戚本禹的文章发表不久，在学术界引起强烈的反弹，许多马克思主义史学家都不赞同戚本禹的观点。据张传玺的《翦伯赞传》披露：翦伯赞对前来看望他的中华书局总编辑金灿然就谈到了自己的观点。他说：“李秀成在太平天国革命史上功勋卓著，在国内外的名声都很大，作为历史上的农民出身的农民革命领袖，评价应当慎重，应当看主流，看大节。是‘伪降’？‘真降’？还是‘争取曾国藩共同反抗外国侵略’？都不要轻易做结论。”对于戚本禹文章中所表现出来的盛气凌人的态度，翦伯赞尤为反感。他说：文化学术是党的事业，是人民的事业，是伟大的事业，要搞好这一伟大事业，要有党的政策，还要有人。光靠几个共产党员是不够的，还要发挥每一位非党专家的作用。罗尔纲在旧社会就开始研究太平天国革命，为农民革命群雄立传，做了共产党人应当做而尚未做的工作，我们应当欢迎，应当支持。共产党员应当虚心，应当学会以平等待人，不要因为自己学了几句马列主义就盛气凌人！
    1963年9月14日，中宣部召集学部、近代史所及《新建设》杂志负责人开会，专门讨论戚本禹评价李秀成的文章。与会者多数认为：《历史研究》对戚本禹的文章处理不慎重。李秀成不同于曹操等一般历史人物，他是中国近代史上的政治人物，是民族英雄。他奋斗、革命了一生。后被俘八天，有点动摇，最后还是被杀了。这样的人不能简单地定为叛徒。周扬同意与会者的多数意见。他认为戚本禹的文章是一种“翻案风”。他说：李秀成无论如何功绩是不能抹煞的。近代中国反帝是第一标准，第二是有保护群众的想法，不要加害群众，这是过去的人物、历史人物，不能按共产党员要求。即使共产党员，动摇一下，最后被敌人杀掉了，也不能认为是叛徒。糟蹋了这个人物，第一学术上站不住，第二政治上不利。周扬最后提出由中宣部在内部发一个通知，要各地对戚本禹这篇文章不要转载，不要公开评论或讨论，随后由近代史研究所副所长刘大年写一篇正面评价李秀成的文章，仍由《历史研究》发表，作为史学界的基本意见。北京史学界人士先开个座谈会，会后发个消息，在报上刊登一下，表示北京史学界不同意戚本禹的意见。
    北京史学界人士座谈会在近代史研究所召开，刘大年主持。会议先传达了中宣部会议的意见。翦伯赞在会上作了系统发言。他认为：(1)戚本禹的批评文章有很大的片面性--“只找《自述》中有利于曾国藩的话，不管不利于曾国藩、揭露曾国藩的话”。(2)从生活上推论忠王不忠，过于勉强--“李秀成逃跑，是为了要活下来，要活下来，总是要吃饭的。他还想召集军队，继续打仗，军队也要吃饭，打仗也要钱，把这些事情都看作李秀成的罪状太过分了”。(3)对李秀成的评价要慎重--“戚文通篇是推论。他不是先肯定李秀成的革命功劳，然后再指出其污点”，“只是根据李秀成在几天之内匆匆写出的供词，就推论他一生革命都是假的，太不公平。毛主席说，不苛求于孙中山的缺点。我们也不应苛求于李秀成。如果李秀成被否定了，中国历史上的农民起义领袖中就没有几个英雄了，整个中国通史都需要改写了”。他说：中央提出要抓阶级斗争，要反对现代修正主义。这是指现实中的斗争。不要什么事都扯到古代去。戚本禹的动机是好的，是想批判李秀成“变节”，可是不能牺牲李秀成。忠王是农民革命英雄，有缺点，但不应苛求。忠王把外国侵略军打得一塌糊涂，这决不是糊涂将军所能领导的。他最后为外国侵略军打败，甚至被俘后仍念念不忘反对帝国主义，这些都是很可贵的事实①。
