然而，就在俄领事对周案做出判决的同时，俄国政府通告各国，指责清政府违背中立，暗中援助日本，扬言俄国也将“不守战界之约”，威胁要把战火扩大到东三省之外地区。（注：《照译驻美俄使喀希尼致美外部说帖》（1905年1月13日，光绪三十年十二月初八日）、《照译驻美俄使喀希尼致美外部》（1905年1月18日，光绪三十年十二月十三日），《清季中日韩关系史料》第9卷，第6105-6106、6107-6108页。）在此背景之下，外务部对周案的态度发生明显转变，为避免周案问题复杂化，引发暴动，为俄国指责中国没有履行中立义务找到新的借口，决定不再支持袁道的主张，希望速将此案妥协了结。14日，外务部致电两江总督和袁树勋，强调“俄方寻衅，意在坏我中立，务饬寓沪甬绅，切实开导商民，慎勿暴动，授人以隙。大局所关，该绅等必能体察也。”（注：《外务部周馥袁树勋周案已电胡使力争拟归公断电》（十二月初九日），《清季外交史料》卷186，第8页。）15日，外务部便电派商约大臣盛宣怀督同袁道办理此案。（注：《发盛大臣电》（十二月初十日），《清光绪朝中日交涉史料》卷87，第55页。）而盛秉承清政府“速了”的旨意，抱定“以息事宁人，不生枝节为主”，认为以俄舰归我保护，案犯即归华办理缺乏条约根据，难以办到。（注：《收盛大臣致外务部电》（十二月二十一日），《清光绪朝中日交涉史料》卷82，第29页。）因此在与俄方交涉中不再坚持会讯，将争论的问题转到审判是否适当和监禁年限问题上，为周案的解决找退路。17日在与俄领会谈中，盛提出犯者虽系误犯，但杀者实是故杀，判监禁4年，未便照准，应将全案录送复核；另案犯的监禁日期也应自押到俄国之日为始，在沪监禁日期无论久暂，均不计算在内。（注：《收盛大臣致外务部电》（十二月十三日），《清光绪朝中日交涉史料》卷82，第16-17页。）2月3日，盛宣怀督同袁道与俄领再度会议，提出以下4条要求：一、应将案卷检送驻俄胡使照讯俄外部转咨俄海部复核，按俄律第1058款，将案犯判禁8年；二、监禁应自押到俄国之日起算，在沪监禁无论久暂，不在限内；三、应给抚恤银两，可听死者家属自做善举；四、俄船兵民，来者日众，应援引威海卫等处章程，圈禁保护，不得听任游荡，酗酒滋事。对于一、二两条，由于其实际的处理和决定权仍在俄方，俄领事表示照允，后来第一条的要求也被俄国政府拒绝。至于第三条抚恤问题，俄领表示恤金只能给家属，数目请示雷使即可确定。关于第四条内容，俄领表示自周案发生后，即已严禁游荡酗酒，如要订立专章，领事无权。（注：《收盛大臣致外务部电》（十二月二十九日），《清光绪朝中日交涉史料》卷82，第35页。）盛宣怀此时与俄领事的交涉实际上只是表面文章，仅仅出于“稍慰人心”的考虑，已无多少实际意义。会后，盛宣怀即请在座甬绅传谕息争，并电告外务部，宣布了结周案。（注：《收盛大臣电》（十二月二十九日），《清光绪朝中日交涉史料》卷82，第35页。）
    四续来俄船弁兵的安置、管理与遣返
    就在中俄双方因周生有案进行交涉的前后，随着俄国在战事中一再败北，不断有俄船弁兵逃至沪上躲避，给上海的安置和管理带来沉重的压力。
