爱之情，但同样明显的是，对于她所施行的民主政治制度，他并不赞同。因而在他看来，雅典就像个希腊悲剧中的伟大英雄，终因自身致命的缺点而导致悲壮的结局。实际上，他的历史书写很可能受到了希腊悲剧的影响，他所着力描写的人物（如克里昂）和事件（如西西里远征），客观上都突出了雅典民主政治中所体现出来的恣意与骄傲，就像英雄致命的缺点，导致了雅典最终的失败。