第二年学习自然科学（艾称之为费西加），也分六大门类：1.关于物质性质的理论；2.关于有形而不朽者（如：天）的理论；3.关于有形而能朽者（如：人、兽、草、木）的理论；4.关于火、气、水、土四大无形本身，与之相结合形成的物质的理论；5.讲空中、水、中、地中的变化；6.关于有形的生物的理论，主要是关于灵魂的五个理论：<1>灵魂是生命的源泉；<2>生长之魂及其作用；<3>知觉之魂及其与五官的作用；<4>“灵明”在身之魂与认识、怪悟、爱、欲的关系；<5>灵魂离开形体以后的各种能力。
    第三年所学的形而上学（艾氏称之为默达费西加）主要是综论各种有形和无形物质的基本原理，共分四个部分：1.序论；2.综论万物所有超出形体者的理论；3.综论物的真与美；4.总论物的理与性；5.论天神是万物的唯一主宰，是万物之源。
    第四年总结头三年所学的知识，此外又增加学习几何之学（艾称这为马得马第加）与“修齐治平”之学。几何学是通过学习“数”和“度”培养算学家和度量学家，进而培养音律家、历法家。学习了“数”和“度”的理论，不仅可知“各重天之厚薄，远近大小。与其昼夜之长短，节气之分至。启闭年月之闰余。道理之围径地海之广深。而农以此知早潦。医以此察运气。商以此计蓄散。工以此详坚脆。无不资焉”。⑤诸如治水、用兵等国家大事，不知“数”与“度”，就无法决定水的聚泄与军事谋略。
    艾氏在此特别强调，精通这些学问的人，会被推荐给国王，并聘请为师。所以读书人多自备测量天地的仪器和数学书籍，“其于国家之事屡显有大功用”。⑥
    所谓“修齐治平”之学艾氏称为厄第加，其实就是伦理学。他把它译为儒学的基本理论--修身、齐家、治国、平天下。其内容有三：1.观察各种事情的道理，了解各种德性的根本，观察各种行为状况，使之从善避恶，用于提高自身的道德修养；2.了解治家的道理，以便安排好家庭事务；3.分析官员们的品德，选拔其中优秀的作为百姓的领导，并考核其政绩，选优弃劣，以治理好国家。
    艾氏认为，做到以上三点，就在人道上（与天道相对而言）基本达到完善的地步。经过这三四年总称之为理科的学习之后，通过考试被录取者，就可以分别学习医、法、教、道等学科。
    艾氏所论的第三科是医学。他说由于医生掌握人的生死，因而在西方国家很受重视。医科，是必须由国家设立的医科学校，并聘用博学文明的人才授课。课程内容包括：讲解古代医学的经典著作，分析人的肢体和内脏，探明各种疾病发生的原因，治病药物的制作等。大约需要学习6年，其间还要跟随老师学习临床诊治，学生本人诊治病人有效时，经过考试选拔才能成为医生。
    艾氏所说的第四科是法学。这是指学习国王治世的法典。艾氏称法典是“天命之声”，是“国家之筋骨”，是“道德之甲也”，⑦也就是儒家所说的五伦的纽带。法学是区别人的品德好坏的方法。他说西方自古以来就设立法律学校，讲授明断人事的根本。经过6年学习以后，通过严格考试，取其中分析问题精确的，可委以世俗重任，授予一定的职务。
    艾氏所说的第五科是教学。这是讲授关于人的内心生死的学问。内心是指死后的灵魂。此科主要是讲授自古以来教皇所定的耶稣教法度。学习教学的人，品德、心地都要求是高尚的。专奉教皇制定的法，教导人们遵照执行。学生熟练地学好教规之后，经过考试，被录取的，教会可授予官爵，担任一定的职务。
    艾氏所说的第六科是道学，译成汉文为陡禄日亚，实际上就是神学。艾氏认为这一学科是学习包括“人学之精”，加上“天学之奥”。⑧经过这门课程的学习，不仅可以深刻理解天主教的理论，解开各种疑问，并且可以使各种异端自行败露，自己消亡，使万民自然归顺天主。天学可以使人了解万物的始终。这门课程，在西方被看作是最高、最大的学问。
    艾氏扼要地介绍了自古以来圣者中最有名的“多玛斯”（Thomas）的著作。扼要介绍其中关于天主本身特点的理论，天主造成万物的功绩；关于人最终归向，生前死后的真福与原罪；以及关于天主降生救世的理论。学此天学的，必先学人学。天学学完以后，经过考试，可担任神职，苦心传教。
    《西学凡》一书的最后还介绍了学校的设置、帝国与学校之关系、学校的经费来源等。艾氏最后表示：“旅人九万里远来。愿将以前诸论与同志繙以华言。试假十数年之功，当可次第译出。更将英年美质之士。乘童心之未泪。即逐步相因而习之始之以不空疏之见。继加。循序渐进之功。洞徹本原阐发自广渐使东海西海群圣之学。一脉融通。”⑩然而，直到1649年艾儒略在延平逝世，他并没如愿以偿，完成翻译上述几科内容的宏大计划。
    三
    《西学凡》刊出后，曾在中国上层知识分子中流传一时。艾儒略在书中传播的有关西方教育及课程的知识，虽然没有直接对中国当时的教育制度及课程设置产生什么直接的影响，但从尔后中国历史发展来看，《西学凡》具有一定的历史价值。
    一、《西学凡》是第一部出自耶稣会士之手用中文写的介绍西方教育的专著。中国当时是个封闭的社会，与外界交流甚少。艾儒略在书中讲的关于教育的新信息，对当时的中国儒生来讲，不啻是介绍了一种新的学风。
    2.《西学凡》帮助中国儒生了解西方自然科学和人文科学的学术体系。尽管该书文字不多，但包罗全面，使长期只尊儒学的儒生大开眼界。