上述世宗皇帝理政方式的转变，都只是传统理政方式的转变，事实上，世宗在这两种传统理政方式之外，还特别重视密疏政治，因而，世宗皇帝理政方式还包括由重视批答章奏向更加重视密疏的转变。这是世宗皇帝理政方式的第三个转变。从时间上来说，世宗前两种理政方式的转变是以嘉靖二十一年的宫婢之乱为界线的，而世宗更加重视密疏政治，则是自始至终的。这主要是由于密疏政治的独特功用决定的。
    就其本质来说，密疏也是一种章奏，只不过它与一般的章奏相比，有着上呈渠道特殊、保密性强、处理程式简便快捷、无需内阁票拟、不用六科发抄等特点，可以完整体现皇权在决策时的独断性、独立性和绝对性，因而它是一种特殊的下情上达的秘密章奏。而自明初以来，诸帝尤其是那些被后人视为怠政的君主，无一不对朝臣使用密疏表现出强烈的依赖。这主要是因为，诸帝由于自己的疏于理政而造成了君臣否隔、言路不畅，而密疏政治却可以在很大程度上弥补因疏于理政而引起的皇权对朝政可能的失控。
    世宗重视密疏，并将其作为重要的理政方式是与嘉靖朝的政治密切相关的。世宗以藩王身份入主大宝，起初与武宗朝旧臣在大礼议问题产生极大的分歧，所以很难与他们形成亲密的君臣关系，张璁、桂萼等议礼大臣受到世宗重用后，很快就形成了亲同鱼水的关系，这是密疏政治得以实施的重要基础，也是世宗理政方式转变为重视密疏的前提条件。
    世宗重视密疏政治，主要体现在三个方面。其一，是世宗通过给亲信大臣赐银印特允他们密疏言事。明代皇帝给大臣赐印许密疏言事始于仁宗皇帝，此后遂成为定制，日后的明代诸帝多按传统实行。世宗一朝给大臣甚至包括宦官等赐银印许密疏言事者总共有16人，如杨一清、张璁、桂萼、李时、费宏、夏言、顾鼎臣、翟銮、方献夫、严嵩、郭勋、仇鸾、邵元节、陶仲文和宦官张佐、麦福等，所赐大臣之多，为历代罕见，但这种特别准允并不是对其他没有被赐印的大臣进密疏的限制，除了体现世宗皇帝对这些被赐印者的特别荣宠外，其本身的含义主要是鼓励臣僚们积极上密疏。同时也表明密疏在世宗皇帝的决策中已经发挥着特殊的作用。其二，朝臣们多积极地给世宗皇帝上密疏，使得密疏成为正常题奏本之外的朝臣们与皇帝议政的更重要途径。在嘉靖朝，无论是被赐印者，还是一般的臣僚，都十分积极地给世宗皇帝上密疏，甚至有被赐印的在上密疏时态度马虎，还遭到世宗皇帝的严厉斥责，如夏言。某些大臣甚至将密疏作为与世宗皇帝论政的最常用方式，如嘉靖初年的杨一清和后期的徐阶。此二人的代表意义较为突出。杨一清是被赐印者，他和世宗皇帝通过密疏和密谕的往来进行论政、论学、议礼，成为世宗决策的重要依据。徐阶没有被赐印，却是可以入值西苑的少数大臣之一，自嘉靖二十九年八月始，直到嘉靖朝终了，徐阶和世宗间的密疏与密谕往来，可以说是无日不有。此二人，一在嘉靖初年，一在末年，一个是被赐印的，一个不是，在他们的日常政治活动中，密疏成为他们与世宗皇帝议政言事的最主要方式。而在世宗长期留居西苑的日子里，其他不可以入值的朝臣，也只有用密疏向世宗奏报政务，才能引起世宗的特别关注。其三，世宗对密疏的批答更加重视。嘉靖一朝，无论是议政、论学，还是议礼、赞玄，世宗都经常地通过密谕和大臣们商议，而大臣们为了保密和效忠，也用密疏向世宗积极表达自己的态度。因而，密疏与密谕是大臣与世宗讨论国事的最主要方式，这在明代的其他时期是不多见的。世宗对密疏的批答也特别及时，有当日批出者，多为第二日批出，很少有第三天或更长时日才批复的，即便在世宗晚年身体多病的情况下亦如此。相比正常的题奏本，迁转时日多，程序繁琐，且皇帝多假内阁和司礼监之手而不是亲批，密疏在皇帝日常处理政务中的突出作用是不言而喻的。
    在时间上，世宗重视密疏的理政方式与他前两个理政方式的转变，并不是相接的。也就是说，在嘉靖初年，世宗勤于上朝时，就很重视密疏政治的独特作用，嘉靖二十一年宫婢之变后，他虽疏于上朝，但却通过勤于批答朝臣章奏的方式牢牢地掌控着朝政，与此同时，他更加重视密疏，使之成为了解下情和避免被几个可以入值西苑的大臣所蒙蔽而独掌乾坤的有效渠道。因此，嘉靖一朝，世宗皇帝的理政方式与明中叶诸帝是迥然有别的，它经历了三个变化，即由勤于早朝到临御日浅，由上朝理政向重视章奏批答的转变，以及自始至终一直重视密疏的转变。
    那么，何以后世史家多认为世宗和其他明代中叶的诸帝一样，也是怠政君主的典型呢？这主要是因为世宗理政方式的转变长期被忽视的缘故。即，世宗皇帝理政方式的转变，在形式和表面上，是一个比一个隐蔽，一个比一个看起来好像是疏于理政，事实上，恰恰相反，世宗就是在越来越“怠政”的表象下，通过密疏政治越来越严密地实现了对朝政的控制。在嘉靖朝前期，世宗就是通过勤于上朝和重视密疏相结合的方式，和朝臣们一起完成了嘉靖革新，而在后期，他则是通过勤于批答朝臣的章奏，特别是密疏的方式，达到了“虽深居渊穆而威柄不移”。