真正对新疆历史叙事产生深远影响的是来自俄罗斯帝国以及继承者苏联境内的民族主义思潮。1857年，俄罗斯帝国中非俄罗斯人的数量（55％）就已经超过俄罗斯人，随着俄罗斯的现代化的发展，为民族运动的高涨提供了潜在的条件。1905年，俄国已经产生了民族政党。1917年10月，俄罗斯共有206个民族党。（19）19世纪80年代，俄罗斯鞑靼人加斯普林斯基发起了一场“扎吉德”运动，从语音方法、课程内容和设置、教材选取和编写等方面对伊斯兰教育进行大刀阔斧的改革，该运动很快就传入新疆的突厥语穆斯林中当中，民族主义的知识开始进入新疆。1921年，在苏联塔什干的会议上确定了维吾尔的名称。（20）1934年，盛世才督新时期效仿苏联民族识别政策，将新疆境内的民众划分为汉、维吾尔、塔兰奇、哈萨克、蒙古、回、锡伯、归化等十四个民族。当时甚至还出现了要按照“突厥民族”进行民族自决，建立“东突厥斯坦”的舆论，顾颉刚立即予以回应。（21）他以柏林民族博物院在新疆出土考古文献中整理出二十四种文字、十七种语言为例，证明新疆诸民族的形成都是在交流和融合中形成的，都不能称为新疆的“土著”，真正意义的土著只有塔吉克人，特别是他指出以语言定族群的错误：“夫新疆之地本无突厥遗黎，惟维吾尔、哈萨克、塔塔尔诸族操突厥语耳，犹操英语者不必为英国人也。……‘斯坦’一词本波斯语，随人步趋而忘其国族传统。”（22）
    到1949年，新中国将草原、农业区还有绿洲成功整合为一个“亚洲的中国”，经历了约百年动荡，中国地缘格局重新稳固下来，正如拉铁摩尔所言，新疆的地缘重要性再次得到确认。与晚清民国时期不同的是，新疆以“民族区域自治”代替了此前的行省一级的政区制度，民族史、政区史成为新疆历史的标准书写范式。对此。汪晖已有反思：“以民族为单位书写历史，意味着将区域的扩展置于纵向的差异性时间的轴线上，而以行政区域为单位书写历史，则通过空间的规划将纵向的差异性时间置于统一的时间框架之下。前者以民族认同切割区域内部的混杂性，通过对抗统整性的叙述，重构另一层次的统整性逻辑；而后者将区域关系整合到全局关系之中，虽然不否认区域的内部差异性，但力图按照行政区划将这些关系的有机性置入一种自上而下的权力结构之中。”（23）民族史和政区史很大程度上掩蔽了新疆历史的多样性、丰富性、流动性和独特性。
    20世纪80年代以后，随着苏秉琦关于中国文明的区域体系、张光直关于中国文明的起源新说、李济关于中国民族的形成等知识引起了学术界的重视，中国历史发展的独特性已经得到公认。1989年，费孝通发表的《中华民族多元一体的格局》是对中国民族特色发展道路的一种反思。实际上，丝绸之路的历史考古发现和人类学的田野考察提供了对新疆各民族的历史起源与发展、对新疆与中原、草原的关系的新证据。20世纪初，日本探险家橘瑞超考察新疆北部边疆城市伊宁的商业状况时，看到汉、满、回、维、锡伯、索伦、额鲁特、蒙古、哈萨克、俄国喀山州的伊斯兰教徒、柯尔克孜、安集延、塔什干、浩罕、犹太、俄罗斯人等各民族在聚集交易买卖的场景时，发出“实乃天下一大奇观”的感叹。（24）而他在考察南疆喀什回城时，他不仅看到回城的商业繁荣，为全省第一，更注意到“俄属突厥人、阿富汗、克什米尔人等，身着各种服装，在市场上往来奔走，那情形宛如参观东西人种博览会”。（25）1968年，美国著名的中亚史学者弗莱彻就明确指出：“那种认为喀什噶尔人和维吾尔斯坦的居民同属一个民族的观点--更不用说他们都是维吾尔人的看法了--主要出自20世纪民族主义的需要而创造出来的。”（26）在中国，18世纪后半期至19世纪末，清朝的知识界就发展出一套“西北史地学”，虽然还是遵循“王朝史观”，但是注重西域地方化、本土化的知识取向已经非常明显，如徐松的《西域水道记》，对于西域各地的风土人情、山川河流等记载颇为详尽。不过这一传统在20世纪初民族主义的冲击下被中断了，而被“边政学”取代。
    近年来，随着张广达关于西域是一个文明的“陆上地中海”观点被广泛认可，区域研究的视角再次受到重视。通过区域研究有助于揭示新疆历史的多样性，帮助重新认识新疆历史与中原历史、草原历史的相关性以及新疆的本土化特点。围绕着“陆上地中海”这一区域研究的走向，天山必然重回到新疆历史叙述的中心：“无论是当今还是历史时期政治区、经济区、文化区等人文地理现象的区域分异，无不与自然地理环境的区域差异有着某种或强或弱的因果关系。”（27）
    新疆的沙漠、绿洲、戈壁、河流、高山、草原、湖泊、冰川等形成了多样化的空间，形成巨大的地理落差。天山山脉就如一道巨大的索带将这些地理空间联系起来，天山作为新疆的地理重心，就是这幅历史画轴的“轴心”，松田寿男形象地把天山山脉比喻为“半岛”，“长长地浮现在沙海上的所谓‘天山半岛’，在其南北两岸把很多的绿洲像珠子或肉串似地串连起来。这些绿洲实在可以看作是设在‘天山半岛’岸边的停泊场，看一看历史，可以说确实如此”。（28）绿洲是“停泊场”和“港口”，绿洲之间的道路是“航路”，驼队是“沙漠之舟”，天山是“半岛”，一幅“陆上地中海”的商业交通景象已经被勾勒出来。清代天山沿线的城镇，常被称为“旱码头”，骆驼被称为“旱龙”。不过，“陆上地中海”的繁荣主要是来自蒙古草地上归化到天山腹地的古城商路的开辟。“燕晋商人多联结驼队，从归化城沿蒙古草地以趋古城”。（29）从归化城通往新疆的商路也有三条：北路经乌里雅苏台、科布多至古城；中路由武川、百灵庙西行，经阿拉善、额济纳草原至古城，再西行至乌鲁木齐；南路经包头、宁夏、兰州、凉州等地达古城。
    18世纪至20世纪中叶，新疆区域中心市场是距离迪化以北约500里地的古城，而不是首府迪化。“（古城）地方极大，极热闹，北路通蒙古台站，由张家口出京者，从此直北去、蒙古食路全仗此间。口内人、商贾聚集，与蒙古人交易，利极厚。口外茶商自归化城出来到此销售，即将米面各物贩回北路。以济乌里雅苏台等处，关系最重。茶叶又运至南路回疆八城，获利尤重。”（30）当时民谚云：“想挣白银子，走趟古城子。”古城商业繁荣程度超过行政中心城市惠远与迪化，“古城商务于新疆为中枢，南北商货悉自此转输，廛市之盛，为边塞第一”。（31）行政中心与商业中心出现了分离的趋势。新疆形成了一个古城为中心的全区商业网络，自古城分道，循天山而北，取道绥来以达伊犁、塔城；循天山而南，取道吐鲁番以达疏勒、和阗。（32）市场上流通的物资有粮食、茶叶、毛畜产品以及各种手工业品等。绥来县（玛纳斯）因紧靠奇台，商业繁荣，有“金奇台，银绥来”之称。