长期以来，处在统治阶级压迫下的奴隶们纷纷起义，宗教的势力也逐渐衰减。西藏高原出现了王族割据的局面。这种纷争的局面持续了三四百年之久。
    在这些割据的王族中，只有四个王族势力较大，这就是前藏的拉萨王系、后藏的亚泽王系、山南地区的雅隆觉王系和阿里及拉达克地区的阿里王系，其中以阿里王系的势力最强盛，所以这段时期又称为阿里王朝时期。
    阿里王朝是达磨赞普的曾孙赤吉德尼玛贡所创立。到1038年，由于政治相对稳定，尼玛贡的接班人、古格王智光派人到盂加拉礼聘高僧阿狄夏迪巴卡拉来传法。后者在1042年到达西藏。他是一位佛法高深的僧人，对天竺古代医学当然也有精深的理解，尽管他到达阿里时巳经年届花甲，但他仍努力弘扬佛法，使佛教的理论得到系统化和规范化的发扬，从而被尊称为“佛尊”。佛教再度兴盛，是为西藏古代佛教的“后弘期”。
    这样又过了相当一段时间，到13世纪初，萨迪地区的政权强盛起来了。此时，中原地区巳经建立起蒙古族统治的元王朝，元太宗窝阔台派次子阔端西征。萨迦的花教教主贡哩坚参代表西藏地区势力与阔端会见，表示愿意归顺。1270年，元世祖在京接见萨选教主八思巴（1235—1280)，并册封他为“大室法王”，赐给金印，还把当时全藏十三万户地方归由他统辖，是为萨迦王朝，这是西藏地方正式归入中国的统一版图的开始。八思巴对于维护祖国的统一、繁荣经济、稳定政治形势、发展包括藏医学在内的西藏文化做出了很大的贡献。
    
    公元1354年，山南地区帕姆竹的万户长练丘坚赞(1302—1364)起兵，推翻了信奉花教的萨迦王朝的统治，建立一个政教合一的、信奉白教的帕姆竹王朝，受到明王朝的承认和册封。到第五代法王札巴坚参时，宗喀巴创建了黄教，得到法王的赞许。当时正值明王朝初建，釆取怀柔政策，与边疆各民族和平相处。在西藏，广泛设立溪卡的封建庄园。这说明，西藏社会已经由奴隶制进入封建农奴制。这些对于西藏地区政治稳定、经济繁荣、文化发展起到一定的保证作用。
    在这样一个政权频繁更迭的社会里，人们难于比较安定地从事一种专业的研究，因而不容易出现象前一阶段吐蕃时期那种划时代的经典巨著。但这种局面对医学也有其另一种积极的作用，就是不同环境中的医学家会提出不同的见解，出现了互相争鸣的局面，从而进一步促进了学术的繁荣和进步。
    当阿狄夏来到阿里王朝以后，他进一步带来古印度的医学。首先自己编译了一些医著，包括《头部伤的固定治疗》、《壮阳补精甘露秘方》。另外，他还带来了印度吠陀寿命医学的重要医著《八支药方》及其注释本《月光》，从而进一步促进了藏印医学的交流。
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