日军通过翻译声称：“如果是中国士兵，应该自首，那就不会受到任何伤害。”他们所说的“中国士兵”，不但是已经放下武器的现役军人，曾经当过兵的也算在内。有人“承认”了，被拉到校园的东北角集中，然后又被日军带走。即便是那些从未当过兵的男性，也被一一检查了手掌。日军从手掌的粗糙程度来判断他们是否有从军经历。那些裁缝、小贩、手工业者，也被归纳到“中国士兵”中。
    几天后，这些人中的一个又回到了安全区。他告诉魏特琳，当天一起被带走的二三百人都被杀死了，他侥幸从死人堆里爬了出来。
     随后对女性的登记充满了羞辱。魏特琳观察到，日本士兵像赶牲口那样将妇女们赶来赶去，并从中得到极大乐趣。有时还会将印记盖在她们的脸上。“日本人还强迫这些妇女为日本记者和摄影师露出微笑和高兴的样子。”
     魏特琳甚至觉得，日本人要对中国妇女登记，只不过是为了挑选最漂亮的妇女作为强奸对象。有20名姑娘因为烫着卷发，穿着高档就被单独列队。幸而，日军企图将她们带走的当口，安全区内的外国人士和她们的亲属出面拦阻了下来。
     “良民证”登记之后，日军试图取缔安全区。一些人按照他们的要求离开了，但很快又逃了回来。尽管安全区内也不能保证安全，在已经是人间地狱的南京城内，这里却是唯一能够提供庇护的地方。
     日军规定的最后期限到来时，金陵女子文理学院还有4千多难民，多数是年轻姑娘。许多人回到家中，遭到蹂躏，第二天又回来。每天仍有女难民来学校，魏特琳顶着压力收容她们。
     2月4日这一天，一队日本军人来到金陵女子文理学院，要求所有的妇女和孩子一律离开。魏特琳坚决地站立在他们和难民中间。她告诉日军，这些妇女的家都被焚毁了，无家可归，不可能离开收容所。
     日军并没有向魏特琳发难，悻悻而回。那位跟随日军而来的中国翻译，悄悄地对魏特琳说，不要让年轻的女性回去，她们应该留在安全区里。
    2月18日，迫于日军的压力，南京安全区国际委员会更名为南京国际救济委员会，安全区不复存在。
     这片不到4平方公里的安全区，虽然从未像设立者期望的那样安全，但根据后来对南京大屠杀的研究，安全区还是收容、救济了20万至30万的中国难民，让他们免遭屠戮。这样的数字让人不寒而栗——南京沦陷时，滞留城内的中国人约有50万人，也就是说，安全区之外，南京几乎被屠杀一空。
     南京安全区国际委员会更名的前一天，拉贝回国。临行前，魏特琳在金陵女子文理学院为他举行了告别茶会。消息传出，数千中国难民聚集到学校的大草坪。拉贝走出来与大家告别，数千人忽然跪地大哭，请求他不要离开。
     拉贝在日记中写道：“这一切听上去十分伤心和夸张。但谁要是也见过这里的悲惨情景，就会理解我们给予这些人的保护意味着什么。其实这一切都是理所当然的，并不是我们的某种英雄品质。”
     在当天的告别词中，拉贝说：“我一定不会忘记，明妮·魏特琳小姐是怎样率领400名女难民穿过全城，将这些人送进我们安全的收容所里的，这只是无数事例中的一个。”