为了维护这个信仰多元化国家的完整存在，弗吉尼亚的杰斐逊和麦迪逊提出了信仰自由和政教分离的理论，并进行了实践。杰斐逊认为，在宗教事务上，全能的上帝不强迫人们，所以不能强迫任何人顺从或支持任何一种宗教信仰，任何牧师不得被强迫、被限制、被骚扰，不得在宗教信仰上强加别的什么东西。在宗教事务上，应该允许自由争论，以保证所有的人都有权自由表明自己的信仰，同时又不影响他们的世俗生活（注：J.P.博伊德：《托马斯·杰斐逊文件》Julian P.Boyd,The P-apers of Thomas Jefferson，普林斯顿1950年版，第545-547页。）。麦迪逊后来发表了更为著名的《反对宗教估价的陈情与抗辩》（A Memo-rial and Remonstrance Against Religious Assessments），列出15条理由反对亨利的提案，其中包括：（1）宗教信仰是个人的权利而不能由国家确定；（2）立法机构应确认宗教而不是干涉宗教的存在；（3）经过革命多数公民不愿看到确立基督教而排斥其他宗教；（4）确立基督教为国教是违反自由和平等原则的；（5）确立国教意味着政府用行政手段干涉或利用宗教；（6）基督教不需要被确立为国教，因为它事实上很兴旺；（7）确立国教不利于宗教的纯洁及功能的发挥；（8）因为宗教不在世俗政府的管辖范围内，确立国教问题也就与政府无关；（9）确立国教本身就是一种对其他宗教的迫害；……（注：J.麦迪逊：《詹姆斯·麦迪逊文件》James Madison,The Papers of James Madison，芝加哥1973年版，第298-304页。）。结果，1785年，弗吉尼亚议会通过了关于保护信教自由，宗教问题不得影响世俗事务的法案（注：W.L.米勒：《第一次解放：宗教与美国共和国》William Lee Miller,The First Liberty:Re-ligion and the American Republic，纽约1985年版，第360页。）。这一法案所反映出的杰斐逊和麦迪逊的政教分离思想，被认为是美国确立政教分离制度的来源和依据。
    由于上述原因，1787年制宪会议基本没有讨论宗教自由问题，但对宪法中是否承认基督教问题却存在着不同看法。有人提出把基督教作为国教列入宪法，并指责杰斐逊等人不是要让政教分离，而是反对建立国教；也有人提出支持杰斐逊、麦迪逊的主张，南卡罗莱那的代表查理·平克尼就建议，美国立法不应在宗教问题上通过任何法律条文（注：W.S.赫德森：《宗教在美国，美国宗教生活发展的历史统计》，第104页。）。最后通过的美国1787年宪法被认为是一部世俗宪法、无神宪法，因为它没有提到上帝，也没有涉及基督耶稣。美国宪法中关于宗教问题的内容只在第三部分第6款有这样一句话：“在美国，永远不得把宗教考察作为政府官员或公职人员的录用资格”（注：L.奥费佛尔：《教会，国家和自由》Lei Ofeffer,Church,State,and Freedom，波士顿1953年版，第102页。）。宪法的这一规定，虽然确认了公民间不得有宗教歧视，但并没有确定宗教的地位，更没有保证宗教信仰自由。
    宪法制定以后，许多宗教界人士对其中没有对宗教问题做出明确规定表示不满。他们纷纷给华盛顿总统写信，要求对宗教在美国的地位，特别是信教自由，在宪法中有所体制。为讨论宗教问题，国会专门成立了一个包括麦迪逊在内的由11人组成的委员会，讨论在宪法中附加一项关于宗教的条款。此条款的最初表述是：“法律不得确认任何一个宗教，信仰平等权利不得受到任何侵犯”，后改为“国家不得干涉信仰的平等权利”。该条款在国会众议院全体会议上又改为“国会将不制定任何涉及宗教的法律，也不干涉信仰的权利”，“国会将不制定任何国立宗教法令，也不阻止自由宗教活动，不干涉信仰的权利”。而参议院在辩论中则就此提出了三段意思相近的条款：“国会将不制定法律确认某一宗教派别或团体超于其他之上”，“国会将不制定任何法律干涉信仰权利，或确认任何宗教派别或团体”，“国会将不制定法律确认任何特殊宗教派别超于其他之上”。最后参议院通过的条款是：“国会将不制定法律确认信仰条款或崇拜形式，也不禁止任何自由宗教活动”。由于这项条款遭到了众议院的拒绝，国会不得不重新讨论。1791年9月24日，国会终于通过了一个联合委员会决定的宪法修正案，即人所共知的“美国宪法第一修正案”。