卢文弨在校勘上属于博涉一派，然而他的博涉却是以专精为基础的。
    文弨校勘的卓著成绩，得力于他在多年实践中摸索出的一套方法。粗浅分析起来可得以下数端：
    1.广罗异本，以对校为基础
    具备众本是校勘的第一前提，因为书籍在传刻中出现的谬误，只有未误之本才是最可靠的回改依据。如果罗致的版本不全，就会直接影响校书的质量，如果遗漏了重要版本（尤其是祖本），那么所校就大成问题。清代一些校勘家往往恃其博学，重理校而轻对校，他们所校之精固然令人叹服，然而也常因此出现不应有的失误。王念孙之校勘成就甚高，他的《读淮南子杂志》尤被视为校勘的代表作。然而因为他根据的只是道藏本，没有看到宋本，顾广圻根据宋本重校，便发现并纠正了他的大量错误。可见做好版本对校工作，不但可免臆改之半功倍之效，看似浅陋，实为得法。
    卢文弨是深得此中三味的，他每校一书，必广求众本，经详细比勘，方下雌黄。校《韩非子》，他先选定通行本中最好的赵用贤本作为工作底本。又用凌瀛初本，黄策大字本和冯己苍以宋本、道藏本所校的张鼎文本再四校阅。才将校勘记刊入《群书拾补》。他校贾谊的《新书》用了宋建本、潭本，毛扆和吴元恭分别校过的两种沈颉本，李空同本，程良弼本，程荣本，何允中本等。正因为所据版本众多，才使他能更好地比较异同而还古书以原貌，或更接近原貌。
    文弨的对校并不是不加择别，简单罗列各本文字异同，他是在对勘的基础上作出选择，判定是非。从这一点出发，他非常重视对版本的考察。校书时，他总是先查清本书版本源流，弄清各本之间的关系，经过详细比较，选定善本作为校勘底本，再以他本参校。校《元微之文集》是这方面的典型例子。在《群书拾补·元微之文集小序》中他说：“世所通行乃神明庙马元调所刻，名《元氏长庆集》。其前有嘉靖壬子东吴董氏本，系依乾道四年洪景伯本重雕者。但董、马二本虽皆由宋本出，然宋本脱烂处辄以意妄为补缀，有极不通可笑者。董本每卷前皆有目如《文选》之式，马本删去之。明末有人于燕都得宋残本，其所阙乃完然无恙。近鲍君以文复见宋刻全本，以相参校，真元氏元本也。……今以宋刻校马氏本…”这种先选定底本，再以它本参校的作法，直到今天仍是基本校勘方法。
    在这方面，卢文弨还有一个非常可取的作法。他所校定刊刻之书，在书首都胪列了所据的各种版本和校本，并简单介绍各本特点及传刻源流，不但证明其所改定皆有依据，且为后人进一步研究查考提供了方便。
    2.重视他校，广征博引
    在校勘实践中，文弨认识到“不通众经则不能治一经”这只有具有渊博的学识，善于广征博引，扩大参校范围，才能保证校书的质量①。本着无征不信的原则，他校书总是多方征引，广蓄博收，在参考材料齐备的情况下，加以精到的推理，判断，方下结论。在征引考察中，他既利用类书、古注、他书引文、本书例证，又参以上下文义、辞气、古代习俗及用语习惯。其方法包括了陈垣先生归纳的本校、他校，而又统之以理校。
    校《新序》时，除了搜罗各种版本外，他还引用了《荀子》、《韩诗外传》、《大戴礼记》、《吕氏春秋》、《史记》、《太平御览》、《北堂书钞》等书籍三十余种，《文选李善注》、《后汉书章怀注》、《荀子杨倞注》等古注七八种，据以校出了大量讹脱衍倒之处。这样的繁征博引，无疑为其校勘的准确奠定了良好的基础。
    文弨所著《钟山札记》卷二有“炮格”一条。尽管《史记·殷本纪》作“有炮烙之法”②，炮烙之说又为人们普遍接受，他却断定“烙”为“格”字之讹。他先举出江邻几杂志引陈和叔所云：“《汉书》作炮格”，为格字张本。又根据《史记索隐》引邹诞生所云：“烙，一音阁，又云为铜格……”，和《荀子》杨倞注所音古类反，推断邹、杨所音之字为格，而烙为讹字。接着又引《周礼》郑玄注“互，若今屠家悬肉格”和高注《吕氏春秋》“格，以铜为之，布火其下，以人置上，人烂堕火而死”，及《列女传》的相同说法，从文义上证明此处当为“格”字无疑，而后来诸书作“烙”者，皆为讹传或妄改。唯其征引有据，推导合理，其结论才令人信服。
    为使所校忠实于原著，文弨还注意站在著者的立场上，设身处地地去发现和解决问题。首先他注意考察文义的是否畅达、合理。《晋书、礼志》有“礼，春分祀朝日于东；秋分祀夕月于西”，文义冗沓。文弨认为：“朝、夕”既是礼，何必更赘“祀”字，因而判定二“祀”字皆为衍文。去掉重复，顿使该句文从字顺③。《续汉书·礼仪志》注曰：“《周礼》展牲，干宝曰：‘若今夕牲’”。文弨从“今”字上发现了问题，因为干宝是晋人而夕牲不始于晋。干宝怎能说“若今夕牲”呢，通过进一步查考，发现此言乃郑玄所云，这就证实了自己的判断，而订正了原书援引之失。④