关于日军侵华暴行和遗留问题的研究，是近10年抗日战争史研究进展最大的一个方面，现将其中的主要成果综述如下。
    一、综合性的论著
    关于侵华日军暴行的综合性著作，在1995年以前就出版了一些，例如中国史学会、中国社会科学院近代史研究所编的《血证：侵华日军暴行纪实日志》①，李秉新等主编的《侵华日军暴行总录》②等。近10年来，又出版了不少这方面的著作，例如《近代史资料》编辑部、中国人民抗日战争纪念馆编的《日军侵华暴行实录》4册③，步平、辛培林主编的《日本侵华新罪证系列丛书》④，丁春生的《鬼子兵的兽行》⑤，辽宁省档案馆编的《日本侵华罪行档案新辑》(影印本)15辑⑥，哀秋白、杨瑰珍的《罪恶的“自供状”：新中国对日本战犯的历史审判》⑦，李荣惠主编的《罪证：日军镜头里的侵华纪录》⑧，毕英杰等编的《铁证--日本随军记者镜头下的侵华战争》⑨，军事科学院外国军事研究部编著的《日本侵略军在中国的暴行》⑩等。中华书局也在2005年，约集研究日军侵华暴行的专家，推出了《日本侵华暴行实录丛书》，包括何天义等人的《强制劳动》、李秉刚的《万人坑》、布平的《毒气战》等。全国政协文史和学习委员会也推出了一套日本暴行丛书：《劳工血泪》、《铁蹄人生》、《亲历惨案》、《血腥纪事》、《罪恶极限》、《魔窟梦魇》6卷8册(11)，与前者不同的是，这一套书由汇编亲历者的回忆录和口述史料而成。在以上著作中，资料最详尽的是《近代史资料》编辑部、中国人民抗日战争纪念馆编的《日军侵华暴行实录》4册等。
    这个时期，各地还出版了很多揭露日军在中国各地暴行的著作，例如山西省史志研究院编的《日本帝国主义侵晋罪行录》(12)，彭明生的《罪证：日军在承德街屠杀罪行录》(13)，中共丰台区委党史资料征集办公室编的《日寇罪行在丰台》(14)，上海市档案馆编的《日本帝国主义侵略上海罪行史料汇编》2册(15)，中共天津市委党史研究室、天津市档案馆编的《日本帝国主义在天津的殖民统治》(16)，刘长江等人的《日军侵占华北罪行集》(17)，顾维安主编的《泣血吴淞口：侵华日军在上海宝山地区暴行》2册(18)，张铨等人的《日军在上海的罪行与统治》，廖大伟、陈金龙主编的《侵华日军的自白：来自一二八、八一三淞沪战争》(19)，沙必璐的《血肉丰碑--侵华日军滇西暴行与滇西抗日战争纪实》(20)，陈先初的《人道的颠覆：日军侵湘暴行研究》(21)，苏智良等人的《日本对海南的侵略及其暴行》(22)，谢忠厚主编的《日本侵略华北罪行档案》、《日本侵略华北罪行史稿》(23)，史丁的《日本关东军侵华罪恶史》(24)，陈小冲的《日本殖民统治台湾五十年史》(25)等。这些著作，提供了很多宝贵材料，例如谢忠厚主编的《日本侵略华北罪行档案》(26)，共有“损失调查”、“战犯供述”、“大屠杀”、“无人区”、“细菌战”、“毒气战”、“集中营”、“奴役劳工”、“性暴力”、“文化侵略”10种，档案资料非常丰富，从10个方面揭露了日军在华北的暴行。
    近10年出版的有关这方面的译著有：[日]野田正章的《战争罪责--一个日本学者关于侵华士兵的调查》(27)，[英]田伯烈的《1937：一名英国记者实录的日军暴行》(28)等。
