第一届议会讨论明治24年度预算案，决定大幅度地削减预算，就“露骨地表露出对藩阀政治的不满”。⑤其后，议会每年开会，在野党都猛烈抨击政府，多次削减预算。政府为了获得予算案的通过，则采取怀柔政党、解散议会、暴力干涉选举、天皇诏敕等种种不光彩的手段。
    在1894年5月的第六届议会上，伊藤博文不堪议会的攻击，再度解散众议院，双方的斗争达到了白热化程度。政党不仅对预算案提出修正案。还对官吏的薪俸（第一届）、政府的外交政策（第五届）大加抨击，双方较量难以调解，以致到了使人疑虑“宪政之前途”的地步。中日甲午战争爆发后，国内斗争趋缓，政党与政府转为“和衷共济”，抗争暂告停息。
    甲午战后，政党力量大增，活动也日益活跃。藩阀为了顺利组阁并推行其政策方针，不得不修正自己以往的“超然主义”立场，而向政党局部让步。第二次伊藤内阁在第九届议会上与自由党妥协，通过了以扩张军备为目的的预算案。议会闭幕后，作为自由党支持政府的“附带的希望条件”，其党首板垣退助入阁担任了内相。伊藤之后的第二次松方正义内阁也与大隈重信率领的进步党提携，组成联合内阁，被称为“松隈内阁”。明治31年伊藤博文第三次组阁时，大隈、板垣同时入阁，不过，此时双方虽互通声息，进行有条件的合作，但政党只是“妥协性的协作者”⑥带有明显的屈从藩阀官僚的倾向。
    1897年6月，一向水火不相容的两大党自由党与进步党实行联合，称宪政党，提出“一举打倒藩阀政治，建立政党内阁”。⑦于是，战时的“和衷共济”局面不见了，官僚、政党间的斗争再起。政党势力的大联合，震惊了官僚集团，尤其是伊藤博文。他痛感“佣兵不足恃，非亲兵不可也”。⑧决心放弃超然主义，组织政府党和在野党相对抗。
    1898年6月24日，伊藤博文在宫中举行的元老会议上提出两点打算：一、以总理大臣身份组成新政党，图谋实现官政一途，摆脱议会中的官民之争；二、如果前一项做不到，就辞职，尝试下野组织新政党。⑨伊藤的这一构想，遭到了以山县有朋为首的顽固派官僚的反对，经过多次激烈辩论，在金子坚太郎、西园寺公望、井上馨、黑田清隆等人支持下，伊藤展开了一系列建党的准备活动。1900年9月15日，立宪政友会在帝国饭店宣告成立。恰在此时，民党中也产生了变“藩阀打破”为“藩阀政党化”的思想主张，两者不谋而合。
    立宪政友会的创设，标志着藩阀政府开始放弃“超然主义”立场。同时，它的创设，也标志着伊藤博文的政治改革思想终于成为现实－－“1900年体制”形成了。同年10月，伊藤以立宪政友会总裁身份第四次组阁，阁员中除陆、海、外三相外，均由政友会党员担任。政友会是在众议院中拥有155名议席的大党，因而政府的所有重要议案，都能在众议院顺利通过。不过，由于伊藤博文和山县有朋在建立政党等问题上存在分歧，且矛盾日深，因而以山县派议员为基础的贵族院，对众议院议案往往持否定态度。
    1900年至1912年，日本历史称这一时期为“桂园时代”，亦称“桂园体制”，由桂太郎和西园寺公望交替执政而得名。其特点是以桂太郎为代表的藩阀官僚同以西园寺公望为总裁的政友会互相协作，互相推荐，二者交替执政，势力均衡发展，以此达到一种政治上的安定。桂园时代政权的授受已脱离了老一代大官僚的直接干涉，政党势力亦开始进入权力中心，成为执政者之一。但桂园时代仍是一个过渡性的历史阶段，可以说是藩阀官僚政治向政党政治转变的漫长过渡期的开始。双方精心构筑的这一均衡态势，一直持续到1912年大正政变始被完全打破。在这12年里，桂太郎三次出任首相，西园寺公望二次出任首相。
