第二时期：1924年1月至1926年12月。这一时期是邓、蒋关系最密切的时期，也是本文重点论述的部分。
    1924年1月国民党“一大”召开，标志着孙中山与苏联、中共合作的正式开始。在此前后，国民党已开始筹组黄埔军校。24日，孙中山正式任命蒋介石为军校筹委会委员长，随后任命王柏龄、李济深、沈应时、林振雄、俞飞鹏、宋荣昌、张家瑞为筹备委员。（注：《黄埔军校史料（1924-1927）》，广东人民出版社1982年版，第26页。）按《蒋年谱》第156页载，筹备委员无李济深而有邓演达。但根据军校初创时五个部的临时主任均为筹备委员这一情况分析，担任教练部主任的李济深应为筹备委员。因李济深时任第一师师长兼西江督办，率军坐镇西江，不克分身前来军校工作，故由教练部副主任邓演达代理他的一切工作，包括筹备会开会事宜。
    筹备军校是邓、蒋合作的开始。起初，邓还兼任第一师第三团团长、第一师创办的西江讲武堂教官。2月中旬，邓曾陪同蒋介石参观石井兵工厂和西江讲武堂，并请蒋对讲武堂学员演讲，表现出对革命先进、军校领导的尊敬。但军校筹备从一开始就遇到许多困难，滇、桂军这时把持广东税收、财政，抗拒孙中山命令，在军校经费拨款上进行刁难，蒋介石遂以环境艰难为由，提出辞呈，并不待孙中山表态，即径自于2月21日离粤返浙。孙中山随即派邓演达于25日乘船赴奉化劝蒋回粤。3月初，邓到奉化，蒋向邓诉说了苦衷，但坚决不肯返粤。邓演达于5月致电廖仲恺、汪精卫报告：“赴甬促介（石）返。介谓彼去，实因保持与先生（按指孙中山）之感情，现非有改革决心，国党皆陷绝望。若能公开整理财政，革除市侩垄断财权，并促展、汝回（按：展，指胡汉民，字展堂；汝，指许崇智，字汝为，时二人均负气在沪），则彼可回。其意坚决，盼陈先生，且警哲生（按指孙科，字哲生）醒悟，确定办法”。（注：《蒋介石年谱初稿》，第158页。原文句读有误，引文已订正。）从此电可以看出邓对蒋的理解和同情。邓返回广州后，又面陈孙中山，并致电蒋，报告“达养抵粤垣，即谒先生，已允解散财团，刷新党政，此后共图大业，诸同志应各负责”。（注：《蒋介石年谱初稿》，档案出版社1995年版，第175页。）
    在孙中山、廖仲恺、胡汉民等人函电交催下，蒋介石于4月21日返回广州。邓演达的奉化之行可以说打下了蒋对之信任的基础。5月3日，蒋被正式任命为军校校长；10日，由蒋呈请任命各部主任：政治部戴季陶、教授部王柏龄、总教官何应钦等，均为蒋的结拜弟兄、亲信；教练部主任李济深未到职，即长期由邓演达代理（9月3日正式委派邓代理教练部主任）。邓同时兼任学生队总队长，平日戎装马靴，注重军容风纪，严于律己，以身作则，对学生严而不苛，威而不猛，态度诚挚，深得学生信任。这一切自然也给蒋留下良好印象。
    10月间，邓因军校内矛盾丛集，一些人“垂涎做官”，而自己不愿充当别人争权夺利的对手，决定“拔脚去矣”，（注：邓演达：《致张难先信》（1924年12月24日），《邓演达历史资料》，华中理工大学出版社1988年版，第5页。）得以公派赴德国留学。邓演达1924年底去国，1925年底归国。其间，孙中山去世，西山会议派出现，杨、刘叛乱，廖仲恺被刺，胡汉民、许崇智涉嫌离开广州，国民党经历了巨大的震荡。蒋介石因兼职太多，军校无可以信赖的合适人选负实际责任，故而写信要邓演达尽快回国。（注：《邓演达被捕后》，《申报》1931年8月20日。）邓归国不久，即由蒋于1926年1月8日呈请军委会，任命为军校教育长。（注：《蒋介石年谱初稿》，档案出版社1995年版，第511页。）在1月间召开的国民党“二大”上，蒋被选举为中央执行委员，邓当选候补委员。
