1905年，书院学生林出贤次郎、波多野养作等人受日本政府委托开始奔赴新疆伊犁调查，这是英日同盟成立之后，为了共同的利益而进行的，双方约定合作调查俄国在远东的势力，英方负责从印度到新疆西南之线的调查，日方调查从新疆伊犁到蒙古的库仑之间的地区。7月18日，林出贤次郎从北京出发，单骑出玉门关，经吐鲁番、乌鲁木齐、直达伊犁历时一年多；波多野养作则历时21个月，从乌鲁木齐折向青海、宁夏而返。另外三名学生分别赴乌里雅苏台、库伦、布多等地。林出贤次郎等人调查结束后，完成了《外蒙古视察复命书》等报告，日本政府通过学生的调查报告获得了中国的许多鲜为人知的实情，对日本政府的决策有十分重要的参考价值（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第101页。）。鉴于书院完成了这次“负有国家重大使命的大旅行”，从1907年，日本外务省出资3万元（每年1万元）作为书院中国旅行的补助金，大旅行有了经济保障，遍及中国各个角落的大旅行开始进入了成熟期（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第112～113页。）。大旅行调查一直进行到学校关闭，参加中国大旅行的书院学生达5000人，旅行路线700多条，足迹遍及除西藏以外的中国所有省份，个别的调查小组最远的到达东南亚、俄国的西伯利亚及远东地区，这些调查活动经过整理之后，除了书院保存之外，还必须送参谋本部、外务省、农商务省各一份，这样调查活动就与日本侵略中国的军事、政治、经济行径连在一起，书院为日本侵略中国提供了大量的情报。抗日战争期间，有不少学生直接参加侵华战争或做随军翻译。
    1913年7月初具规模的书院被战火所毁，书院只得临时在日本长崎县大村町租借寺庙临时上课。
    赫司克而路临时校舍时期（1913.10--1917.4）。由于旧校舍为战火所毁，1913年10月，在上海赫司克而路33号的临时校舍建设完成。大村的师生和大旅行中的三年级学生也回到书院。
    1914年，为开发中国资源培养人才，东亚同文会向日本政府建议增设农工科。经日本政府同意，书院于当年9月增设农工科，该科历时8年，由于财政上的困扰，到1922年6月废止。先后共毕业60名学生。
    在此期间，书院又在公共租界的西端，靠近法租界的徐家汇虹桥路购买了土地，开始了新校舍的建设。由于高昌庙校舍是在战火中被焚的，日本借此向中国索取所谓赔偿金作为新校舍的建设费达22.5万元，在此基础上东亚同文会拨付了一部分资金，书院的师生集资一部分，共耗资35万元，新校舍于1917年4月22日正式竣工（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第113页。）。
    徐家汇虹桥路校舍时期（1917.4--1937.9）。1917年4月书院迁到徐家汇新校舍，时间长达20年。
    1918年书院向日本政府申请新设中华学生部，经帝国会议批准后于1921年正式招生，到1931年停止招生，中国学生在书院所占的比例很小。
    1918年10月，为更积极地、有组织地研究中国，成立了以教头森茂为部长的中国研究部（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第119页。）。
    1920年起，为了与日本国内学校教育同步，将入学时间由8月改为4月，学制由三年延长到四年（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第120页。）。
    1921年的2月，书院制作了新的院旗，院旗为紫绀色，在旗的中央用金丝绣上“同文”两字。书院还为院旗举行了创定式（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第120页。）。同年7月，根据日本政府13日第328号敕令，书院为外务省直接管辖的专门学校（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第150页。）。
    1935年，书院为纪念书院的开拓者，在虹桥路建成以近卫笃麿、荒尾精、根津一为祭神的靖亚神社。
    1937年7月日本发动全面的侵华战争。9月15日上海市警察局接收了同文书院，书院的师生只得到长崎避难。10月18日长崎的临时校舍开设。10月徐家汇校舍被战火烧毁。物产馆存放的从中国各地搜索的物产样品8千余件遭毁坏，图书馆被烧，其中被烧毁的日文书25000余册，汉文书52000余册，西洋书籍8200余册，共计85300余册（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第155页。）。校舍经过这次炮火的袭击，基本上荡然无存。
    租借交通大学时期（1938.4--1945.8）。1938年4月，书院临时租用交通大学做临时校舍，于17日举行了开学典礼。书院租借交大一借就是7年，一直到1945年8月日本战败才关闭。在此期间，书院升格为大学。
    东亚同文书院大学时期（1939.1--1945.8）。1937年书院到长崎避难后，在书院里上至大内院长，下至在校的学生和教师希望书院升格为大学，已毕业的书院生也希望母校升格为大学。大内院长就东亚同文书院的升格问题，向毕业生发出了一封信，寻求赞同和支持。信的主要内容为“伴随着战局的扩大，开战以后书院应该发挥更加重大的使命，为了完成这个使命，首先应该采取对国家最有效的合适的方法，作为具体的手段是把书院升格为大学，在规模、学生数增大的同时，有必要在教育方面进行扩充。在今后的战后工作中，培养更多的人才是必要的。培养的学生不是只知书本上的知识，很有必要培养成能广泛地参与东亚事务，高瞻远瞩的栋梁之材。为了改变很容易就被学阀左右的日本社会，书院升格为大学很有必要，这个时期是把本书院作为中国研究的最高学府的绝好机会。”（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第156页。）1938年1月，书院与同文会及有关方面就此事进行了磋商。东亚同文会对这个建议也十分赞同。1938年11月8日，由近卫文麿会长向有田八郎外务大臣提交了《东亚同文书院设立申请书》。书院在12月9日正式成立了“大学升格准备委员会”，1939年1月得到国会的同意，决定将同文书院升格为大学。但公布的日期却是同年12月26日，对大内畅三的任命是在1940年1月28日（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第162页。）。而1939年4月入学的学生作大学预科的第一学年。
    东亚同文书院的完结。1943年10月，随着日本在中日战场的吃紧，学生动员制度强化了，针对书院征兵犹豫的特殊恩典停止了，月末实行临时征兵检查（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第163页。）。到1944年10月，随着时局的重大变化，编成学徒劳动队，在陆海军的军需工场进行劳动服务（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第96页。）。1945年战况对日本越来越不利，上海至长崎的航线十分困难，46期学生已不能到上海。
    1945年5月，通过与各方面的交涉，借用富山县吴羽所在吴羽航空机株式会社的工场和宿舍作为新的校舍。1945年9月15日，日本投降一个月之后，中国军队进驻书院租借的交通大学，开始对书院大学进行接收。接收机关是“教育部京沪特派员办公处”，负责人是蒋复瑰，而图书是郑振铎对照目录直接接收，包括华语部的诸位教授长达十几年制作的华语辞典卡片、学生的调查报告书等。但书院大学的学籍簿、成绩簿因为被当时的校长本间喜一藏匿，所以未被接收。两簿现存于日本爱知大学。与书院有关系的人从1946年1月开始到4月末基本都归国了。书院的历史彻底结束了。代之而起的是爱知大学。