三有关明史疑案遵从王世贞之论定
    明史疑案甚多，如何处理这些疑案，成为官修《明史》的一大难题，有些案件之处理着实令明史馆诸臣颇费心机。即以建文逊国与否为例，从《明史》开馆，到张廷玉《明史》颁行，其间的纷争自非一两言所能说清，而最终的结论还是维持在王世贞所论定的范围。王世贞在《弇山堂别集》中特考建文逊国之说不可信，尤其驳斥了正统五年（1440年）有僧侣年九十自言为建文而入京之事。王世贞论道：
    建文以洪武十年生，距正统六年当六十四耳，不应九十余也。是时英宗少，三杨皆其故臣，岂皆不能识，而仅一吴诚识之？识之又何忍下之狱，而死戍其同谋十二人也？且事发于正统五年，非十一年也。思恩故府，未闻某年升州为府也。
    最后，他论道：“大抵建文出亡与否不可知，僧腊既已深，当灭迹以终，……亦必不肯出而就危地。”（注：《弇山堂别集》卷21，页389，北京，中华书局1985年12月，魏连科点校本。 ）最终论定“大抵建文出亡与否不可知”。
    清修明史为此事竟又颇费周折。最初余嘉炎撰《建文本纪》力主逊国说，依存逊国诸书之记载。但朱彝尊分撰《成祖本纪》，他极力反对逊国说，以为逊国纪事者虽不下百家，但大抵齐东野语，不足为信。万斯同亦以为逊国说不足信，因“紫禁城无水关，鬼门亦无其地。”是故王鸿绪的《明史稿》云“帝崩于火，”，沿用自焚说。（注：关于此问题，李晋华在《明史纂修考》中有详细论述，可参阅。）张廷玉《明史》为了兼顾逊国说，遂改为“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸於火中，越八日壬申葬之。”然后再将逊国说带出，“或云帝由地道出亡。正统五年，有僧自云南至广西，诡称建文皇帝。思恩知府岑瑛闻於朝。按问乃钧州人杨行祥，年已九十余，下狱，阅四月死。同谋僧十二人，皆戍辽东。自后滇、黔、巴、蜀间相传有帝为僧时往来迹。”（注：《明史》卷4《恭愍帝纪》，页66。 ）最终《明史》是维持在王世贞存疑说的结论上，王世贞以为“大抵建文出亡与否不可知”。由兹也体现了王世贞的结论最具客观性，最经得起后人的推验。
    再如有关明开国功臣结局也依从王世贞的判断，试论几例。
    其一，廖永忠之死。《太祖实录》及《功臣录》、《吾学篇》皆载廖永忠病死。王世贞从刘辰《国初事迹》中记载廖永忠被处死，与诸书不合，从而引起怀疑。接着说：“初但疑洪武三年以前功甚大当封公爵，以所善儒生窥意而止，三年以后下西川之绩见于御制塘志，所谓‘与傅成又’，而迨其没也，乃不获一爵一谥，同于吴良、顾时辈，何也？”既然洪武三年（1370）以前就功大当封公爵而未得，三年以后西川之功朱元璋又赞他可以同傅友德相比，但竟不得爵封，死后亦无谥号。这样对待大臣颇不合情理。后发现洪武十年（1378）朱元璋赦免江夏侯周德兴罪，戒谕大臣曰：“廖永忠数犯罪，屡宵不悛，失人臣礼甚矣。”而永乐十五年（1417）都察院劾奏锦衣卫指挥纪纲狱辞云：“德庆侯廖永忠为开国功臣，以僭分犯法被诛。”因推知他被诛的原因乃“僭分”。而王世贞分析《太祖实录》处理廖永忠结局（言其病死）的原因：“盖高帝一时之急，不暇宽处。既刑而后悔之，且念其功，故加赙葬，且使其子袭封，修史者缘而为之掩讳耳。”（注：《弇山堂别集》卷20，页373。）
    《明史》比较诸说后，如斯论道：
    初，韩林儿在滁州，太祖遣永忠迎归应天，至瓜步覆其舟死，帝以咎永忠。及大封功臣。谕诸将曰：“永忠战鄱阳时，忘躯拒敌，可谓奇男子。然使所善儒生窥朕意，徼封爵，故止封侯而不公。”及杨宪为相，永忠与相比。宪诛，永忠以功大得免。八年三月坐僭用龙凤诸不法事，赐死，年五十三。（注：《明史》卷129《廖永忠传》，页3806。 ）
    由兹可见，最终依从了王世贞之论断。
    其二，朱亮祖之死。《太祖实录》以朱亮祖镇广东所为多不法，番禺知县道同上疏弹劾数十事皆实，太祖以亮祖功臣，不下狱，但罢职，令居江宁县之安陆乡，未几，以病卒。其子暹亦称智勇，数从征战，累功为府军卫指挥使，先卒。《功臣录》、《吾学篇》皆从其说。但王世贞发现朱元璋所撰的朱亮祖圹志有言：“胡惟庸不法，使镇岭南，作为擅专；贪取尤重，归责不服，已非一时，朕怒而鞭之，不期父子俱亡，就葬已责之地。”（注：《弇山堂别集》卷20，页371。 ）这是出自太祖的亲笔，当是最具说服力的，遂判定朱亮祖乃被鞭而死。《明史》遂因其说，言朱亮祖“鞭死”。
    其他如李文忠之死、胡惟庸案、周德兴之死等莫不参考或依从了王世贞之说。