二、甲午战争后的学校
    甲午战争后，在日本兴起了中国问题研究热，热心中国事务的人士组织了许多有关的“兴亚“的组织团体、机构。东亚同文会就是其中之一。
    东亚同文会的前身分别是东亚会和同文会，由于两会目的相同，并且人员相互交错，1898年11月2日两会按大隈重信的要求，经过协商正式合并，合并后更名为东亚同文会，会长为近卫笃麿，副会长为长冈护美，陆实任干事长。从1899年开始，东亚同文会每年都可以从外务省机密费中获得4万日元津贴。东亚同文会也忠实地向外务省汇报情况和报告，这使该会打上半官方的印记，成为本世纪初20多年间日本对中国进行研究及文化事业最重要的机构（注：任达著，李仲贤译：《新政革命与日本--中国，1898-1912》，江苏人民出版社，1998年，第35页。）。
    1899年春，东亚同文会召开春季大会，制订了四项建会纲领：①“支那保全”；②扶助支那及朝鲜的改善；③研究支那时事，以期行动；④唤起社会舆论（注：东亚同文会编，胡锡年译：《对华回顾录》，商务印书馆，1959年，第470页。）。
    其中，创办学校是东亚同文会经略中国最主要的内容之一。
    1、南京同文书院。1899年10月，时任两江总督的刘坤一在南京会见了从欧美各国巡游回国，途径上海的近卫笃麿。在近卫到来之前，刘坤一已经会见过日本参谋本部川上操六派遣的神尾光臣、宇都宫太郎和福岛安正等人，尤其是1899年4月，刘坤一在南京与福岛安正会晤后，向日方传达了一个信息，希望雇请日籍教师及专家来华，以图在军事、矿务及工业等方面实现现代化”（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第76页。）。因此，当近卫向刘坤一介绍东亚同文会的宗旨，打算在中国创办学校，并希望得到刘坤一的支持和帮助时，早有此意的刘坤一爽快地答应了近卫的要求（注：东亚同文会编，胡锡年译：《对华回顾录》，商务印书馆，1959年，第488页。）。同年12月，刘坤一会晤了日本驻上海总领事小田切万寿之助和东亚同文会的代表，会晤的结果是成立南京同文书院，招收中日两国学生（注：任达著，李仲贤译：《新政革命与日本--中国，1898-1912》，江苏人民出版社，1998年，第97页。）。担任院长的是东亚同文会的干事长佐藤正。不久，佐藤因病辞职，由根津一接任。
    南京同文书院招收中日两国学生，目的是使两国学生增深了解，加强友谊，作为将来提携的基础。学制三年。招生办法是：每年从各府县招收二至三名的公费生，后来又招收了同文会留学生、农商务省海外实施业绩练习生、自费生，第一届共招收了20人左右（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第79页。）。学生分两个班，同文会的留学生和有一定外语素养的为第一班，其他的人为第二班（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第80页。）。学院开学三个月后，义和团运动已经从华北波及到了长江流域。书院听从刘坤一的建议，将书院的师生迁到上海跑马场附近的退省路（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第86～87页。）。南京同文书院的历史结束。
    2、东亚同文书院。1900年8月，迁到上海的南京同文书院，改名为东亚同文书院，院长根津一，教头兼监督菊池谦三郎。
    东亚同文书院在《创立东亚同文书院要领》上阐明了书院的“兴学要旨”和“立教纲领”。“兴学要旨”是“讲中外之实学，育中日之英才，一可以树中国富强之基，而可以固中日辑协之根。期望保全中国，制定东亚久安之策，立宇内永和之计。”“立教纲领”即“德育为经，施教圣经贤传。智育为纬。”目的是希望学生成为各自通达强立，国家有用之士，当世必需之才。
    东亚同文书院也是从日本各地府县选拔来的。第一期学生共从一府十六县招收了公费留学生51名，再加上自费生4名，共计55名。
    第一期学生到上海之前，于1901年4月30日在东京华族会馆举行了入学式。在入学式上，近卫会长叙述了书院设立的经过，并对他们提出了要求；根津讲述了将全体学员召集到东京的深刻含义。入学式之后，学生先后到东京、大阪、神户、京都等地参观，后来又增加了拜谒皇宫。这种入学形式成为书院的一个传统。由于学生在各大城市参观时所住的旅馆都是当地最好的旅馆，这种入学式给学生留下了终生难忘的印象（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第87页。）。
    由于东亚同文书院自建院以来，始终处于动荡的战争年代，所以校址也几次变迁。
    退省路时期（1900.8--1901.4）。刚刚迁到上海的临时校址是原日清贸易研究所的地址。书院在此存续8个月。
    桂墅里时期（1901.5--1913.7）。1901年5月，书院从临时住所移到高昌庙桂墅里，5月26日，东亚同文书院举行了开院式，参加开学典礼的有东亚同文会的副会长长冈护美子爵，日本驻上海总领事小田切等人，中国方面参加开学典礼的有两江总督兼南洋大臣刘坤一的代表上海道台袁勋树、湖广总督张之洞的代表上海知县刘怡、盛宣怀等中外人士数百名。张之洞将刻有《诗经》的石刻作为纪念赠送给书院（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第91页。）。
    书院成立之初，有两个专业，一是商务科；一是政治科；学制三年。到了1918年政治科停止招生，该科最后的毕业生是在1921年6月（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第98～99页。）。
    1901年11月，书院将学生分为两班，赴苏州、杭州进行见学旅行，这是为今后的中国内地旅行做准备，这一活动成为后来历届见学旅行的恒例而坚持下来。1902年8月，一期生38名在森茂教授的带领下，赴山东的芝罘、威海卫进行为期两周的修学旅行。可以说是中国内地旅行的肇始。同年12月，部分一期生赴汉口旅行（注：沪友会：《东亚同文书院大学史》，1982年，第81页。）。
    1902年书院学友会创立。活动内容分为两大类，一类是座谈性质的茶话会；另一类是组织体育活动，学友会包括四个部（网球部、棒球部、远足部、击剑部）。学生都是会员，目的是为了丰富学生的业余文化活动，使学生之间进行了解、沟通，增进学生之间的友谊，也缓解学生的思乡之苦。（注：薄井由：《上海同文书院大旅行研究》，上海书店出版社，2001年，第12页。）