8月31日兰斯德尔向特别小组再次提出第二阶段的行动方案：第一、政治上，鼓励拉丁美洲国家及美洲国家组织安全理事会控制本国公民到古巴去旅游，限制古巴的宣传；第二、心理上，直接对苏联及其他在古巴的政治组织进行宣传，使他们对古巴的政策产生不满，美国之音也将继续在天鹅岛进行广播；第三、经济上，鼓励古巴人民进行适当的小范围的蓄意破坏，破坏古巴的工业命脉、公共事业、交通通讯等，不鼓励古巴自由贸易，鼓励美洲国家组织特殊委员会进一步推出对古巴的贸易措施；第四、信息收集、招募新兵，训练有可能有合法身份的游客及第三国在古巴的居民；第五、准备制造叛乱，继续发展意外事故计划，建议保持必要的交流。[19]
    根据“猫鼬计划”，第二阶段任务，中央情报局多次制订方案图谋刺杀卡斯特罗。中央情报局还不断地策划破坏活动：向圣地亚哥、波多黎各和其他港口停靠的货船上的古巴食糖投毒，损坏开往古巴的货轮上的机器设备和零部件。古巴的道路桥梁、炼糖厂和油库等也经常遭到有古巴流亡分子组成的突击队的攻击，因为反卡斯特罗的一系列活动已经是有一定公开性质，在执行计划时中央情报局必须联合拉丁美洲各国、美国各洲及许多部门，要求他们提供方便。实施“猫鼬计划”不仅使古巴与美国关系进一步恶化，同时促进了古巴与苏联关系的加强。
    后来的事实证明，苏联在古巴部署导弹主要是苏联的战略利益所致，但是，如果不存在上述美国对古巴的威胁，卡斯特罗可能就不会同意苏联在古巴部署导弹。导弹危机开始，参与“猫鼬计划”的人也提出了他们的危机对策，国务院的古巴事务特别助理罗伯特·何魏奇建议由古巴流亡者驾机佯装袭击古巴炼糖厂，转道轰炸导弹基地。中央情报局官员比尔·哈维则提出派遣十个分别由六名古巴流亡分子组成的突击队去袭击导弹基地，甚至其中有三个已经到达古巴北部海岸。但是，慑于这种偷袭行动可能招致的可怕后果，罗伯特·肯尼迪加以了阻止。10月30日，美国国家安全委员会命令停止所有“猫鼬计划”的活动。[20]
    三、与“猫鼬计划”同时进行的“紧急情况计划”
    猪湾入侵后，在与肯尼迪政府的对古巴的秘密军事行动“猫鼬计划”的同时，五角大楼也进行了应对古巴可能出现的特殊情况的“紧急情况计划”。一般人们普遍把注意力集中在“猫鼬计划”，而忽视了国防部的军事行动。
    据大西洋联合作战指挥部总司令（CINCLANT）的报告， 在古巴导弹危机前几周内，美国已准备了对古巴的两个主要的军事方案：空袭或入侵，甚至也准备采取封锁的步骤。虽然这些文件标明“紧急情况”计划，但是，他们清楚地表明肯尼迪政府准备选择军事打击卡斯特罗，并且想要在10月末完成。[21] 政府不断研制对付古巴的军事计划，这些计划与1961年末肯尼迪发起的“猫鼬计划”是相互协调的。一份对于与“猫鼬计划”方案有联系的五角大楼措施的评论表明：美国蓄意在古巴挑起事端，通过事端将会掩盖美国可能采取的干涉。
    猪湾入侵失败后，军方开始重新策划军事干涉。1961年6 月国防部长麦克纳马拉与参谋长联席会议开会，产生了一个由陆、空军支持完成的大西洋军区司令部联合作战来承担的”迅速空袭”计划（OPLAN312）或”真正入侵”计划（OPLAN314、OPLAN316）。[22]
    1961年秋，国内压力迫使肯尼迪总统加速准备对付紧急情况的军事计划。1961年10月5日，肯尼迪发布一个秘密指令，命令准备实施推翻卡斯特罗计划。10 月末参谋长联席会议同意已经修改的”军事行动计划”。[23]
    1962年3月份， 参谋长联席会议发布命令向大西洋联合作战指挥司令部增派军队来执行”紧急情况计划”[24] 国防部建立了一个古巴紧急情况计划工作组，由参谋长联席会议及国防部、中央情报局等组成，并指定一个全职人员与”猫鼬计划”进行联络（本杰明·哈里斯）。到7月末，哈里斯做出报告如下：1.美国公开军事干涉古巴的紧急情况计划，是为了确保美国决定性的军事干涉能力，大西洋司令部总司令的常规紧急情况计划已被更新，正在试图减少执行这个计划所需要的反应时间。2.替换美国公开武装干涉古巴的紧急情况计划。 大西洋司令部已研制了一个可替换计划，该计划缩短了反应时间，但是需要军队逐一完成任务。为了降低这个行动中的风险，正在寻求削减反应时间，而不是逐一完成任务的方法。3.空袭。这项计划后来被改为其执行是为了支持内部起义。[25]
    在1962年苏联决定在古巴布置核导弹之前，美国针对古巴的军事准备在增长。苏联并不是毫无根据的怀疑美国一直考虑对卡斯特罗的军事打击。肯尼迪政府的敌意宣传，政治外交上孤立古巴的努力，以及”猫鼬计划”下的暗杀破坏和心理战，无疑挑起了苏联的忧虑，另外，1962年4-5月美国策划的大量的，引起公众广泛注意的军事演习，无意中加强了苏联领导人的担心：美国正在准备再一次入侵古巴。
    第一个军事演习是从1962年4月9日到24日，涉及从北卡罗来纳州到加勒比海，包括4万名海军陆战队士兵和工作人员，成百的船只和飞机，代号为Lantphibel-62的军事演习，这次演习以一万人的袭击力量在波多黎各登陆而结束。[26]