论《春秋》三传次序时，《疏证》虽无明确的论断，但也提出可供辨证的意见。《序录·次第》按通常的看法，述三传次第曰：“左丘明受之于仲尼，公羊高受之于子夏，谷梁赤乃后代传闻。三传次第自显。”《疏证》在引述《汉书·艺文志》、杜预《春秋左传集解》疏解三传次第之说后，又引桓谭《新论》、《礼记·王制》正义所引郑玄驳何休等异说以为参证，曰：“此三传后先之次，而桓谭、郑玄皆以公羊在谷梁后，疑就著竹帛史言之。”（28）则认同郑玄“谷梁近孔子，公羊当六国之世”的说法，认为《序录》言《公羊》在《谷梁》之先，大概以成书的时代而论。
    其三，关于《诗经》鲁、齐、韩三家。《序录·次第》引《汉书·艺文志》，指出“鲁最为近之”，齐、韩诗则“咸非其本义”。《疏证》又辨析齐、韩二家何者稍近，曰：“窃谓齐学之五际六情，本与《易》阴阳、《春秋》灾异相次，犹焦延寿之独得隐士之说也，则齐学实为巨异。”（29）于此有进一步的发明，条列出鲁、韩、齐三家与《诗》义由近到远的次序。
    （二）对诸经之学源流演变的论述
    阐述诸经之学的源流、演变及不同流派之消长，揭示诸经之学在各个时代所取得的成就和认识意义，是《疏证》“辨章学术，考镜源流”的要旨。书中对各经学术发展史多有阐述，或详或略，可归为三端。
    其一，对各经学术发展脉络的把握。以《尚书》学为例，自西晋起，统治《尚书》学千余年的伪古文《尚书》在清代既已成定谳。那么，今文《尚书》学短暂的发展史就显得尤为重要。《疏证》从五个方面归纳了“今文《尚书》之传始于伏生，盛于三家，歇于永嘉之乱”的历史。其中尤可注意者：一是点明伏生有《大传》四十一篇、郑玄所注以及西汉三家遗说的重要性，今存清人辑本，“固治《尚书》者所宜取资也”。二是阐述今文《尚书》学在西汉最为兴盛。欧阳氏、大夏侯、小夏侯三家皆有本经、有章句。三家传授又有九人，各为名家。今文《尚书》立于学官，宣帝时石渠之论则有《尚书》博士的《议奏》四十二篇。而在东汉，今文《尚书》学则流于平淡。至永嘉乃衰灭以尽。三是指出今文《尚书》学的支流。即有夏侯始昌、夏侯胜、刘向父子等的《洪范》五行推验灾异一脉（30）。
    其二，对不同经学流派消长的分析。各经源流，派有所分，流派消长是学脉走向的具体表现，故不可不知。魏晋南北朝时期，是《易》学发展变化的重要阶段。王弼吸取玄学思想，以义理阐发《易》学，与郑玄《易》学为代表的旧学相左，形成势头强劲的新流派。《疏证》分析了两家流派的消长。先是魏晋之际，玄学大行，东晋中兴，只置王氏《易》学。至南北朝时期，因“陆澄、王俭等皆谓玄、儒不可偏废；请置郑氏”，故二家并立。此后二派互为角逐，“大抵北朝用郑，南学宗王，至隋则王注盛行，郑学浸微”。最后因唐孔颖达《五经正义》选用了王弼、韩康伯注，而郑学衰竭矣（31）。
    其三，揭示学术之流变。学术发展因时而异，在变化中推演。《疏证》注意了经学史的流变，因而能够表阐不同时代的发展特征。仍以《易》学为例，西汉时期，京房《易》学的出现是一转折。《疏证》引《汉书·儒林传》曰：“成帝时，刘向考《易》说，以为诸家《易》说皆祖田何、杨叔元、丁将军，大义略同，唯京氏为异党。”经分析京氏《易》授受源流，《疏证》作出结论说：“然则灾变之书、隐士之说，要非田生、杨、丁之旧可知也。”（32）《易》学在东汉末郑玄时又有一变。郑玄综合今古文《易》学，约之以《周礼》，于是郑氏《易》学一时风行。纵观汉至六朝《易》学的历史，《疏证》总结为三变：“盖孟、京《易》行而施、梁丘衰；郑、王《易》行而孟、京衰；王氏大行而郑氏衰。术数之学绌于玄言，于此可以观世变矣。”（33）
