英国见川、滇两省出军平叛，达赖叛军不堪一击，急忙从幕后转向前台，向袁政府进行交涉。
     1912年6月23日，朱尔典往见袁世凯，指责川军进藏平叛，他说：“川军远征西藏的军费是一个非常严重的问题。实际情况是四川省每年需负担庚子赔款的份额100万银两，他们却拒绝支付，正用这笔钱充作远征西藏的军费，同时，中国为填补赔款的差额却向列强借债”，他警告说如果川军进入西藏，“英王陛下政府将不会再向中国提供任何贷款。”8月17日，朱尔典又奉命向袁政府外交部递交英国政府备忘录，主要内容有：“1.英国政府承认中国对西藏的宗主权，否认中华民国有权超越1906年中英协定第1条的规定，干涉西藏内政。2.自1910年以来，中国在西藏采取行动，接管该国内政，并且1912年4月21日袁世凯总统令所宣布的政策，直视西藏为与中国本土省份相同的省，中国政府对此应予否定。3.中国政府可派驻藏长官，带适当卫队驻拉萨，有权在西藏对外事务方面向藏人提供意见，但不得在西藏派驻无限数量的军队。4.英国在准备承认中华民国前，需得到中国政府有关上述1至3点的书面声明。5.在中国未作出这一声明前，英国将向中国完全关闭中印边界，只许从拉萨撤至印度的中国军队越过边界”。英国在这份备忘录中故伎重演，妄图用“宗主权”概念破坏中国领土主权，以承认中华民国为诱饵，引诱袁政府上钩。9月，英国驻华使馆再次向袁政府送交照会，声称中国若派兵入藏，必与英国有“直接之冲突”。
     袁世凯刚刚窃取政权，财政十分困窘，急需帝国主义列强支持和援助，以便镇压国内革命力量，建立独裁统治。英国以提供贷款、外交承认与武力威胁为手段，向袁政府施加压力，果然取得成效，袁世凯命令川、滇两省西征军停止前进，特别告诫尹昌衡不得派军进入藏境，“致启衅端。”西征军被禁止入藏讨伐叛乱，使达赖集团获得喘息机会，为他们消灭驻藏川军提供了有利条件。
     以钟颖为首的部分川军，在哲蚌寺与丹吉林寺广大爱国僧众支持下，坚守拉萨，西藏叛军久攻不克。朱尔典致函英国外交大臣格雷说，四川与云南两省实际上已不受中央政府控制，主张就困守拉萨的川军撤离西藏作出安排，这样既可“增强北京政府在同四川协商时的力量”，亦可“消除他们向西藏进军的各种借口”，英国政府采纳了这一建议，指使尼泊尔驻藏官员出面调解，以保证川军安全离开西藏为条件，诱使驻拉萨川军放下武器，分批经由印度返回内地。
    达赖集团进入拉萨，残酷镇压反对他们分裂祖国的西藏贵族、僧侣与群众，在西藏建立恐怖统治。
     英国控制西藏的另一顾虑是沙俄干涉，因此急欲同沙俄在西藏问题上达成谅解，摆脱1907年英、俄关于西藏协定的约束。1911年12月，外蒙哲布尊丹巴活佛在沙俄支持下，粉墨登场，自称皇帝，宣布“大蒙古国独立”，遭到中国各族人民的强烈谴责和反对。次年，沙俄仍一意孤行，同外蒙傀儡当局签订《俄蒙协约》与《俄蒙商务专条》，在外蒙取得一系列重大政治与经济特权，进一步激起中国人民声势浩大的反俄浪潮，沙俄处境不妙，被迫在西藏问题上向英国让步，纵容英国侵略西藏，意图将中国政府与人民的注意力从外蒙引向西藏，英、俄在宰割中国边疆地区问题上达成如下谅解：英国同意俄国在外蒙有完全自由行动权；俄国则承认西藏为英国势力范围。1912年末至1913年初，英国以保护在西藏的侨民为借口不断派军进藏，进藏英军达5000余人，分驻亚东、江孜与日喀则等地，引起中国政府严重关注与社会舆论猛烈抨击。1912年12月23日，中国政府对8月17日的英国政府照会作出答复，明确宣布：第一，1906年中、英有关西藏的条约规定，除中国外，他国均无干涉西藏内政之权，英国8月17日的照会声称“中国无干涉西藏内政之权”是没有根据的；中国是否改西藏为行省，纯属中国内政，不许外国干涉，但“中国对西藏并无即时改行省之意”；第二，中国“并无派遣无限制军队”驻扎西藏之事，根据1908年的《修订藏印通商章程》，中国有权派军进藏保护商埠与印藏交通；第三，承认中华民国是另一问题，不能将此事与西藏问题“并为一谈”。
     达赖集团分裂祖国的活动不得人心，遭到包括藏族人民在内的全国各族人民强烈反对，西藏叛军进犯川边失败，西征军驻扎川藏边境，随时均有可能进藏平叛，中国政府始终坚持对西藏拥有主权的严正立场，迫使达赖不得不向中央政府表达和解意向，袁政府亦对达赖集团采取安抚政策，下令恢复达赖名号，俸金照旧支付。辛亥革命时期英国分裂中国西藏的阴谋未能得逞。