    近10年发表的揭露日军暴行的文章也很多。有的概述了日军的暴行，如张承钧的《侵华日军暴行概说》(29)；有的探讨了日军暴行的文化和心理原因，例如章伯锋的《日本为什么不反省战争罪责--从两部日本学者的专著谈起》，分析了战时日军官兵的普遍心理，认为军队中法西斯式的训练和教育、在近代日本民族心理军国主义化法西斯化的过程中，蔑视中国和中国人的观念，是构成这一心理的重要组成部分(30)。郑忠、高萍萍的《抗战时期日军暴行的文化分析》指出，日军之所以如此残暴，究其原因，有日本文化背景的沉淀，国民性、宗教信仰的基因，有战争心理的作用，还有历史演进的成分(31)。彭玉龙的《谢罪与翻案：德国与日本对第二次世界大战侵略罪行反省的差异及其根源》(32)一书，则通过对德国和日本的比较，揭露了其不承认侵略罪行的根源。林晓光的《日本右翼思潮与右翼团体史考》(33)，比较系统地考察了近代以来日本右翼思潮与右翼团体产生与发展的历史状况，分析了战后日本右翼得以生存活动以及70年代后出现的“新右翼”与“传统右翼”的异同，提出右翼的共同特征是：鼓吹皇国史观、强调皇权至上、宣扬种族优秀论、反对共产党的社会主义运动等等。张进山的《日本右翼势力及其对日本内外政策的影响》(34)，具体分析了日本右翼、右翼势力及其影响，指出日本的右翼一般是指具有右翼思想观念、在政府有关部门正式登记造册、行为怪诞而热衷于街头喧嚣或暴利行为的团体、组织及团伙。而“右翼势力”所指的范围更加广泛，它既涵盖一般意义上的右翼，更包括虽有右翼的政治思想理念却尚未明确加入其组织的其他“西装右翼分子”群体。这些群体中的个体分布于政界、财界、文化界等日本社会各个领域和阶层，对社会政治的影响更为深刻、广泛。如果说在政府正式注册的右翼是“行动右翼”、“显性右翼”的话，“西装右翼分子”就是“思想右翼”、“隐性右翼”。从历史的角度看，日本右翼大体经历了“战前右翼”、“战后右翼”、“现代右翼”三个发展阶段。战前右翼标榜“大亚细亚主义”，为日本军国主义的形成、发展煽风助燃；鼓吹“国家改造论”，为日本建立法西斯军事独裁体制推波助澜；宣扬“肢解中国论”，为日本帝国主义发动全面侵华战争充当打手。现代右翼对日本的内外政策也发挥了越来越大的影响。
    二、关于南京大屠杀
    在1995年以前，中国就出版了不少关于南京大屠杀的著作和资料，例如徐志耕主编的《血祭：侵华日军南京大屠杀实录》(35)，中央档案馆等编的《南京大屠杀》、《南京大屠杀图证》(36)等。1995年以后关于南京大屠杀的研究，主要针对日本一些人极力否认南京大屠杀的言论，为了维护历史的尊严，论证南京大屠杀的真实性。10年来，各地出版了大量关于南京大屠杀的著作，例如，《侵华日军南京大屠杀史料》编委会、南京图书馆编的《侵华日军南京大屠杀史料》(37)，中国第二历史档案馆、南京市档案馆编的《侵华日军南京大屠杀图集》(38)，孙宅巍主编的《南京大屠杀》(39)，孙宅巍、吴天威的《南京大屠杀：事实及纪录》(40)，姚辉云的《金陵血泪：南京大屠杀全貌大写真》(41)，徐志耕的《屠城：侵华日军南京大屠杀》(42)，刘惠恕的《南京大屠杀新考：兼驳田中正明的“南京大屠杀之虚构”》(43)，陈安吉主编的《侵华日军南京大屠杀史国际学术研讨会论文集》、《侵华日军南京大屠杀最新研究成果交流会论文集》(44)，曹必宏的《南京大屠杀》(45)，史、尹集钧的《南京大屠杀》(46)，朱成山的《为300000冤魂呐喊：朱成山研究南京大屠杀史文集》，以及其主编的《侵华日军南京大屠杀--江东门“万人坑”遗址的发掘与考证》、《侵华日军南京大屠杀暴行日志》、《侵华日军南京大屠杀幸存者证言》(47)，程兆奇的《南京大屠杀研究--日本虚构派批判》(48)，林长生的《南京大屠杀之铁证--向全世界人民鸣冤的诉讼状》(49)，徐志耕的《南京大屠杀》(50)，吴广义的《侵华日军南京大屠杀日志》(51)，经盛宏的《南京沦陷八年史》(上下册)(52)等。