    （三）对经籍流传的阐释
    经学典籍是经学学术与思想的载体。因此阐述经籍产生与流传的过程，是分析经学史发展状况的重要内容。《疏证》对经学典籍流传的阐释，突出表现在以下几个环节。
    一是追索经书名称的由来。经书名称的由来和确定，反映出人们对经典认识的程度。《疏证》论“尚书”之名的出现，条列了各种说法。如马融以为乃上古有虞氏之书，故曰“尚书”；王充《论衡·正说》以为乃上古帝王之书；伪孔序以上古之书乃谓“尚书”；郑玄则认为“尚”字乃孔子所加；孔颖达《正义》则以为乃伏生所加，众说纷纭。《疏证》经过一番比较，较为认同“尚书”乃上古之书的含义，并指出此名约产生于汉初。《史记·太史公自序》引司马谈之言，已有《尚书》之称（34）。至于“毛诗”之名，则据《汉书》、《后汉书》等史料，指出毛亨作《诗诂训传》时，尚无“毛诗”之名。延至毛苌传《诗》之时，始题曰《毛诗》（35），从而说明了小毛公在传播《诗经》学上的作用。
    二是分析经书内容的来源。《礼记》本为孔子门生所闻所记，内容庞杂，后人又多有损益，至汉代方形成大小戴二家《礼记》。然二戴《礼记》内容又多不相同，其源流所自，说法很多。《疏证》综核众说，断以己意，分析了二戴《礼记》内容的来源：一为礼家之记，二为乐家之《乐记》，三为《论语》家之《孔子三朝记》，四为《尚书》家之《周书》，五为诸子中之儒家，六为道家，七为杂家，八为汉人著作，九为《逸礼》（36）。这些分析为经学研究者深入认识《礼记》的思想奠定了基础。
    三是讨论经书的流传。《周礼》的产生流传，《序录》以寥寥数语一笔带过。《疏证》爬梳史料，详细地阐论了《周礼》的产生、发现及流传之隐显。首先，《疏证》以马融《周官注》辑本为据，认为《周官》六篇乃周代史官所著。其次，指出秦始皇焚书后《周官·冬官》已亡，时人以《考工记》补之。并引郑玄《三礼目录》、《六艺论》之言，以证《冬官》乃为汉前所补。《周官》在壁中发现时已有六篇，批驳汉时才补《考工记》或汉时才使博士做《考工记》补之的说法。再次，述汉初得《周官》，成帝时刘向父子著录，王莽及东汉章帝时立于学官，此后传授渐盛的过程。驳何休等人以为《周官》乃伪书之论（37）。《周礼》的产生历来各有说法，至今也仍存在争议。然吴承仕综汇史料，详述其流传历史，亦成贡献于经学史的一家之言。
    四是辨析典籍传承中误传伪托的原因。厘清经学典籍流程中误植或伪托，辨析其缘由，亦是经学史中正本清源的重要工作。以《易》学中京房的著述而言，其误传和伪托的现象就比较突出。仅以《隋书·经籍志》为例，其经部、子部著录的京房《易》著多达25种，然而绝大多数为误传或伪托。《疏证》分析其根源，一为弟子述师说而冒用师名；二为术数占验之书多依托；三为用京房之法推论而假称京房之名，如《晋灾异》一书；四为后人所作，传承者误认为京房之书，五为本署京房之名而有异议者（38）。
    综上所述，《疏证》以其详博的征引和简明的论断，从几个方面梳理了唐前经学史的脉络。从把握各时代学人对经学内涵认知状况的角度，部分地达到了“把时代各人物所了解的经学的意义，作郑重的申述”（39）的目的。