乾嘉当时，像江藩、方东树这样分别说汉、宋学门户立场出发评价记叙乾嘉学派的人，还大有人在，兹不一一列举。他们对乾嘉学派的评论，不管是肯定与否定，不论是出于何等动机与目的，都有一定的合理因素，特别是他们作为乾嘉学派的同时代人，甚至本身就是学派中的当事者，都或多或少地掌握了解当时的学术史资料。因而在他们的著述中保存了一些有价值的第一手资料，都可作为后人研究乾嘉学派时参考、借鉴的资料，绝不可简单摈弃。但是，必须看到，由于他们大都有党同伐异，固步自封的门户之见，他们的记述与评论难免有很大的主观性、片面性，对乾嘉学派的评价不可能是科学的、客观的。对此，乾嘉当时有些学者已经察觉。如焦循就曾指出："循尝怪为学之士，自立一考据名目，以时代言，则唐必胜宋，汉必胜唐，以先儒言则贾孔必胜程朱，许郑必胜贾孔。凡郑许一言一字皆奉为圭壁，而不敢少加疑辞。窃谓此风日炽，非失之愚即失之伪，……循每欲芟此考据之名以绝门户声气之习！"⑦对此，王引之也深有同感。他在给焦循的复信中说："惠定宇（惠栋）先生考古虽勤，而识不高、心不细，见异于今者则从之，大都不论是非。……来书言之，足使株守汉学而求是者，爽然自失"。⑧一般说乾嘉学派中的皖派学者，已不像吴派学者那样深抱门户之见，嘉道而后，汉学和宋学则日趋合流。不过，值得注意的是，江藩与方东树等人的著作，对乾嘉学派的评述，在当时都带有总结性质，在此后的长期流传中，都曾发生很大的作用和影响，甚至在当代某些学术界思想史研究的论者中也还有受其影响的反映。因此，要科学地评价乾嘉学派，理应消除历史上汉、宋学派之争的门户成见，遗留给乾嘉学派研究中的影响。
    二、满、汉民族矛盾斗争中遗留的民族偏见。这是评价乾嘉学派时应注意消除的又一历史成见。与汉、唐、宋、明等封建王朝相比较，清代封建统治的一个很大特点是满族上层居统治地位。在中国封建社会中本来就存在着严"华夷之辨"的华夏正统观念。加之，满族贵族势力在夺取全国政权过程中，曾推行了野蛮的民族高压政策，激起了广大汉族民众与封建士大夫的强烈反抗。后来，清朝统治者虽然调整了政策，民族矛盾有所缓和，但满、汉民族之间的矛盾和斗争，从清初一直贯穿到清末。辛亥革命时期为推翻清朝封建专制统治，还以"驱除鞑虏，恢复中华"相号召。考察汉族知识分子与清朝统治政权之间的关系。大致上呈现由对立反抗逐渐转向承认合作的趋势。一般说明末清初的学者、思想家，如朱之瑜、陈确、傅山、方以智、黄宗羲、顾炎武、王夫之，吕留良等，大都具有强烈的民族意识，甚至直接与间接地投入抗清斗争，誓死不与清朝合作。但随着时间的推移，到康熙中叶以后，抗清斗争已经平息，清王朝的统治政权日趋稳定，社会经济得以恢复和发展，战乱时期的民族高压政策也有所改变与调整，满汉之间的民族矛盾逐渐趋缓和。在这种新的政治经济形势下，社会思潮与学风，也相应的发生了变化。此时，大多数文人学者在政治立场上开始向清朝统治者靠拢，承认了清朝统治的合法性，并采取了与之合作的态度，如闫若璩、胡渭、顾祖禹、黄仪、徐学乾等。至于康乾以后的文人学者，与清朝政府的关系变化就更大了，基本上已经融为一体，当然还有各种矛盾，但多属于一般封建专制政权与知识分子之间的矛盾，而不是满、汉民族之间矛盾的体现。
    从统一的多民族国家着眼，清朝取代明朝与中国历史上其它时期的改朝换代。同属封建王朝兴替，并无本质区别，所不同的只是清朝是以少数民族入主中原，由满族贵族居统治地位。我们绝不能站在封建的汉族正统立场，视清代满族贵族统治为"僭伪"和"夷狄"，也不能把后来对清朝政府采取臣服合作态度的闫若璩等斥之为"晚节不佳"、"丧失了民族立场"。如以正确的观点评论清代各历史阶段知识分子与清朝政府之间的关系，则应依据历史条件的变化进行具体分析。明末清初的顾炎武、黄宗羲、王夫之等，在清王朝推行野蛮的民族屠戳政策下，身遭"国破家亡"之痛，坚持抗清，坚守民族气节，固应肯定。而闫若璩等在清朝统治稳固确立之后，采取了与之合作的态度，也无可非议。至于康熙、乾隆时期，大批文人学者参与编修《明史》及《四库全书》的编纂，与历朝历代文人学士参与王朝文治并无二致。但是不少论者，却总是以明末清初的王、黄、顾等人的民族气节，来衡量要求包括乾嘉汉学家在内的思想家和学者，认为他们参与清朝兴办的文化事业，是在清廷威迫利诱下，"没有民族思想"，"没有政治是非的人"。辛亥革命直至五四运动时期，一些资产阶级革命家、思想家，从推翻封建帝制，从批判封建专制主义出发，以清朝的封建专制统治为矢的，进行激烈的揭露批判，是革命斗争的需要，在实际生活中也起了积极作用。但在一些宣传文字中确也夹杂有民族偏见。甚至章太炎和鲁迅先生的某些论述也再所未免。譬如鲁迅先生写有《算账》这篇杂文，文中讲到："说起清代的学术来，有几位学者总是眉飞色舞，说那发达是为前代所未有的。证据也真够十足：解经的大作，层出不穷，小学也非常的进步；史论家虽然绝迹了，考史家却不少；尤其是考据之学，给我们明白了宋明人决没有看懂的古书……但说起来可又有些踌躇，……我每遇到学者谈起清代的学术时，总不免同时想：'扬州十日'，'嘉定三屠'"这些小事情，不提也好罢，但失去全国的土地，大家十足做了二百五十年奴隶，却换得这几页光荣的学术史，这买卖，究竟是赚了利，还是折了本呢？"⑨鲁迅先生竟然把"满族"完全看作是中华民族之外的外来民族，因而把满族贵族的统治看作是"失去全国的土地"，大家都"做了二百五十年的奴隶"。这显然是受了封建社会长期流传的严"华夷之辨"的封建正统观影响。以这种理论和逻辑，当然要否定清朝统治下所取得的包括乾嘉学派在内的任何成就。但是，鲁迅先生的论述，对研治清代学术文化史有重大影响，是无可否认的。