钱氏对三国两晋南北朝地理沿革也有精深之研究，他纠正了《晋书·地理志》记载的错误，得出“晋侨置州郡无‘南’字”的重要结论。东晋南渡之后设置许多县，以安置北方流民，这些州郡都以流民的原居地命名。南朝刘宋为了将这些州郡与北方同名者区别开来，在地名前加上“南”字，如南青州、南兖州。但唐初修《晋书》却以为侨置州郡在东晋一开始就有“南”字，造成沿袭千年的错误。钱氏为研究地理沿革专家洪亮吉所著《东晋疆域志》作序，特别就此问题批评《晋书·地理志》的纰漏：“侨置州郡，本无‘南’字，义熙收复旧土，因立北徐、北青。永初受禅，始诏去‘北’加‘南’，而《志》已先有南兖、南琅邪、南东平等县，岂非误仞《宋志》追称以为本号乎！”（注：《潜研堂文集》卷二四《东晋疆域志序》。）钱氏本人对此项纠正长期相沿成习的错误十分重视，在《廿二史考异》卷十九、《十驾斋养新录》卷六、《潜研堂文集》卷三五《与徐仲圃书》等处都一再讲到这个问题，今天的历史地理研究者同样认为此项是钱氏运用精良考证方法所得到的重要成果。
    第二，广参互证，追根求源。
    善于广搜各种证据，作纪、志、表、传互证，或诸史互证，或引正史之外笔记、小说等史料互证，追根穷源，务使史实真相，昭然若揭，这是钱大昕考史极受本世纪学者所称道的又一特点。梁启超在《清代学术概论》中论述清代朴学家优良的方法所言：“孤证不为定说。其无反证者姑存之，得有续证则渐信之，遇有力之反证则弃之。”“盖无论何人之言，决不肯漫然置信，必求其所以然之故；常从众人所不注意处觅得间隙，既得间，则层层逼拶，直到尽头处；苟无足以起其信者，虽圣哲父师之言不信也。此种研究精神，实近世科学所赖以成立。”（注：《清代学术概论》，《饮冰室合集》专集之三十四。）梁启超的概括和评价，正符合钱大昕广参互证、追根穷源的考证特点。兹略举数例：
    《后汉书·光武帝纪》载：建武十三年，“省并两京十三国：广平属钜鹿，真定属常山，河间属信都，城阳属琅邪，泗水属广陵，淄川属高密，胶东属北海，六安属庐江，广阳属上谷。”此即为东汉初根据西汉末年“郡大国小”的情况，而对封域甚小的王国进行“省并”即撤销，将其属县归入邻近的郡国。但这段记载所列举的只有九国，与“十三”之数不符。李贤注《后汉纪》，于此即注云：“据此惟有九国，云‘十三’，误也。”至于错在哪里，李贤指不出来。千年之后，至钱大昕才考辨出致错的原因，他指出应改成：“省并西京十（三）国：广平属钜鹿，真定属常山，河间属信都，城阳属琅邪，泗水属广陵，淄川（属）、高密、胶东属北海，六安属庐江，广阳属上谷。”去掉“三”、“属”，即豁然贯通。钱氏以本纪与《续汉书·郡国志》互证，据《郡国志》，北海国下云，建武十三年省淄川、高密、胶东三国，以其县属。（注：按，其时以高密四县封邓禹，胶东六县封贾复，故不立王国而并属之北海。）据此证明高密与淄川同在省并之内，非以淄川属高密也。《郡国志》另一处又称，世祖省并郡国十。现将高密计入省并之列，正合十国之数。可知是在唐初之前传抄过程中，将十国误衍“三”字，“淄川”下又误衍“属”字。（注：《廿二史考异》卷十《后汉书一》。）钱氏成功地运用他广参互证、缜密分析、追根求源的考证方法，勘破千年之误，使问题真相大白。
    钱大昕又擅长于广泛搜集杂史、笔记、小说之外的材料与正史互证。汉初大封诸侯王，但是诸侯王国之国都在《汉书·地理志》中仅记载了寥寥几处，馀者阙如，读史者也感到茫然。钱氏则据《史记》有关的纪、志、表、传各篇，以及《水经注》、《元和郡县志》、《太平寰宇记》等相互参证，考得自楚王韩信都下邳，梁王彭越都定陶，济南王都东平陵，济川王都济阳等三十四个诸侯王国都所在地。（注：《潜研堂文集》卷十二“答问九”。）又如，《三国志·诸葛亮传》载“亮与徐庶并从”。裴松之对此注云：“《魏略》曰，庶先名福，本单家子。”有的人将“单家”错误地理解为姓单（音善），而全不明白这是反映当时门阀观念已经形成的史料。钱氏连举了裴《注》其他四处称“单家”，及《后汉书·赵壹传》所称“单门”，证明“凡云单家者，犹言寒门，非郡之著姓耳。……流俗读单为善，疑其本姓单，后改为徐，妄之甚矣。”（注：《诸史拾遗》卷一。）
    《辽史·道宗纪》有“寿隆”年号，钱氏据洪遵《泉志》所引《东北诸蕃枢要》、《北辽通书》，又本人家藏碑刻多通，以及《东都事略》、《文献通考》等书，证明年号应为“寿昌”。最后又用反证法：若道宗用“寿隆”年号，则违反圣宗名讳（耶律隆绪）。辽人谨于避讳，据此也可断为绝对没有的事。又如，钱氏据《金史·郭蝦蟆传》来考证《元史》中记载的错误。《元史·汪世显传》所载称，金之绥德州帅汪世显在蒙古军队进攻之下，不顾邻近郡县望风款附，独自坚守城池，最后才勉强投降，并自诩“臣不敢背主失节”。钱氏据《金史·郭蝦蟆传》与之对照，实际情况却与此大相迳庭。汪世显身为金朝将领，早已决计向元朝迎降，他遣使约郭蝦蟆，欲并力攻破金城巩昌。此一背金降元计划被郭暇蟆所拒，“世显即攻巩昌，劫取完展（按，驻守巩昌之金将粘割完展），送款于大元。复遣使者二十馀谕蝦蟆以祸福，不从。”以两史互勘，显然《金史·郭蝦蟆传》所载为实。钱氏通过考证明确下了结论：“是世显以偏战戕主帅，背主嗜利，乃小人之尤者。且久通款于蒙古，何待阔端兵至始率众降乎！”又进一步指出《元史》所载的错误，是因为所据家传文饰事实美化传主，“苏天爵《名臣事略》误信其家传书之，明初史臣又承天爵之误，不加订正。”（注：《诸史拾遗》卷五“元史”。）由此而得出对于家传碑志谀美失实，需慎重采择这一具有普遍性意义的结论。
    第三，义例法--逻辑方法的熟练运用。
    推求义例以决疑难，是乾嘉考证学成熟的标志之一。乾嘉卓越学者重义例是共同的，戴震区分《水经注》经与注混淆问题，即是著名例子。钱氏有“读书当求义例所在”的名言（注：《十驾斋养新录》卷四“《说文》连上篆字为句”条。）。他考史自觉地运用义例法，即通过大量个别事例之分析、归纳，得出研究对象之规则；然后以掌握之义例，推而求之，解释史实，考订错误。换言之，义例法即是钱氏对于分析、归纳之逻辑方法的自觉运用，这也表明钱氏考史方法与近代科学方法相符合，故为近代学者所继承和发展。