在这些著作中，孙宅巍的《南京大屠杀》一书叙史详细准确，详述了屠杀的背景、范畴、过程和影响，而且针对日本右翼势力的种种论调，进行了反驳。朱成山主编的《侵华日军南京大屠杀暴行日志》，是侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆耗时4年，将20年来收集的众多南京大屠杀资料进行梳理研究，逐日将散集在各种资料中的历史事实串联在一起，而且选用资料较典型，很有说服力。中国第二历史档案馆、南京市档案馆编的《侵华日军南京大屠杀图集》，收入有关南京屠杀的图片近800余幅，其中有四分之一以上属未公布或鲜见者，全面而系统地展示了日军南京屠杀暴行的过程。经盛鸿的《南京沦陷八年史》，不仅详细叙述了日军的南京大屠杀，而且详细叙述了日伪推行的各种殖民政策给南京人民造成的深重苦难。程兆奇的《南京大屠杀研究--日本虚构派批判》，则有力地驳斥了日本虚构派否认南京大屠杀的无理论调。
    值得注意的是，这个期间还出版了一些关于南京大屠杀的丛书，例如朱成山主编、2003年出版的《“南京大屠杀史”系列丛书》，南京师大南京大屠杀研究中心主编、2004年出版的《日本侵华与南京大屠杀研究丛书》，张宪文主编、2005年出版的《南京大屠杀史料集》等。其中张宪文主编的大型史料丛书《南京大屠杀史料集》共8卷，分别是《战前的南京与日机的空袭》、《南京保卫战》、《幸存者的日记与回忆》、《美国传教士的日记与书信》、《遇难者的尸体掩埋》、《外国媒体报道与德国使馆报告》、《东京审判》、《日本官兵日记》(53)。该套史料集包括日军南京大屠杀遇难者尸体掩埋情况的大批资料，大量侵华日军官兵的日记、书信、回忆和证言，一批西方人士见证南京大屠杀的史料，南京大屠杀幸存者的证言，远东军事法庭和中国国防部审判战犯的史料和战后国民政府所做的有关南京大屠杀的大量调查统计材料，是迄今最为全面和翔实的关于南京大屠杀的资料。
    另外，这个时期还翻译出版了很多关于南京大屠杀的著作和资料，例如朱成山主编的《侵华日军南京大屠杀外籍人士证言集》(54)、《拉贝日记》(55)、《东史郎日记》(56)，章开沅编译的《天理难容：美国传教士眼中的南京大屠杀(1937-1938)》和《从耶鲁到东京》(57)，陆束屏汇辑编译的《南京大屠杀》和《南京大屠杀：英美人士的目击报道》(58)，[日]本多胜一的《南京大屠杀始末采访录》(59)，[日]东中野修道的《南京大屠杀的彻底检证》(60)，[美]《魏特琳日记》(61)，[日]松村俊夫的《南京屠杀疑问》(62)，[美]张纯如的《南京大屠杀》(63)，[日]津田道夫的《南京大屠杀和日本人的精神构造》(64)，以及相关的著作等。
