后来，雍正曾亲自写作《大义觉迷录》来为自己辩白，同时为了表明自己的“深仁厚泽”，他没有杀掉曾静、张熙，而是令两人到各地去宣讲《大义觉迷录》。但是对于吕留良一家就没有那么幸运了。雍正亲自下旨说“：“自古帝王之有天下，莫不由怀保万民，恩加四海，膺上天之眷命，协亿兆之欢心，用能统一寰区，垂寐奕世。盖生民之道，恨有德者可为天下君。……夫我朝既仰承天命，为中外全民之主，则所以蒙抚绥爱育者，何得以阵夷而有殊视?

乃逆贼吕留良好乱乐祸，私为著述，妄谓德佑以后，天地大变，查古未经，于今复见。而逆徒严洪逵等，转相附和，备极猖狂……朝议吕留良吕葆中俱戮尸某示，严洪逵沈在宽皆斩决，族人俱诛殛，孙辈发往宁古塔给披甲人为奴。仰天下亿万臣民，凛垂为戒。”结果已死的吕留良被开馆戮尸，枭首示众;吕留良之子吕葆中被斩立决;吕留良的其他家人都被流放到宁古塔给披甲人为奴。其他刊印、收藏吕留良著作的相关人等也都分别被判以斩监侯、流放、杖责……等刑。吕留良案牵涉及广，但也留下了活口。

传说吕留良一族惨遭族诛之后，吕的女儿四娘被吕家的一个贴身童仆救出，逃到了深山老林之中。从此隐姓埋名，寻机为父祖报仇雪恨。后来，吕四娘遇到了武艺高超的独臂神尼。在她的精心指导之下，吕四娘成为一名武艺高超的剑客。为了能够为家人报仇雪恨，吕四娘潜入京师。经过一番秘密的考察和打听，吕四娘终于弄清了雍正皇帝的行动规律。有一天，她得到密报说，雍正今晚要在圆明园过夜，圆明园防守比较松懈，吕四娘便飞檐走壁，跃入圆明园，找到了正在龙床之上熟睡得雍正皇帝，一剑就砍掉了他的脑袋。然后提其首级逃出宫外，远走高飞。天亮之后，宫中的太监见都到了下午了，雍正皇帝还没有起床。就叫来皇后，到雍正的寝宫一看，发现他已经身首异处死去多时了。于是，宫中大惊，谎称雍正病重，急召诸位王爷大臣们入宫，并封锁了雍正被杀的消息，只说雍正是突然得病去世了。还有传言说，雍正的棺木中收敛的是一个无头尸体。因为没有真的头，就给他做了一个金头。

当然，这只是野史小说中的一种传言，也有学者对这些传言提出过批驳。认为这种行刺之说纯属谣言。因为吕案发生后，他的家人都处于严密的控制之下，根本不可能有人漏网。此外，圆明园在皇帝在的时候，防守极为森严。吕四娘根本不可能穿过昼夜的巡逻的卫兵，轻易地就进入寝宫，刺杀皇帝。

此外，还有一说认为，雍正皇帝是服丹药中毒而死。这些人通过细致的研究雍正朝的起居注发现，雍正皇帝是十分的崇尚方术的。雍正帝为了求得长生不老，在宫里蓄养了大批的和尚、道士。他自己也十分的热衷占卜、求神等术数。甚至还常常用此来决定对官吏的任用和升黜。在雍正的《御制文集》中写下了不少歌颂神仙、丹药的诗。而且在政务之余，雍正还常常在道士和尚们的指导之下，研究炼丹、采苓、放鹤、授法等道家秘术。雍正为了求得长生，还经常的服用道士们进献的丹药，在朝鲜的史籍中就有关于雍正帝沉迷方术，以至于病入膏肓，自腰以下不能动的记载。

另外，人们通过还从雍正的继位者，乾隆皇帝这里找到了一些证据。雍正皇帝死后仅隔了一天，也就是八月二十五日，乾隆皇帝就突然下了一道谕旨，驱逐圆明园中炼丹的道士们出宫。并对炼丹道士张太虚、王定乾等人说：“若伊等因内廷行走数年，捏称在大行皇帝(指雍正)御前一言一字……一经访闻，定严行拿究，立即正法。”新君刚刚继位，雍正大丧未完，朝中有众多事务需要处理。乾隆别的事情不去做，而急着下令驱逐数名道士，这种做法确有奇怪之处。驱逐道士的同时，乾隆还另外降下一道谕旨谕令宫中的太监、宫女，不许妄行传说国事，“恐皇太后闻之心烦”，“凡外间闲话，无故向内廷传说者，即为背法之人”，“定行正法”。

乾隆帝为什么不许宫中太监宫女们乱说，难道此间真的有什么不想为外人知道得隐情。联系前面乾隆对和尚道士们的处理。也许“中毒身亡”之说确实有几分可能，而且，后人把现代医学知识，来对比雍正死之前的症状，发现雍正皇帝死之前得症状与中毒而死的症状极为相似。以上仅为流传较广的两种说法，至于历史事实究竟如何，还有待于史学界的进一步考证。雍正死后被葬于清西陵的泰陵，号世宗敬天昌运建中表正文武英明宽仁信毅睿圣大孝至诚宪皇帝。世称雍正皇帝。

雍正帝在位时间不长，但却在继位和死因问题上为后人留下了两大疑案。也许这些疑案根本就没有什么神奇之处。只是后人的种种传言才给他披上上了层层的神秘面纱，变得扑朔迷离，让人难以看清其中的真相罢了。

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