明治维新政府

明治新政府建立，岩仓具视认为其有很高的政治识见，因而仅由其一人担任总裁局顾问，为所有政策的实质上最终决定责任者。太政官制度改革之后，担任外国事务挂、参与、参议、文部卿等职务。明治元年(1868年)以来，屡屡提出开明的建言，并持续率先做政策的实行。五条御誓文、新闻媒体的发达推进、封建的风俗习惯之废止、版籍奉还、废藩置县、人材优先、四民平等、宪法制定、三权分立的确立、两院制的建立、教育充实、法治主义的确立等建言，使明治政府渐次实施。再者，并于该际即提出将军人登用为阁僚之禁止、地方警察制度与裁判制度等极为现代化且开明的建言。

关于明治元年(1868年)3月14日发布之五条御誓文，木户基于福冈孝悌之拟订版本，将第一条之“兴列侯之会议”改为“广兴会议”、“五条御誓文”—由明治天皇亲率文武百官向天地、人民宣誓的仪式，系基于木户的构想，木户说服了抵抗的守旧派，并使天皇更加认真对待维新。

岩仓使节团与其影响

为消除明治政府草创初期的朝令夕改、百家争鸣状态，随着明治4年(1871年)6月实现废藩置县的断行而稍趋稳定的政府，西乡隆盛、大久保利通、岩仓具视、三条实美共同要求由木户独自一人担任参议。虽然众人希望构筑一个“政令一途”的有效率体制，但重视开明与合议制的木户，对此持续坚持反对。依照大久保的妥协案，木户同意由自己和西乡共同担任参议，但随后基于为补足对政务娴熟的西鄕之由，向西乡建议让肥前也担任参议，西乡则回应，于是确立了由萨长土肥各一人担任参议的共和制参议内阁制。但是，因为施行者木户随后即为海外视察的全权副使而空位，这所谓萨长土肥各一人的共和制参议内阁制并没有维持许久。

海外视察组与留守政府组有着如下约定：“至海外视察结束之前，如未以邮送文书进行合意，则不能变更明治政府的主要体制及人事。”以留守政府的执行结果而言，这样的约定就形同具文，由于海外视察组亦未遵守约定时程归国，使原先的短期考察计划，延长至将近两年，导致也无法再对留守政府的责任予以追究。留守政府提出的征韩论，在海外视察组眼中却只能是绝对无法苟同的无谋之举。(当时的日本不可能大规模远征朝鲜半岛即使是发动战争没有实力与朝鲜的后台清朝交战的实力。留守人员考虑的是发动战争而转移和缓和国内矛盾，考察的人员长期在外学习，已经了解到日本和世界的差距，首先改革内治而非发动战争。)木户为海外视察期间出国的唯一参议，归国后，原因不明的剧烈头痛等旧病突然再犯，并持续复发、恶化。不知是否因为疾病，木户从此时开始已无法真正地执掌明治政府。

木户幕末以来的宿愿——开国?破约攘夷——也就是撤销不平等条约并缔结对等条约，为此目的，作为岩仓使节团的全权副使之一，进行条约修正的预备交涉并视察欧美。不单是欧美进步的文化，其亦洞察到民主主义的不完全性与危险性而归，至今为止的开明急进派立场转变为渐进派，毕竟，欧美与日本彼此间的文化差异实在过大了。再者，痛切感到将征韩论等撤回与内治优先的必要性，积极倡诉宪法制定与二院制议会的设置，并致力于国民教育与天皇教育的充实。后来亲自担任文部卿，为充实国民教育尽力。对于西乡隆盛等人主张之征韩论、大隈重信与西乡从道等人主张之台湾出兵(牡丹社事件)，一贯反对。再者，为将农民由不公平的税制与重税中解放而积极推进的地租改正，以及，为废止武士特权而使其寻找新谋生之途而构想的秩禄处分，木户均激烈的反对。当政府于明治7年(1874年)5月决定出兵台湾时，对此抗议而辞去参议职务、回山口老家。

立宪政体方向之树立

明治元年(1868年)的集议所、明治2年(1869年)的公议所等，都是木户基于开明的方针而尝试努力的产物，希望落实相当于国会下议院功能之组织。然而，让存有江户时代封建意识的各地不满武士们充任临时职务与自由发言，就维新方针也好、现实面的可能性也好，都过于乖离，大久保等人甚至断言“应废止之”，认为时期尚早、非现实而无意义。再者，这些会议召开于‘废刀令’、‘四民平等’实施之前，只是成为萨长土肥以外，被剥夺特权的武士们不满的发泄场所罢了。

持续摸索相当于现代国会的众议院、并对其必要性持续主张的木户，整备环境、并认时机成熟后，于1875年6月20日～7月17日召开第1回的地方官会议，并亲自担任议长举行。该时点所订的5项法案均是地方员警、地方议会等得以促进地方自治的法案，然而，随着大久保内务省的崛起，这些项目并未能够以木户策划的方式实施。

明治10年(1877年)2月西南战争爆发，木户立刻请求亲自征讨鹿儿岛。大久保同样，请求担任镇抚使亲自去面对西乡。伊藤博文对两者均予以反对，最后依征兵令出动国军，木户则与明治天皇一同前往京都出差。随着病症恶化进入病危状态，明治天皇也曾前往探望，木户孝允于5月26日辞世。享年43 。

木户孝允的日记，显示了他的内心挣扎。木户表示，担忧在于长州藩与国家利益互相冲突。他经常要为自己被指出卖朋友而辩护。在当时的日本，还未形成近代国家的概念。这也是当时社会大变革时期，原来士族集团的困扰之一，武士原来是为自己的大名服务，老板没了给谁打工，为谁打工等的一系列问题之一。

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