    蒋介石是被当作国民党中派、军事领袖而被选入中央执行委员会的。这时他与当时左派领袖国民政府主席汪精卫之间的矛盾已经很深。邓演达则是作为左派当选的。以政治思想分野，邓与汪精卫同属左派，而从工作关系而言，邓又属蒋的部下。从史料看，除了在国民党“二大”上，汪精卫邀请邓演达向大会报告世界和欧洲形势，有特地向代表们举荐之意外，二人并无太多的接触；邓也没有介入蒋汪矛盾。但有资料显示，邓在黄埔军校内外孙文主义学会与青年军人联合会的斗争中，倒是同情和支持共产党人的。（注：李奇中《回忆黄埔军校时的邓演达先生》，《邓演达》文史版。）1926年春，孙文主义学会分子在广州散布汪精卫与苏联顾问准备倒蒋的谣言，企图煽动蒋介石带头反共。蒋当时怀疑邓也参与了这一“倒蒋阴谋”。直到3月7日，邓向蒋报告说，广州有人散发油印品，作反蒋宣传时，蒋对邓才“心转释然”。（注：《蒋介石年谱初稿》，档案出版社1995年版，第542页。）
    邓的左派立场更遭到孙文主义学会分子的忌恨。在中山舰事件中，从一开始，他们就有意把邓演达牵扯进去。3月18日，欧阳钟致函李之龙即谓“奉黄埔邓教育长电话，转奉蒋校长面谕”，而要求调派军舰的。（注：《李之龙关于中山舰案报告书二则》，《黄埔军校史料》，第356页。）当中山舰到达黄埔后，邓表示不知此事，并曾打电话请示蒋是否要用军舰。因此，蒋介石在其假定的中山舰“阴谋”中，邓被看作是“合谋不轨”。在20日的军事戒严中，蒋甚至派兵到军校去逮捕邓演达。而邓却是襟怀坦白，当20日上午得知蒋下令戒严后，立即亲自前往广州，面见蒋介石，劝他先了解实情，查明真相，首先要停止军事行动，甚至表示自己可以做人质，留在蒋处。蒋见状，才知道自己的判断是错误的。
    4月2日，邓演达和张治中去见蒋介石，邓直言“三月二十日镇压中山舰及缴俄顾问卫队械事，疑近于反革命行动”，蒋狡辩说：“革命党应事事以革命行动出之”，“如他人为之，则为反革命，而以……余为之，则无论何人，应认为革命应取之态度”。（注：《蒋介石年谱初稿》，档案出版社1995年版，第553页。）蒋并对邓、张二人表示，“事情已经解决了……一切都过去了……大家好好地做吧！”（注：《张治中回忆录》（上），文史资料出版社，1986年版，第76页。）邓的指责是否表明他已在心中确认蒋是反革命呢？答案是否定的。邓的指责，显然是指事件本身，而不可能看透蒋个人的本质。这从日后邓对蒋的态度可看出。
    蒋在此后对邓又是如何呢？在邓指责蒋之后不久，4月11日蒋调邓任中央军政学校潮州分校教育长，时人都认为这是“蒋介石明升暗降的一种手段”。但这种手段的要害在于，蒋对不够顺从、有异议的部属，一定要打一打；待适当时机，再拉一拉，以使其感恩戴德，死心塌地效忠自己。因此，邓演达在潮州仅工作了两个月，即被调回广州，出任国民革命军总司令部下属的总政治部主任。