    就在这时，形势却发生了始料不及的变化。自称为“流动哨兵”的江青，将戚本禹的文章送给了毛泽东。毛泽东读了《忠王李秀成自述》原稿影印本，批了几行字：“白纸黑字，铁证如山，晚节不忠，不足为训。”鲜明地表示了对戚本禹文章的肯定。江青对戚本禹说：你的文章写得很好，主席看了，表扬了你，说你给党立了一功。因为你的文章里提到了叛徒问题，主席认为党内叛徒问题长期以来没有解决，你的文章提出了这个问题，所以主席表扬了你。你可别骄傲，要继续写，写完以后可以请教康生主持的钓鱼台写作班子，他们会给你出主意。
    消息传出，中宣部停发了关于史学界讨论戚本禹文章的报导，表示戚本禹的文章不能驳，通令今后凡是歌颂李秀成的文章和戏剧也不要发表和演出。
    得到最高权威支持的戚本禹当然要把他的观点进一步推向极致。于是，《历史研究》1964年第4期又发表了戚本禹的文章，题目为《怎样对待李秀成的投降变节行为？》。由于在他的《评李秀成自述》一文发表以后，罗尔纲先生和其他学者提出了不同意见，所以他认为“怎样对待李秀成的自述和他的投降变节行为，是一个迫切需要通过争论辨别清楚的问题”，因此他的文章不再是全面地评价李秀成，而是专门谈“投降变节行为”。他根据自述的文字和其他史料，进一步证实李秀成被俘后确实有过投降变节行为，这就是历史的本来面目。他又继续论述了所谓“李秀成投降变节的思想过程”，进一步批判“伪降说”是没有根据的。文章又进一步批判所谓“时代阶级条件”和“一般性质的错误”的观点，同时质问“为什么要大肆宣扬投降变节行为”？这里的矛头不仅指向支持“伪降说”的学者，还指向了话剧《李秀成之死》《忠王李秀成》的编导者。文章还含沙射影地说：“他晚节不终，他的斗争历史和统帅地位依然否定不了他投降变节的事实。而且只要是投降变节了，那么，斗争历史越长，革命职务越高，问题也就越严重。”说到这里，已经可以感受到戚本禹的矛头究竟是对着谁了。这样，本来是一场学术论争已经成为当时为政治斗争服务的一个工具了。不过这时候“文化大革命”毕竟还没有开始，罗尔纲等学者还有自己说话的机会，就在同一期《历史研究》上，还发表了罗尔纲坚持李秀成伪降说的长篇文章《忠王李秀成苦肉缓兵计考》，他认为李秀成在自述中所说的那些“自污的话”，并提出“招齐章程”，就是一种苦肉缓兵计。声明他对李秀成没有降敌的看法“二十年来始终如一”，而且“日益坚信”。
    随着戚本禹批判李秀成自述文章的发表以及受到毛泽东支持的影响逐渐扩大，在学术界迅速形成了批判李秀成、批判叛徒的高潮。据统计，新中国成立后的三十年(1949－1979年)，在报刊上发表有关近代人物的论文中，位居第一的是孙中山(453篇)，李秀成紧随其后(306篇)，多集中发表于1964－1965年之间[5]。这里，我们仅列举几篇论文的题目，至于其作者为何人我们可以隐去：《不能把叛徒李秀成美化为反侵略的英雄》(《江西师院学报》1964.2.)、《英雄乎？叛徒乎？》(《甘肃师大学报》1964.2.)、《李秀成自述是投降书》(《学术研究》1964.6.)、《“苦肉缓兵计”是主观唯心主义典型》(《历史研究》1964.5－6.)、《忠王不忠》(《光明日报》1964.8.7.)、《李秀成的叛徒面目不容改变》(《江淮学刊》1964.5.)、《为叛徒辩护是徒劳的》(《江海学刊》1964.9.)、《叛徒与革命英雄可以合二而一吗？》(《江汉学报》1964.9.)、《李秀成的投降变节不是偶然》(《史学月刊》1964.12.)等。实际上，这场学术论争事实上已经成为一面倒的批判，赞同“伪降”说的文章几乎很少。这场批判运动一直持续到“文化大革命”结束的1976年。就在这一年《历史研究》第1期上，还发表一篇《李秀成--修正主义和投降派的一面镜子》的文章，《四川师院学报》1976年第2期还发表了《复辟狂李秀成》，直接把批李秀成与当时的“批邓”形势联系起来。