    鉴于烟台发生俄舰被尾随而至的日舰强行拖走的事情，因俄方要求，滞留烟台的俄兵40余人于11月初乘德船“阜利”号被移至上海安置。（注：《发沪道电》（九月二十五日），《清光绪朝中日交涉史料》卷87，第42页。）11月26日，北洋舰队“海容”号又将烟台俄舰弁兵49人运至上海，安置在俄巡洋舰“满洲”号上。（注：《收北洋大臣致外务部电》（十月二十一日）、《收上海道致外务部电》（十月二十三日），《清光绪朝中日交涉史料》卷81，第14、17页。）至此，在上海安置的俄舰弁兵将近千人。为防止俄舰弁兵逃逸，加入正在东来的俄国波罗的海舰队，重新投入战争，日方一再要求中方切实履行中立国义务，加强对上海俄舰弁兵的管理，严防逃逸，否则，“中国应担暗助之责”。（注：《收沪道致外务部电》（十一月十五日）、《收署南洋大臣致外务部电》（十一月十六日），《清光绪朝中日交涉史料》卷81，第27、28页；《外务部收日本松井署使函》（光绪三十年十一月初七日、十一月十四日、十一月十七日），《清季中日韩关系史料》第9卷，第5990、5993、5994页。）为此，沪道袁树勋与俄领交涉，要求开送新到俄舰弁兵的衔名、籍贯、年岁清册，或具结申明非中国允准，不得擅离上海。同时，为防止再次发生俄舰弁兵上岸伤人事件，袁道还建议加强对俄弁兵的管理，由中方派人管束，不准俄舰弁兵再赴租界，电禀江督和外务部与俄使交涉。（注：《收沪道致外务部电》（十一月十五日），《收南洋大臣致外务部电》（十一月十七日），《清光绪朝中日交涉史料》卷81，第27、29页。）外务部也照会俄使，敦促饬令俄领将最近两次由烟台运沪俄舰人员具结签印，送沪道备案，并允沪道随时派人上船点检人数。（注：《外务部发俄雷使照会》（光绪三十年十一月十七日），《清季中日韩关系史料》第9卷，第5995页。）
    由于俄领以种种理由拒绝沪道的要求，1905年1月3日沪道袁树勋又拟定约束俄舰弁兵办法7条：一、俄员弁水手等既为军事犯，应恪守江海关道与俄领订定之章程行事。二、俄员弁水手等只准在关道指定之地即浦东东清码头体操散步，不准他往。三、若俄员弁水手等有潜逃偷渡出口或往指定地界之外，准中国地方官随时捉拿；一经捉拿，即作为有意败坏中立条款，径由地方官审判定罪，无庸会同俄官办理。四、关道应向俄领事坚索停泊浦江各艇舰船主员弁水手等衔名送道，随时派员按册清查。五、关道应与俄领事订明，准中国官员暨海关税务司或海军或陆路官兵上船查察有无装配器械、汽机、军火、煤斤等物，及船主员弁水手人等是否在船。六、关道应分别照会领袖领事及法总领事，分别一体转饬工部局洋包探严查界内有无俄国员弁水手人等。七、关道应禀请南洋大臣咨调北京同文馆俄文翻译一员来沪，派充关道翻译官。（注：《江督周馥咨外部据沪道禀拟约束俄兵七条请照会俄使饬遵文》（十二月十一日），《清季外交史料》卷186，第10页。）袁道的意见得到两江总督和外务部的支持，1月11日外务部就与俄有关的前5条内容照会俄公使雷萨尔，表示沪道所拟5条办法符合国际公法，“系为彼此相安，免再滋事起见”，请转行驻沪总领事饬知俄船员弁水手人等一律遵守。（注：《外务部发俄雷使照会》（光绪三十年十二月初六日），《清季中日韩关系史料》第9卷，第6021-6022页。）2月9日、13日，外务部又因沪道袁树勋的催促，电令驻俄大臣胡惟德就袁道所拟5条约束章程与俄外部切商，径饬俄领执行。（注：《外务部发驻俄大臣胡惟德电》（光绪三十一年正月初六日、正月初十日），《清季中日韩关系史料》第9卷，第6044、6046页。）在外务部的一再催促下，俄驻华公使雷萨尔于2月21日照会外务部，虽然认为沪道所拟章程系受日本人指使，文字表述多不友好，与中立条例不符，但同意就这一问题由沪道与俄总领事另订“和睦章程”。（注：《外务部收俄国公使雷萨尔照会》（光绪三十一年正月十八日），《清季中日韩关系史料》第9卷，第6061-6062页。）