第二次国共内战

1945年10月3日，第五军奉命解除云南省政府主席龙云职务，以及昆明行营在昆明地区各直属部队之武装。除零星冲突外，各直属部队武装于3日晚即已解除。龙云被围于省政府，至7日离开昆明。

1946年3月，第五军调防南京，由于陈毅率新四军占据安徽天长与盱眙一带，于是第五军于7月调淮南，与并分别于7月29日与30日攻占天水与盱贻。随后北调宿县，对敌方淮北军分区进行扫荡，一路所向披靡。 8月，第5军奉命转战鲁西地区，同友邻整编十一师协同作战，通过龙凤战役等一系列战斗，将敌方刘伯承部逐出鲁西地界。直到1947年2月。3月，第五军划归第二兵团节制，邱中将兼第二兵团副司令，转战鲁南与鲁中，7月转战鲁西，9月第五军改称整编第五师，参与郓城会战，在丁里长一带面对敌方粟裕所部主力围攻，岿然不动，在友邻吴化文部协同下，以第二〇〇师与友军连接，以第四十五师迂回，坚持敌攻我左翼，我右翼攻敌，经艰苦卓绝之奋战，于千钧一发之际，因部下邓军林无畏援军之到达，终将敌击退。10月调平汉线，归陆军总部郑州指挥所节制。11月整编第五师扩编为整编第五军，辖整编第五师与整编第七十师与整编第八十三师，转战黄泛地区，并于1948年初确保陇海路的交通。

1948年5月，陆军总部徐州指挥所令整编第五军前往豫东，与粟裕所部交战。但在6月18日，粟裕部攻进开封，由于开封为国军补给基地，于是整编第五军奉命驰援开封。但整编第五军未抵开封，开封即于22日失守，于是邱军长迂回开封西南，于25日在陈留截断粟部，遂于26日收复开封。但由于区寿年兵团在杞县被围，欲来解围的黄伯韬兵团，在区寿年兵团覆灭时亦被围于帝邱店，于是整编第五军奉命驰援黄伯韬兵团，后于7月6日达成任务。此役称为豫东战役，国防部称解放军损失约10万余人，但国军共3个整编师与1个独立旅被共军歼灭，损失亦超过9万余人。

有历史学家认为邱清泉是出于个人考虑，怀疑高级军事机关已被中共间谍渗透，怀疑情报而放缓对区寿年的援助。 与黄百韬并无不和，因为怀疑情报，而未尊行。但在战后检讨中，蒋介石认为整编第二十五师作战有功，师长黄百韬获颁青天白日勋章，但整编第五军邱清泉所部“行动迟缓，应另行议处”。有论者认为此为邱、黄两人不和之始。战后，整编第五军主力整编第八十三师被调出，不久恢复第一〇〇军番号。徐蚌会战期间，被划入黄百韬兵团。且邱清泉在本次作战中，发现由国防部所传来情报不确实，问题相当严重，加上1947年间的诸次战役亦有类似情况。

1948年9月，任第二兵团副司令，10月任司令，驻砀山。第二兵团于11月7日奉命移驻黄口，11日徐蚌会战奉命增援被共军围于碾庄地区的第七兵团(司令黄百韬)，但在22日被阻于离碾庄12公里处的大许家一线，无法突破。而碾庄阵地已于21日被攻破，22日下午第7兵团覆灭。第二兵团解围不成后回防徐州外围，30日奉命放弃徐州，由于撤退路线为部队与难民所塞，且为共军阻击，12月3日始达陈官庄，但亦在同日与第十三兵团一同被围。4日第2兵团提出突围作战计划，欲以军或师为单位，作辐射状突围，但在徐州剿匪总司令部副总司令兼前进指挥部主任杜聿明中将所主持的会议中，因第七十四军军长邱维达反对而否绝该议。1949年1月6日，解放军发动全面攻击，9日攻进陈官庄阵地，10日凌晨，由于兵力折损殆尽，徐州剿匪总司令部前进指挥部副主任兼第二兵团司令官邱清泉中将亲率兵团部特务营发动反击，血战殉职(一说突围不成邱氏饮弹自戕)。1949年3月16日，第五军军长熊笑三在溪口，向蒋经国细述邱清泉“自杀成仁经过”。中华民国政府追赠邱清泉为陆军二级上将。

死亡原因

被击毙说

解开士兵服，大家看到邱清泉胸部连中七弹(有的资料说是中六弹，据徐光和陆茨等人上世纪80年代共同回忆，是连中七弹)，当时分析判断，是一长串机枪子弹扫射过来，将邱击毙的。如果邱清泉真的是自杀，应该朝头部开枪，怎么会在胸部连中七弹呢?徐光当即拍下了邱清泉尸体的照片。这就是至今一直流传的唯一的照片。邱清泉的尸体由民工抬至二师师部。经过被俘的国民党第二兵团的军长、师长们的辨认，确认是邱清泉无疑。包可悦报告了二师政委张文碧(现住南京)。张又向一纵首长刘飞、张翼翔作了报告。一纵首长决定，给邱清泉殓棺埋葬。墓前竖一木牌，上写：“乐清(永嘉)邱清泉之墓”。消息在报纸、电台公布后，据说后来邱清泉的遗体运回老家浙江永嘉安葬。新中国成立以来，所出版的各种战史、回忆录等，在提到邱清泉时，都说是“击毙”。

自杀说

但是，时隔40多年后，又冒出了邱清泉是“自杀身亡”的说法。说什么邱清泉命令通信兵何永福向自己开枪，一枪击中左胸，一枪击中右胸，邱倒地，但双目未闭，自知未死，又拿枪自射两枪，均未射中身体，后因流血过多，力竭而死。跟随邱清泉逃跑的警卫营营长远硕卿，天亮后见到搜索战场的解放军，遂举手投降。因远硕卿已化装成士兵，又身负轻伤，解放军予以释放。

荣誉、家庭与纪念

邱清泉上将因昆仑关之役与滇西战役而获颁四等与三等宝鼎勋章，和美国总统自由奖章。与共军作战时，亦于1947年获四等云麾勋章。中华民国政府在1949年7月颁褒扬令，1950年下令入祀台湾忠烈祠，1951年复颁褒忠状。1952年，邱清泉成仁三周年纪念，蒋介石亲笔题横额“碧血丹心”以兹纪念。1954年4月3日完工的台7甲线清泉桥，1961年，台中装甲兵训练基地改名为清泉岗基地，1966年3月20日，台中公馆机场改名为清泉岗机场，皆以纪念邱清泉上将。

邱清泉上将1920年与同乡黄氏结婚，育有1子，1929年与叶蕤君小姐结婚，生3子2女。两位邱夫人与4子2女均在大陆陷落前抵达台湾。邱清泉上将著有《教战一集》、《教战二集》、《建军从论》等一系列军事著作，现均传世。

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