在这个修正案的45个英文字中，关于宗教的文字只有16个："Congress shall make no law respecting an establishment of religion,or prohibiting the free exercise thereof"。人们对这段文字的翻译有所不同，但基本意思是“国会将不制定确立国教或禁止宗教自由活动的法令”（注：R.波斯顿：《为什么宗教权利是错的，关于教会与国家的分离》Robert Boston,Why the Religious Right Is Wr-ong,About Separation of Church & State，纽约1993年版，第64页。）。从此，美国人都把这一修正案作为美国政府宗教政策的法律依据。
    二
    美国宪法和宪法第一修正案以法律的形式确立了政教分离制度。但是，欧洲的传统和殖民地长期政教合一的历史实践使某些美国人很难马上接受和适应这种制度，而宗教界某些人则更是一直持反对态度。这使得美国政教分离制度自始至终受到非难。
    首先，美国政府的宗教政策并没有也不可能马上按政教分离原则执行，因为各州宪法有很多与联邦宪法不一致的地方需要调整。特别是那些实行政教合一制度的州要把原有体制变成政教分离制度并不是一件简单的事，也不是短期内可以完成的。例如，1796年田纳西宪法第8条第4款就规定，否认上帝存在，或否定上帝奖惩原则者，都不得在任何政府部门任职（注：E.S.高斯塔德：《父辈的信仰，宗教与新国家》，第172页。）。这项法律条文虽然与10年前颁布的美国宪法和5年前颁布的宪法第一修正案完全背道而驰，却多年在该州有效。在康涅狄格，直到1818年才讨论和决定实行政教分离，从而结束了该州的官方宗教统治的历史；在马里兰，直到1833年左右才完成向政教分离的转变（注：E.S.高斯塔德：《内战前美国宗教史记实》Edwin S.Gaustad,A Documentary His-tory of Religion in America.Since 1865，密歇根1993年版，第317、319页。）。这种以州宪法对抗联邦宪法的做法，一方面反映了美国宗教势力的强大，另一方面也说明美国政府对政教分离问题的处理持灵活态度。
    政教分离制度面临的另一个挑战是，人们对宪法第一修正案中关于宗教问题的规定的理解发生分歧，特别是对宪法第一修正案的条款是否规定了美国实行政教分离制度的问题，很长时间内说法不一。许多宗教界和政治界著名人士认为，宪法和第一修正案仅仅规定了宗教信仰自由而没有宣布政教分离，由此引起了人们对宪法第一修正案的许多不同的解释。这些解释大体可分为两类：分离主义者（separationist）和调解主义者（accommodationist）。分离主义者认为，宪法第一修正案至少做出了这样的一些规定：联邦政府和任何一州都不能确立一种宗教；都不能帮助某一宗教或所有宗教，或把某一宗教置于其他宗教之上；不能以暴力或影响力使一个人在违背自己意愿的情况下信仰或改变信仰某一宗教；任何人不得因宗教信仰而被惩罚；不得对宗教组织和活动收税；不得公开或秘密地以政府的名义参加宗教组织的活动（注：J.T.努南：《信仰者和权利》John T.Noonan,Jr.,The Believer and the Powers T-hat Are，纽约1987年版，第373页。）。而调解主义者则认为，宪法第一修正案并没有规定各级政府在宗教和非宗教之间保持严格中立，也没有禁止国会或各州通过非歧视性的合法的世俗立法条款（注：J.F.威尔逊、D.L.德拉克曼：《美国历史上的教会与国家》John F.Wilson,Don-ald L.Drakeman,Church and State in American History，波士顿1987年版，第245页。）。所以他们认定，第一修正案仅仅是排除了政府直接确立或赞同某一特定宗教，政府可以而且应该支持个人和集体的宗教行为（注：M.A.诺尔：《从殖民地时代到20世纪80年代的宗教和美国政治》Mark A.Noll,Religion and American Politics,From the Colon-ial Period to 1980s，纽约1990年版，第82页。）。很明显，调解主义者的目的是要政府直接参与或以行政手段支持宗教活动，进而恢复和实现政教合一。