    可喜的是，这个时期还成立了一些专门的研究团体，出版了一些电子文献，创办了一些专门的网站。例如继南京于1995年成立“侵华日军南京大屠杀史研究会”之后，南京师范大学于1998年成立了“南京大屠杀研究中心”；江苏省出版总社电子音像出版部制作的电子资源《南京大屠杀》(65)；侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆和新浪网、龙虎网联合制作了“永不忘却--南京大屠杀史实”网站(http：//neverforget.sina.com.cn)，南京师范大学南京大屠杀研究中心创办了“中日网”(http：//www.sjhistory.net/site/newxh/)，这对于推进南京大屠杀的研究都很有帮助。“中日网”不仅有大量的关于南京大屠杀的资料和文章，还有关于日军进行细菌战，掠夺慰安妇和劳工等方面的大量资料。
    关于这方面的论文，近10年发表的很多。经过研究和考证，进一步弄清了日军在南京大屠杀中屠杀的人数。有的著作指出，在南京大屠杀中，慈善机构共收埋尸体18.5万余具，市民私人自动组织掩埋同胞尸体3.6万余具，伪政权出面雇工收尸7400余具，日军动用部队掩埋和处理尸体15万具。将上述数字相加，再扣除收埋统计中可能交叉的数字，以及约1万名在战场阵亡的军人数，认定有30万人以上遇难应当是没有疑问的(66)。另外，日军还在南京周边各县残杀了无辜居民4.08万余人。在扩大占领南京周边地区过程中，又残杀无辜1.6万余人(67)。
    有学者针对日本一些人否认当时南京城内有30万人的说法，指出1937年6月，南京市的常住人口为101.545万人，日本驻沪领事冈本在1937年10月27日给广田外相的密函中也曾说：“南京市内公务员和军人眷属均已避难，人口剧减。据警察厅调查，现有人口53万余”。加上守城的军人及难民，总数远超30万(68)。
    有学者分析了日军南京大屠杀的原因及其暴行心理，以及日本皇族和南京大屠杀之间的直接关系，指出南京大屠杀是为保证进入南京的皇族的安全而进行的，而皇族问题使日军其他长官不敢采取任何措施制止这场屠杀(69)。有的学者还指出，南京大屠杀的直接凶手虽然是施暴日军，主犯是松井石根，但罪魁是日皇裕仁(70)。
    还有学者分析了南京大屠杀幸存者的生存状况，包括物质生活的贫乏和沉重的精神创伤，认为应该从人性关怀的视角来解决如何医治战争创伤的问题(71)，这是过去很少注意的。
    三、关于细菌战
    关于这个方面日军的罪行，在1995年以前也出版了一些著作，例如中央档案馆等编的《细菌战与毒气战》(72)等。1995年以后出版的这方面的著作，有中国人民抗日战争纪念馆、北京市社会科学界联合会编的《侵华日军细菌战纪实》(73)，郭成周、廖应昌的《侵华日军细菌战纪实：历史上被隐瞒的篇章》(74)，佟振宇的《日本侵华与细菌战罪行录》(75)，郭成周的《历史上被隐瞒的一章：侵华日军细菌战》(76)，黑龙江省档案馆等编的《七三一部队罪行铁证：关东宪兵队“特殊输送”档案》(77)，杨玉林、辛培林等主编的《细菌战》、《日本关东宪兵队“特殊输送”追踪--日军细菌战人体实验罪证调查》(78)，刘雅玲、龚积刚的《细菌战受害大诉讼》(79)，李晓方的《泣血控诉--侵华日军细菌战炭疽、鼻疽受害幸存者实录》(80)等。
    有的学者还对日军在某些地区实施细菌战的罪行进行了研究，如邱明轩的《罪证：侵华日军衢州细菌战史实》(81)，张世欣的《浙江省崇山村侵华日军细菌战罪行史实--受害索赔，崇山人的正当权利》(82)，吴永明的《太阳旗下的罪恶--侵华日军上饶细菌战揭密》(83)，刘启安的《叫魂：侵华日军常德细菌战首次独家揭秘》(84)等。
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