第二次世界大战中，日本细菌战部队的罪恶，已为中、美、日、英等许多国家有良心的学者和记者所揭露，然而，关于日本军部对该部队的领导和密不可分的关系，却论述不多。日本军部对各战斗部队的严密控制和领导，是众所周知的。但由于731部队等细菌战部队的极端罪恶性的性质，至今一涉及日本军部对这些细菌战部队的领导责任，仍使人触目惊心，愤慨不已。这里，根据我所掌握的资料，作如下论述。
    一、日本军部积极策划和建立细菌战部队并使之成为侵略政策的一部分
    细菌武器是一种违反起码人道原则，异常残酷和惨无人道的战争工具。1925年，各国在日内瓦签订了禁止在战争中使用细菌武器的协议，而日本拒绝参加，说明军部明知细菌武器与人道和科学的任务是不相容的，却从20年代后期起，就在考虑、策划和准备使用细菌武器，作为其对外政策的一部分了。
    果然，1928年，日本军部派遣专攻病理学和细菌学、积极鼓吹细菌战的军医官石井四郎赴欧洲考察。1930年，石井考察回国后，日本陆军省和参谋本部立即准备建立研制细菌武器的机构。他们认为，细菌武器是一种很有利的进攻性武器，若不进行此种准备，在实现自己的目标过程中，会遇到严重的困难。后来，石井在同部下的谈话中，谈到日本军部为何要成立731部队这样一种研究机关的原因，他说：“日本没有充分的五金矿藏及其他制造武器所必需的原料，所以日本务必寻求新式武器，而细菌武器便是其中之一。”（注：731部队生产部部长军医少将川岛清受审记录，见《前日本陆军军人因准备和使用细菌武器被控案审判材料》，莫斯科外国文书籍出版局，1950年。以下各细菌战犯受审记录均出此书。）明确地表述了日本军部的考虑。
    这样，1932年，参谋本部在日本陆军军医学校内，设立了最初的细菌武器研究机构“防疫研究室”，由石井四郎主持工作。1933年，又在所侵占的中国东北离哈尔滨70公里的背荫河地区，设立了秘密的细菌研究所，称为“加茂部队”或“奈良部队”，细菌战研究成了参谋本部军医学校的正式课题。到1936年，参谋本部呈请并由天皇发布敕令（密令）（注：关东军司令部第一作战部部长松村知胜、关东军司令部医务处长梶冢隆二受审记录。），在中国东北建立了两个庞大的细菌基地，以便从事先前已由石井在实验室中开始进行的罪恶实验，并指定了部队的人员数额和建立的房屋，这两个细菌基地，一个在长春市南5公里，对外称“关东军军马防疫部”（若松部队），1941年改称“第100部队”，另一个在哈尔滨南20公里的平房地区，对外称“关东军防疫部”（石井部队），后改称“东乡部队”和“关东军防疫给水部”，1941年发动太平洋战争前改称“关东军第731部队”。背荫河研究所的人员和设备，也全部迁至平房，工作人员增至2000人，任务是大量生产细菌武器和研究细菌战的方法，以保证日军能进行大规模的细菌战。根据天皇的密令，日本军部开始组织编制731部队的工作，如挑选该部队的军官和建立基地等等。也就是在这一年，由陆军大臣发布命令，把石井四郎从东京军医学院（时石井为该校教授）调去担任731部队长（注：梶冢隆二受审记录。）。
    1939年和1940年，随着该部队研究工作的进展、部队作用的增加和工作重要程度的提高，天皇又屡次发布密令（注：川岛清、梶冢隆二受审记录。），命令对731部进行扩充和改编，并成立四个支队。密令规定了成立各个支队的期限和地点（海拉尔、牡丹江、孙吴和林口），把731部队工作人员扩充到3000人，包括各支队的人员在内。与此同时（1939年），又密令在北京（先农坛庆成宫）成立了“甲字1885部队”，在南京（原中央医院，今军区总院）建立了“荣字1644部队”，定员各1500人。同一年，又在广州（中山大学医学院）建立了“波字8604部队”，定员1200人。到1942年，又在新加坡（原昭南爱德华七世医院）建立了“冈字9420部队”，定员208人，后发展到590人。这些部队，都是与731部队配套的细菌战部队，隶属于参谋本部第九陆军技术研究所（九研，也叫“登户研究所”）领导，同时也隶属于各地区派遣军。
    可见，正是在天皇和军部的积极策划和命令下，日本的细菌战部队才发展成为一支拥有7000至8000名科学技术工作人员的庞大的细菌战部队的。
    二、日本军部下令极力研究制造最有效的细菌武器和寻求其使用方法
    所有这些细菌战部队，都遵照陆军省和参谋本部的指令，进行大规模的细菌生产、用活人进行试验和寻求使用细菌武器的最有效方法，陆军省和参谋本部为此提供了一切必要的原料、设备和材料。其生产细菌的能力，以731部队为例，在每个为期几天的生产周期内，最低限度能生产出3万万亿细菌，实际上已不计其数（注：见秋山浩：《731细菌部队》，京都三一书房，1956年。）。731部队以公斤为单位计算，每月培养出300公斤鼠疫菌、600公斤炭疽热菌和1000公斤霍乱菌，即直接从营养液浮面上撇出来的粘稠状细菌糊。
    遵照日本军部的指令，关东军总司令通过司令部所属各部处，领导731部队研究及生产细菌武器的罪恶活动，如关于研究使用细菌武器的方法，关东军司令部组织了几个专门的委员会，由关东军参谋长、作战部长、第100或731部队长及关东军司令部个别军官参加。委员会关于使用细菌武器的决定，交由关东军总司令批准后，呈报给参谋本部，等参谋本部批准某种武器后，将此种决定通知关东军司令部，然后由关东军司令部颁发大量生产必要病菌的命令给731或100部队。关东军总司令山田乙三说：“所有关于使用细菌武器，以及编制必要部队来实际运用细菌武器的事宜，都是由参谋本部根据关东军司令部的报告策划的”，关于使用细菌武器的命令，则“由帝国大本营颁发”（注：关东军总司令山田乙三受审记录。）。关东军军医处长梶冢隆二也供认：“细菌武器的制造、试验和实际使用方面，都是遵照参谋本部的指令进行的”。
    关于细菌试验的结果，即用活人实验的结果，则由731部队领导人越过关东军司令部，直接呈报，视其内容如何，或呈报给帝国大本营，或呈报给陆军省及军医研究院（注：关东军总司令山田乙三受审记录。）。1644部队编制“日报”的军画兵石田甚太郎则揭露说，1644部队记录各研究室的实验结果和数据，及被实验者人数增减等机密事项，他每天都编写“日报”（一科日记），一式两份，其中一份送呈中支那派遣军总司令部（注：1644部队军画兵石田甚太郎《人生日记》，见〔日〕《战争责任研究》，第10号。）。
    所需要的经费，以731和100部队为例，按照参谋本部有关生产此种或彼种细菌武器的要求，由陆军省保证一切必要的经费，即由陆军省拨给，而由关东军司令部支付。
    这样，在日本军部的严密管理和积极领导下，各细菌战部队经过各种研究试验，得出如下结论：即用传染病媒介物去传染饮用水及食物，是使用细菌武器的有效方法。并认为，鼠疫跳蚤最为合适，因为跳蚤既能保证鼠疫菌的安全，使它免受外界因素的影响，又可以使人体受到传染，以达到军事上的目的。为此，仅731部队，就使用了4500个饲育器，繁殖了几千万只乃至不计其数的跳蚤，饲养了十几万只老鼠。