经沪道一再催促，俄领于29日才作出回复，拒绝交出凶犯，声称“此案按照俄华两国现行条约，凡俄人在中国地方犯罪，应将该犯送交本国官员治罪……来文所请送由中国官员审讯一节，置两国约章于不顾，断难照办。”（注：《俄水手杀人案往还公牍汇登》，《申报》1905年1月2日（光绪三十年十一月二十七日）。）对于俄领所持理由，沪道当日即复照，予以驳斥，指出俄舰员兵既归中国保护，如有违犯，自然应交中国审办，而不能交俄水师军官审理。并且，即使根据天津条约第7款和续增各条第8款的规定，俄人有犯，亦须会同办理，贵总领事“何以早不计及？所谓置两国约章于不顾者，究竟应何人担其责任？”（注：《俄水手杀人案往还公牍汇登》，《申报》1905年1月2日（光绪三十年十一月二十七日）。）
    与此同时，旅沪绅商也奋起抗争，公禀沪道袁树勋和两江总督及外务部，要求将罪犯交出，归上海公堂会同审判。（注：《寓沪宁波众绅商公禀苏松太兵备道袁观察函稿》，《申报》1904年12月21日（光绪三十年十一月十五日）。）旅沪的宁波绅商还以此案系发生在租界内，特于12月27日公函领袖领事美总领事古纳，请其出面主持公议。由于古纳当时正交卸领袖领事职务，未及赶办，29日由接任的德国总领事克纳贝通知甬商于明日在领署内面谈。30日午后3时，甬绅严信厚、沈敦和、周晋镳、朱佩珍和虞和德等5人同往，提交节略，要求将周案交会审公堂审判，理由如下：一、此案系发生在公共租界内，实犯及租界治安，各处共知共闻。二、此案若不在上海讯办，则华人不能亲往，不能信其公道；且一经他往，中国政府即失管辖之权，何以对日本？三、俄领事不讯此案，无条约根据；根据条约规定，俄人在中国犯事，必须由俄领事与华官会同审办。四、除和约所载而外，洋人在中国即应归中国治辖；今此案既非和约所载，此案人犯自然应归华官询问。五、俄水手特准逗留此间，与寻常居民不同，更应归中国管辖。六、俄人既要中国保护，是非归中国管辖不可；若逗留间出事，中国实任其责。七、现在公议，只求华俄会审，已是格外通融。（注：《译四明绅商与上海租界领袖领事面谈俄水手杀人案节略》，《申报》1905年1月6日（光绪三十年十一月二十六日）。）领袖领事克纳贝虽然认为将犯事外人归华官审办的要求没有条约根据，但在听完甬商的陈述和解释后，也认为他们所说不无道理，为维护租界治安起见，答应就此事与俄领事商量。（注：《宁波侨沪绅商与租界领袖德国总领事问答记》，《申报》1905年1月2日（光绪三十年十一月二十七日）。）在中外的共同压力之下，12月31日俄领事将凶手从“阿斯科”号巡洋舰解送至俄领署暂行禁押，以待中俄双方商定审讯办法。（注：《订讯俄囚》，《申报》1905年1月1日（光绪三十年十一月二十六日）。）
    在如何审讯案犯问题上，沪道袁树勋主张设特别公堂，由南洋大臣派员在上海县署内与俄总领事共同审讯。但俄领不但反对设特别公堂，只允在俄领署内审讯，而且也不同意会审，只能观审。为此，袁道分别于1904年1月4、9、11日三次照会俄领，迭催俄领同意设特别公堂会审，确定会审日期，并阐述其理由。12日，俄领复照表示，中俄续约中并无设特别公堂的内容，周案定于明日上午10时在本署内开堂审讯，“请委上海县或他员届时到堂观审”。对俄领的无理要求，袁道当日即照会予以驳斥，指出“查中俄天津和约第七条明明有会同办理字样，所谓会同办理，即会讯也，何得谓并无明文乎”？宣布俄领若一意孤行，由此所激发的不测，“应由贵总领事担其责任”，并将“电请外务部普告各国，令阿斯科号、满洲号巡洋舰及格鲁苏福意号鱼雷艇离开上海口岸，不能再为保护，以保治安，而谢众口”（注：《补录苏松太兵备道袁海观观察照会俄总领事文三》，《申报》1905年1月15日（光绪三十年十二月十日）。）；声明“所请派员观审一节，断难照允！即使贵总领事及贵国带兵官遽行讯办，独断独行，未能满众人之心，则本道万不能承认！此案仍不得视为了结！惟有仍请照本道所议特别公堂会同讯办，始足以服大众之心，而伸死者之冤！”（注：《苏松太道袁观察致俄总领事照会》，《申报》1905年1月14日（光绪三十年十二月九日）。）同时，袁树勋致函沪上甬绅采取一致行动，不要派人到俄领署听审。（注：《苏松太兵备道袁海观观察致俄寓沪宁绅函》，《申报》1905年1月4日（光绪三十年十一月二十九日）。）
    对袁树勋在周案中所持的严正立场，外务部起初也持支持态度。在接到有关周案的禀告后，外务部先照会俄公使雷萨尔，要求将凶犯交出，由华官审判。（注：《俄使雷萨尔致外务部沪俄兵砍毙周生有案请按俄律惩治罪人照会》（十一月二十五日），《清季外交史料》卷186，第6-7页。）在该要求遭俄公使拒绝后，外务部又于1905年1月3日致电驻俄公使胡惟德，指示与俄国政府直接交涉，要求俄国政府命令俄领事交出凶犯，进行会审，从严治罪。（注：《外部致胡惟德俄兵砍毙周生有案希告俄廷交凶电》（十一月二十七日），《清季外交史料》卷186，第7页。）1月13日，再次致电胡惟德，声明俄领事仅允华员听审的提议不能接受，“希向俄外部切实声明，径由海部饬知俄领遵照沪拟办法，切勿含糊！”（注：《外部致胡惟德周案拟设特别公堂会审希商俄廷电》（十二月初八日），《清季外交史料》卷186，第8页。）
    然而，俄领不顾中方的一再抗议，13日在中方没有派人会审的情况下单方面开审，并根据俄律第1058条和海军律第134条的规定，以凶手亚其夫所犯罪案系出无意，判处4年苦工；水手地亚夫所犯仅为违背巡捕命令，罚15卢布或监禁5天。（注：《俄官自开特别公堂审问详情》，《申报》1905年1月15日（光绪三十年十二月初十日）。）
    对于俄方单方面所做的这一判决，沪道袁树勋于次日亲赴俄领署，表示强烈抗议，声明此案关系重大，如不与华官会审，上海各帮华商将与俄国在沪商家停止贸易。同时，袁道又电禀江督和外务部，强调“此案非办到特设公堂，不能会讯；非办到会讯，不能服众。”（注：《收沪道致外务部电》（十二月初十日），《清光绪朝中日交涉史料》卷82，第10页。）沪上甬人也奋起抗争，15日上午数千人在法租界四明公所集会，经上海绅商和袁道派人劝说，表示此案已电禀外务部、江督，将与俄方谈判解决，众人才陆续离去。（注：《甬人聚众》，《申报》1905年1月16日（光绪三十年十二月十一日）。）上海各帮绅商则做出在此案解决之前“暂时停用俄国道胜银行钞票”的决定，（注：《收沪道致外务部电》（十二月初十日），《清光绪朝中日交涉史料》卷82，第10-11页。）以示对俄领单方面审判的抗议。