日本的闭关锁国时期始自1639年第五道锁国令的颁行，直至1854年被迫开国为止，时间长达215年。日本在锁国期间，德川幕府严禁日本人出国，在国外的日本人也不准回国；除中国人及不在日本传教的荷兰人外，其他外国人不准来日本；中国商人和荷兰商人来日时，限制住地，不准与日本百姓接触，中国商人只能住在长崎的唐人屋敷（唐馆），荷兰商人只能住在长崎港外的一个人造小岛--出岛上。
    日本锁国，其表面原因是基督教在日的迅速传播使德川幕府感受到了自身统治受到威胁，日本的锁国也的确是在禁教过程中完成的。而深层原因是初掌政权不久的德川幕府随着对全国武力征服的接近完成、中央政权的初步确立，试图从思想上加强对意识形态领域的控制、加强自身的经济实力、从耶稣会和葡萄牙商人手中收回贸易主动权、从地方大名手中夺取对外贸易权，再通过垄断对外贸易权、削弱地方大名势力以巩固和加强中央权威，是试图集权于中央的重要一环。
    “长期以来，耶稣会在日本布教与贸易互为表里，贸易支持布教，布教掩护贸易。传教士们在中国的生丝和日本的白银之间，一直发挥着类似中间商的作用，他们将日本的买主即白银的支付者同贩来中国生丝的贸易船连结起来。出产生丝的中国和愿意支付白银的日本，其贸易上的主动权和合法权益已经完全被他们的代理人--‘甲比丹’商队和耶稣会传教士所攫取。”[1]这种中介性的然而又是垄断的贸易联结取得丰厚的利润，但却使日本和中国都受到很大的损失。德川幕府建立之后，随着统一国家的形成，从耶稣会和葡萄牙商人手中收回贸易主动权就成为必然。与此同时，收夺大名手中的对外贸易权、削弱其经济实力也提上了日程。当时，日本的政权结构是幕藩体制。德川幕府建立以后，作为与消耗地方大名经济实力的参觐交替制度相配套的措施之一，就是剥夺其对外贸易权，切断其外部经济来源，消除大名利用对外贸易扩大割据势力的危险，从而加强幕府的中央政权权威。日本学者大石慎三郎说得好：“锁国就是幕府垄断地掌握了物质流通与信息流通的体制。”[2](P362-363)
    正因为锁国的主要目的之一是争夺对外贸易权而不是断绝对外经济交往，所以在闭关锁国时期日本禁止葡萄牙来日，却对中国商人网开一面，允许中国商人来日进行贸易。当然，日本鼓励中国商人来日的另一重要原因是基于日本国内对中国诸多物品如生丝、绸绢、丝织品及福建生产的砂糖、冰糖等的强烈依赖。为了满足国内需求、增加财政收入，德川幕府积极鼓励中国商人前往日本贸易，并给予保护，还主动向他们订购所需物品，导致贸易规模“在锁国后反而扩大了”[2](P362-363)。如1611年到1646年约有1100艘“唐船”赴日，1662年到1699年有2819艘，其中从中国本土赴日的为1972艘。
    但这种状况并没有维持多久，德川幕府的鼓励政策逐渐演变为限制政策了。如果说，以往的指定贸易地--集中于长崎一地和指定居住地--只能住在长崎的唐人屋敷（唐馆）是为了杜绝港外的走私贸易、便于监管的话，那么17世纪80年代以后就已转变为限制政策，而且措施越来越严密，直至最终制度化。
    第一步，1685年开始对清商限制贸易总额。
    1685年以前，日本对清商船的贸易额和进港船数并无任何限制，导致驶来长崎的清朝船数逐年增加。仅1685年驶往日本的清商船就达73艘之多，当时荷兰船驶来日本的每年也有近10艘，致使日本金、银、铜大量外流。据统计，1648-1708年60年间日本外流黄金约达2397600余两，白银达374229余贯，1663-1707年44年间，外流铜1114498700余斤[3]。其中，绝大部分流入中国。鉴此，1685年德川幕府限定了贸易总额，其中限定清商贸易银额为6000贯，超过限额的货物一律勒令运回。
    第二步，1688年8月，在限制贸易额的基础上，对贸易船数进行限制，并对清商船开来的时期和出发地点作出限定。
    限制贸易额并没有达到预期效果，反倒因对日贸易获利丰厚致使清商船数有增无减。1686年进港船增加到102艘，1687年猛增到137艘。故1688年8月，日本对清商贸易船数开始加以限制，规定每年开来的清商船中只准70艘进行贸易，并对开来的清商船限定春季船20艘（其中，南京5艘、宁波7艘、普陀山2艘、福州6艘），夏季船30艘（南京3艘、泉州4艘、宁波4艘、漳州3艘、咬留吧2艘、柬埔寨1艘、厦门5艘、普陀山 1艘、太泥1艘、福州4艘、广东2艘），秋季船20艘（南京2艘、交趾3艘、暹罗2艘、高州2艘、福州3艘、宁波1艘、广东4艘、东京1艘、潮州2艘）[4](P649-650)。
    第三步，1695年实行“代物替”制度，开始用铜等代替物进行实物交换。
    由于日本最初在对外贸易中“以大量金、银偿付”，“其数额高达幕府初期以来日本拥有黄金的1/4和白银的3/4”。德川幕府为了尽量减少金、银外流，杜绝日益猖獗的非法走私，同时出于增加幕府财政收入的目的，1695年始，日本幕府实施所谓“代物替”制度，即在贸易额及船数仍有限定的前提下，对超出贸易限额的货物以铜为“代替物”按价易货。当然，代替物除铜外还有硫璜、刀剑、干鲍鱼、鱼翅、扇子和漆器等，进口生丝、纱、绢绸、棉布、苏木、药材、香料、蔗糖、兽皮、兽角等。1695年限额银一千贯（其中三分之二对清商船，三分之一对荷兰船）；次年限额增至银五千贯；1697年限额增至七千贯，并增加贸易船数为80艘。此举既有效地遏制了幕府的金银外流，又达到了财政增收的目的，如1697年长崎经办“代物替”后，每年上缴幕府的“运上金”为银三万六千两[4](P651-652、671-672)。