    人所共知，桂太郎是山县有朋的后继者，西园寺公望是伊藤博文的后继者。桂太郎和山县一样，坚持保守的官僚主义，对政党素无好感，坚持超然内阁主义。相反，西园寺公望和伊藤一样，坚持进步的政党内阁主义，对政党政治怀有好意，并以政友会总裁身份担任首相，还让少数政友会党员担任阁员。因此，西园寺与桂虽然发表了“情意投合”的宣言，达成妥协。但双方根本立场不同，矛盾也是难以调和的。这一点从下述情况就可以看出来，明治40年，西园寺经桂推举出任首相，他完全承袭了桂的政策，阁员人选亦仰承山县意志，纯粹政友会党员仅有二人，于是他顺利地渡过了第22、23届议会。然而，西园寺后来忽然受到了山县控制的贵族院的“包围”，西园寺在议会虽然有占多数议席的政友会的支持，却于明治41年7月突然提出总辞职。舆论哗然，认为这是由山县和桂“毒杀”造成的。
    政党内阁时代的到来
    大正政变，政党达到了推翻藩阀统治的政治目的，藩阀官僚面对日益壮大的政党势力，终于无法维持其至尊无上的专制地位了。从此，桂园时代相对稳定的政治局面被打破，“1900年体制”开始崩溃，而迎来了政党内阁时代。
    第三次桂内阁总辞职后，元老会议推荐萨派的海军长老山本权兵卫大将为继任首相。山本以政友会的支持为条件接受了组阁任务。这届内阁不仅以政友会主张为内阁的施政方针，而且阁僚中除总理、陆相、海相、外相外，余者皆由政友会担任或加入了政友会。所以，被称为阀族的山本内阁，实质上已成为政友会内阁。（11）在山本内阁因“西门子事件”下台后，后任首相的推选发生了困难。元老会议先推荐贵族院议长德川家达，后又推荐枢密院顾问官清浦奎吾，但都未成功。经过长期考虑，最后决定由老牌政党政治家大隈重信出任。大隈内阁以立宪同志会家为与党，并拉笼国民党和中正会，以三派联合来牵制众议院的第一大党政友会。大隈辞职后，朝鲜总督寺内正毅上台。寺内内阁是一届由军人和官僚霸占的超然内阁，它的出现可以说是日本在走向政党政治过程中的一次倒退。大隈内阁的与党宪政会（由同志会、中正会、公正俱乐部合并而成）宣布与新内阁断绝关系；而政友会总裁原敬则标榜“是是非非”（12），站在了拥护政府的立场，并在第13次选举中恢复了自身的势力，重新成为第一大党。寺内内阁因“米骚动”事件下台后，元老会议立即授命西园寺公望组阁，西园寺辞而不就，反而推举政友会总裁原敬。这样，大正7年（1918年）9月29日，日本历史上最初的政党内阁－－原敬内阁诞生了。原敬政友会内阁的阁员，除陆、海、外三相外，均由政友会党员出任。外相内田康哉虽非政友会党员，但他对政友会一向表示好意，并加以援助；而陆海两相之所以未由政友会成员充任，则系由内阁官制的限制，不准由政党党员担任。故原内阁可称为日本最初的纯政党内阁。原敬是没有爵位的政党总裁，因此被称为“平民宰相”。1921年11月原敬被刺身亡，藏相高桥是清受命组阁，并接任了政友会总裁之职。继高桥内阁之后先后上台的分别是加藤友三郎超然内阁，第二次山本权兵卫超然内阁和清浦奎吾官僚内阁。清浦内阁全部阁僚都由贵族院成员组成，引起了政党和人民的愤怒。政友会、宪政会和革新俱乐部（在原国民党基础上发展起来的），联合开展了强大的拥护宪政，打倒特权内阁的“第二次护宪运动”。（13）面对护宪三派的进攻，政府以解散议会的手段进行抵抗。但大选的结果却是护宪三派获得大胜，宪 政会成为议会第一大党，从而迎来了以宪政会总裁加藤高明为首相的政党内阁－－护宪三派内阁（1924年）。从此时起直至昭和7年（1932年）犬养毅内阁垮台时止，是日本近代史上的政党内阁时代。