战前波希米亚和摩拉维亚的犹太人
    战前，大约有11.8万犹太人居住在波希米亚和摩拉维亚省，约占捷克犹太人总数的三分之一。其中有一半犹太人从事贸易和商业，20％的人从事工业和手工业，大约10％的人从事专门职业。在捷克斯洛伐克共和国，犹太人享有完全的人权和宗教自由。当然尽管没有武力冲突，但反犹太主义一直存在。犹太宗教社团拥有一个相当规模的宗教和教育机构网络。犹太复国主义运动有很大影响。
    在1939年3月15日至大战爆发期间，有2.6万犹太人离境，在被保护国内只剩下大约9万犹太人。
    战时波希米亚和摩拉维亚的犹太人
    1939年6月19日，帝国保护者发布了一项综合法令，把犹太人归属到德国人所管辖的范围内。根据德国立法确定了犹太人的社会地位，并开始对犹太人实行隔离，剥夺他们的财产。根据法令，于1940年3月5日建立了一个犹太移民中心，这个中心和维也纳的相类似，并且也附属于柏林。在盖世太保的操纵下，该中心以布拉格的文化系统作为传递命令和信息的渠道，而且拥有管辖犹太社团的绝对权威。实际上，所有后来在保护国制定的反犹太人立法都以德国有半法律为依据；所有新的帝国立法（例如1941年9月颁布的犹太人必须佩带黄色大卫星徽章法等）都适用于被保护国。
    1939年10月第一批捷克犹太人被放逐到波兰。1941年秋，德国人在特利森斯德特（原为捷克部队驻防的一个城市）为被保护国的犹太人建立了一个犹太人中心居住区。建立这个居住区有两个作用：一是可以把这里当作关押帝国有“特权”犹太人的样板营；二是可以把这里当作将捷克犹太人驱逐到波兰死亡营的一个中间站。仅在1942年，就有5.5万被保护国的犹太人被送往特利森斯德特，其中的大多数后来被转送到奥斯维辛或其他死亡营。
    大约有1万波希米亚和摩拉维亚犹太人幸存下来。
    斯洛伐克
    1939年3月，斯洛伐克宣布独立，由天主教牧师法瑟·乔泽弗·蒂索担任总理，只把“赫林卡”人民党--一个右翼天主教民族主义团体，作为唯一合法政党保留下来。斯洛伐克必须听从德国-意大利-日本三个轴心国家的旨意，为德国军队向东过境提供铁路和公路，并且当德国袭击苏联后，还要提供作战部队。1939年10月，蒂索被选为总统；亲纳粹的沃伊蒂奇·图卡为总理；“赫林卡”卫队的头子萨诺·马赫成为内务部长；费迪南德·德坎斯凯担任外交部长。
    战争开始后的头两年，斯洛伐克以其新的地位享受了极大的好处，比如贸易和工业的发展均得到了援助。但自从德国在列宁格勒战败，战争形势转变时，不论斯洛伐克政府还是人民都明显地不再亲德了。1944年初，当苏军伫立在罗塞尼亚前线时，斯洛伐克的年轻人开始对流亡政府的抵抗号召作出了更多的反应。斯洛伐克军队中的战士开始甩手不干，并转而加入到深山里的抵抗组织，抵抗运动也逐渐发展起来。1944年8月，公开的战斗爆发了，蒂索宣布戒严令并进行总动员。斯洛伐克出现的骚乱给德国人提供了占领的借口，斯洛伐克游击队武装反击德国人的进占，但均被粉碎。1945年1月，德国人控制了斯洛伐克，但很快在当年的4月，斯洛伐克就从德国人的占领下解放出来。
    战前斯洛伐克的犹太人
    1938年时，约有13.5万犹太人居住在斯洛伐克，其中的4万人居住在割让给匈牙利的领土上（罗塞尼亚和苏布卡帕西亚）。大约有5千犹太人在战前自动离境， 这样剩下了占总人口3％的9万犹太人。斯洛伐克远不如历史上捷克直辖的省份波希米亚和摩拉维亚那样富有，工业也不如它们发达。犹太人也是如此，大多数从事服务性的零售业和手工业。
    一小部分比较富裕的犹太人操匈牙利语，并已被同化，保存着一种比较温和的宗教仪式。其他大多数犹太人都非常遵循传统观念，犹太教虔诚派首领在他们中间有着大量的追随者。
    在捷克斯洛伐克共和国期间，犹太人享有充分的人权和宗教自由，尽管当时反犹太主义尤其在大多数农民中非常普遍。
    战时斯洛伐克的犹太人
    1939年4月，新斯洛伐克国开始制定反犹太法， 按照宗教而不是种族的标准来规定犹太人的社会地位（斯洛伐克是天主教国家，由教士和天主教政党联合统治）。很快又颁布了一系列法令，来清除各种职业部门中的犹太人。反犹太主义的暴力活动，主要由“赫林卡”卫队来进行。
    1940年8月，希特勒的秘密警察--首席前线领导人迪特尔·威斯利森希， 作为帝国安全总办公室艾希曼的代表，以犹太人事务顾问的身份来到布拉迪斯拉发。“赫林卡”卫队和志愿保护中队（斯洛伐克在希特勒秘密警察中的志愿人员），被按照希特勒秘密警察的结构重新组织起来，并委以反犹太人的责任。
    1940年9月26日，一项新的法令规定只有犹太人中心才是唯一可以代表犹太人的权益，它对中央经济办公室（由内务部长统管）负责，并必须把指令传达给犹太人。
    1941年9月9日，斯洛伐克政府宣布了一项反犹太法令，它包括270项条款， 重新明文规定犹太人是一个种族组织，要求他们佩带黄色大卫星徽章，以便迫使犹太人服苦役，并把他们从一些城区驱逐出去。