随着汉语在回回民族中的普遍推广与使用，自明代后期起，在南京、上海和广州等地，相继出现穆斯林学者的伊斯兰教译作和汉文著作。其中影响较大的就有王岱舆的《正教真诠》、《清真大学》、《希真正答》，张中的《归真总义》、《四篇要道》，伍遵契的《归真要道》(又称《米勒沙德》)，马伯良的《教款捷要》，刘智的《天方性理》、《天方典礼》、《天方至圣实录》，金天柱的《清真释疑》，马注的《清真指南》等。其宗旨都是为了阐释伊斯兰教经典，以扩大穆斯林文化的影响。不过这些著作，与国外的伊斯兰教论著又有明显的不同。因为在这些著作中，作者在阐述伊斯兰教教义时，并不是单纯从伊斯兰教经典中去寻求解答，而是试图利用儒家思想去加以发挥。在他们看来，儒家学说与“天方教义”不仅义理相近，而且各有其精奥，可以互相补充。
    例如王岱舆，从正统派伊斯兰教神学出发，认为世界万物都是真主创造的，从而建立起自己的“本体论”。但他又接受了宋代理学大师张载、程颢、程颐、朱熹关于理、气、天命之性、气质之性以及天理人欲的一系列观点，并将其移植到“认主独一”的伊斯兰教思想体系中。其所著《正教真诠》，上卷有“真道”、“人极”、“教道”、“辨异”诸篇;下卷有“人伦”、“慎修”、“民常”、“主禁”、“生死”诸篇，俱阐明伦理，以定取舍。又如伍遵契《归真要道》，通篇宣扬明心养性、克己复礼和复命归真的出世思想。
    
    刘智也是一位博极群书的大学者。他15岁后始矢志于学，曾历览儒家的经、史、子、集，又读“天方经”、释藏、道藏及“西洋”书137种，遂“会通诸家而折衷于天方之学”。“所至难言者……而却能钩深索隐，以穷其精奥，直使莫载莫破之理，尽昭著于不睹不闻之中;无声无臭之妙，俱显现于鱼跃鸢飞之际”。
    马注是赛典赤·赡思丁的后裔，也是一位通晓儒、释、道诸说的学者。所著《清真指南》内容极丰富，“上穷造化，中尽修身，未言后世”，凡“天地之秘，鬼神之奥，性命之理，死生之说，罔不巨细毕备”。
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