钱大昕习蒙古语，他运用蒙古语的知识以解释史籍上诸多歧疑。《元史·太祖纪》：九年春，“猎于揭揭察哈之泽”。夏四月，“筑埽邻城，作迦坚茶寒殿”。钱氏考证云：“揭揭察哈即迦坚茶寒也。译音无定字，史家不能考正，后世遂以为两地矣。”（注：《诸史拾遗》卷五“元史”。）他在《十驾斋养新录》卷九中，特别撰有“蒙古语”条目，考释元人以本国语命名的意义，或取颜色，或取数目，或取珍宝，或取吉祥，或取部族。如察汗，白也；孛罗，青也；伯颜，富也，等等。
    钱氏谙熟版本之学，极重视经史考证当以善本为依据。《十驾斋养新录》卷三有“经史当得善本”条，云：“经史当得善本。今通行古北监及汲古阁本，《仪礼》正文多脱简，《谷梁》经传文亦有溷错，……《宋史·孝宗纪》阙一页，《金史》、《礼志》、《太宗诸子传》，各阙一页。皆有宋元椠本，可以校补。若日读误书，妄生驳难，其不见笑于大方者鲜矣。”（注：《十驾斋养新录》卷三。）他读《汉书》北宋景祐本，恰恰获得了证据，以证实自己撰《汉书考异》所考订的十几处错误。如《哀帝纪》“元寿二年春正月”，元寿二字为衍文，《景武昭宣元成功臣表》孝成五人，成乡当作成都等，都从景祐本证实他所考正确。（注：见《廿二史考异》卷六“汉书一”，《十驾斋养新录》卷六“汉书景祐本”条。）钱氏又以嘉靖闽本《后汉书》证实他所考订的刊误。通行本《后汉书·陈王羡传》：“遗诏徙封为陈王，食淮南郡”。钱氏考证淮南当为淮阳之误。他先以纪、传参证：“《和帝纪》改淮阳为陈国，遗诏徙西平王羡为陈王，是其证也。淮阳王昞以章和元年死，未为立嗣，故以其地改封羡。参考纪传，左验明白。”但这是逻辑推理而得，尚未获得刊本的确实证据。故有人提出可能应作“汝南”。后获善本嘉靖闽本，果然作“淮阳”，得到了确证，“私喜予言之不妄。”（注：《廿二史考异卷》十一。）
    钱大昕又十分重视地理沿革学知识对于研究历史的重要作用，曾形象地作比喻：“读史而不谙舆地，譬犹瞽之无相也。”（注：《潜研堂文集》卷二四，《东晋南北朝舆地表序》。历史是一幕活剧，而地理是演出的大舞台，这处大舞台的各处位置和名称不断演变，故若不懂地理沿革，则有如盲人出门不辨位置、东西，研史将无可适从。在乾隆时期，钱氏之精于地理沿革为学者所共同推崇，故有不少研治舆地之学的学者，如洪亮吉、徐仲圃等人，都经常向他请教、切磋，撰成著作请他写序。钱氏以其精湛的学识和严密的考证往往能辨析疑难，辟千年之谬。钱氏在此方面考证精彩之处不胜枚举，前文已涉及到一些，现再举一成功的例证。《续汉志·郡国志四》载：“乐安国，高帝西平昌置，为千乘。”这段文字与该志前后所载“平原郡，高帝置”、“北海国，景帝置”等体例显然不相符合。惟前人对此未予论及。钱氏丰富的地理沿革知识和敏锐目光，对此作了详审的考证：“案，文当云高帝罢，不应有西平昌三字，其为衍字无疑。后读《宦者传》，彭恺为西平昌侯，注云，西平昌属平原郡。乃悟此三字当属上文平原郡，而平原郡九城当为十城。因此三字错入乐安注中，校书者遂改十为九，以合见存之数。”钱氏以志、传互证，考辨一个地名而改正两处错误，故被校勘学专家张森楷称为“精确”。
    三、运用新史料和开拓新领域的直接先导
    钱大昕考史不限于文献范围，而是注重发掘新的史料，引用大量金石文字与史籍相印证，扩大了史料范围，使他考史的视野更开阔，成果超过前人，而且因此开创了近代王国维“二重证据法”之先河。钱氏生平又对《元史》领域下功夫最大，成就卓著，成为晚清和二十世纪蔚成大国的元史、蒙古史研究风气之直接先导。这两项合起来，构成钱大昕对本世纪新考证学产生深远影响的又一重要方面。
