东洋学馆得不到日本政府支持，学校因经济危机难以为继，（注：东亚同文会编，胡锡年译：《对华回顾录》，商务印书馆，1959年，第482页。）到1885年9月3日，存在了一年有余的东洋学馆正式解散。
    虽然学馆存在的时间短，招收的学生只有十几名。但作为近代日本对华活动的先行者被《对支回顾录》和《东亚先觉志士纪传》所推崇的达8人之多，这些人在中法战争及以后日本对中活动中均发挥了很大的作用，日后不仅成为东亚同文会的骨干，而且在汉口乐善堂、日清贸易研究所、东亚同文书院等在中国的文化教育活动中均成为中心人物（注：汪辉：《上海--日本的教育事业的开始》，广岛大学教育学部教育第一部（教育学）第48号，1999年。）。可以说学馆开启了日本长达数十年的对中国进行文化侵略的序幕。
     2、日清贸易研究所。日清贸易研究所是荒尾精继汉口乐善堂之后，又在上海创办的学校。荒尾通过在汉口办学，对中国有了新的认识，同参谋本部和外务省的看法有所不同，因此，回国后的荒尾基于三年间在中国的体验，将调查、收集来的情报整理成“复命书”，提交给参谋本部。“复命书”除介绍当时中国的现状外，也提出新的对清政策，强调贸易立国，认为掌握了商权就确立了对清的优势地位和亚洲的主导权，其理由是“贸易是国家经济之本，民生富饶的枢纽，何况优胜劣汰、竞争激烈、弱肉强食逐鹿中原的今天。”主张设立“日清贸易商会”（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第24页。）。在日清贸易商会下附设日清贸易研究所。荒尾的设想得到了日本政府的支持，之后，荒尾退出军界，开始着手日清贸易研究所的设立和招生工作。
    1890年9月，通过荒尾的多方奔走，经过参谋次长川上操六斡旋，当时担任内阁总理大臣的山县有朋和大藏相松方正义从内阁机密费里拨付四万元资助荒尾办学，（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第24页。）日清贸易研究所在位于上海英租界大马路泥城桥畔开办。开学时，该所有学生150人。在赴上海之前，荒尾对学生的训话中讲到：“研究所不是单纯教授学问，打算做学问的应该去大学。有志于中国，打算一个人闯天下的去上海”（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第90页。）。表明了学校的教育宗旨不是培养学者，而是培养全面了解中国的“支那通”。
    日清贸易研究所的荒尾精是所长；根津一为代所长（1890年11月荒尾回国，所长一直由根津一代理）。
    研究所的学科由商业教育、语言教育、一般教养及兵式体操四部分构成。修业年限为四年，其中一年为实地调查。从课程的设置来看，学生除了钻研语文及若干中国问题的课程外，作为训练经济人才的专门课程几乎是空白的。
    1893年6月，随着89名学生毕业，苦苦支撑了三年的日清贸易研究所由于财政困难无法解决，只培养了一届毕业生就关闭了。毕业之后的学生全部分派到日清商品陈列所实习。
    研究所的成果有如下几点：一是甲午战争发生后，日清贸易研究所的毕业生几乎都志愿从事翻译工作及军事侦探等特殊任务，其中汉口乐善堂人士及研究所毕业有9人为清军所捕斩首。（注：黄福庆：《甲午战前日本在华谍报机构--汉口乐善堂与上海日清贸易研究所》，（台）中央研究院近代史所集刊第13号，1984年，第326页。）二是1900年创办的东亚同文书院，其中时代风尚，虽与往昔多少有些不同，但在它的精神方面，可说是研究所的后身（注：东亚同文会编，胡锡年译：《对华回顾录》，商务印书馆，1959年，第482页。）。三是编辑出版了《清国通商综览》一书。这是汉口乐善堂人士在中国的调查活动留给后人最大的成果，该书是根津一于1892年根据调查报告编辑而成的。共两编3册2300多页。当这部有组织的调查成果“问世之后，使世人因而了解老大帝国的实情，获得了有识之士莫不感奋”的赞誉（注：黄福庆：《甲午战前日本在华谍报机构--汉口乐善堂与上海日清贸易研究所》，（台）中央研究院近代史所集刊第13号，1984年，第328页。）。该书不仅是日本最早有组织化的集体调查的成果，也是日本以实际调查所得资料将中国的社会、政治、经济等问题加以综合整理公诸于世的最初文献。后来的东亚同文书院学生调查旅行的成果--《支那省别全志》，也是模仿《清国通商综览》编纂方式而来的。