    著名学者王鸣盛十分赞许钱大昕在金石文字上搜求既博且精，运用在考史上成就特出。王氏认为，中古时代学者已开始注重考释金石。“专著为一书者，自欧阳修始，此后著录甚多。论其完备者凡六家。自欧阳外，则赵氏明诚，都氏穆、赵氏崡，顾氏炎武，王氏澍，斯为具体而以跋入文集者。……朱彝尊始足并列为七焉。最后余妹婿钱少詹竹汀《潜研堂金石文跋尾》乃尽掩七家，出其上，遂为古今金石学之冠。”又称钱氏最出色者，“以治金石，而考史之精博，遂能超轶前贤。”（注：王鸣盛：《潜研堂金石文跋尾序》，《潜研堂全集》第三十册。）王氏的看法很有见地，钱大昕给别人的最大启发，是运用金石文字证史。从学术发展看，王国维把碑刻文字扩大到甲骨文、金文，以之与历史文献互证，便成为在本世纪享有盛誉的“二重证据法。”
    譬如，钱氏以碑刻文字考证年代和历史上的称谓。《元史·太祖纪》载乙亥（1275）张致叛于锦州。而钱氏据《史进道神道碑》考证，应为丙子（1276）。《元史·史枢传》、《何实王珣传》所载也为此提供了旁证。再如，钱氏以碑刻考证监本《北史·齐宗室诸王传》改“史君”为“使君”之误。他认为六朝人多称“刺史”为“史君”，举出家藏东魏兴和二年《敬显碑》为证：“额题敬史君，字画分明。高浟为沧、定二州刺史，并在东魏时，《传》称史君，与石刻正合。监本改‘史’为‘使’，所谓少所见多所怪也。”（注：《廿二史考异》卷四十《齐宗室诸王传》。）钱氏还从肯定碑刻文字价值的角度纠正顾炎武的一则证据不足的记载。《新唐书·突厥传》有云：“可汗者，犹古之单于，其子弟谓之特勒。”顾炎武《金石文字记》中引此条及史传中其他称“特勒”者多处，据以证明《凉国公契苾明碑》及柳公权《神策军碑》名称“特勤”，断定“斯皆书者之误。”钱大昕则认为，碑刻文字对此项的记载实具更高的史料价值，应据以订正史书的误载，“予谓外国语言，华人鲜通其义，史文转写，或失其真。惟石刻出于当时真迹，况《契苾碑》宰相娄师德所撰，公权亦奉敕书，断无讹舛。当据碑订史之误，未可轻訾议也。”（注：《十驾斋养新录》卷六“特勤当从石刻”条。）
    正因为钱大昕善于以碑刻文字与史籍相参证，故能发掘出很有价值的史料，订补了史书的缺漏。他发现东汉永和年间《敦煌太守裴岑纪功碑》记载敦煌太守裴岑率郡兵打败北匈奴呼衍王，使边境得保安宁的史实，碑文云：“惟汉永和二年八月，敦煌太守云中裴岑将郡兵三千人，诛呼衍王等，斩馘部众，克敌全师，除西域之灾，蠲四郡之害，边境艾安，振威到北，立德祠以表万世。”钱大昕加了跋语：“按，汉自安帝以后，北匈奴呼衍王常展转蒲类海间，专制西域，共为寇钞。及班勇为长史，破平东师，西域稍通。顺帝阳嘉四年春，呼衍王侵车师后部，敦煌太守率兵掩击于勒山，汉军不利。其秋，呼衍王复将二千人攻后部，破之。时呼衍之势日张，而岑能以郡兵诛之，克敌全师，纪功勒石，可谓不世之奇绩矣！而汉史不著其事，盖其时朝政多秕，妨功害能者众，而边郡之文簿壅于上闻故也。”钱氏深深地感慨，千载之后，此碑却能历经风霜冰雪、烟尘沙砾，经久不坏，“功虽抑于一时，而名乃彰于后代！”（注：《潜研堂金石文跋尾》卷一，《敦煌太守裴岑纪功碑》。）指出裴岑为保卫西部边境立了大功，而由于当时朝政多弊，有功者受掩抑，史册上得不到记载，正有赖此碑文，才使这一重要史实得以彰明。再如，南宋末年，原宋将赵祥以邓州叛，乃导致赵范失襄阳。但《宋史》对此讳而不书。《元史·太宗纪》云：“八年，命应州郭胜、均州孛求鲁九经、邓州赵祥，从曲出充先锋伐宋。”对赵祥叛宋始末亦不详载。钱氏在《诸史拾遗》中，乃引姚燧所撰《邓州长官赵公神道碑》的详细材料，予以补述。末云：“所述背宋归元事极分明。汉上五州迁徙事（按，指邓、均、唐、襄、樊五州曾因避兵迁往洛阳及豫西，以后又徙回之事），又可补《地理志》之缺漏。”（注：《诸史拾遗》卷五“元史”。）钱氏极为重视姚燧所撰此碑之史料价值，在《廿二史考异》卷八六“太祖纪”条，以及《十驾斋养新录》卷九“邓州移复”条也一再引用。