2007年8月5日，典志组组长郭成康教授、联系专家牛润珍教授专程赴湖北大学，与《思潮志》项目主持人周积明教授就《思潮志》编纂工作中的有关问题进行了深入研讨。其间，双方对于《思潮志》中不设“理学篇”达成共识。2007年10月20日，典志组在湖北大学召开《清史·典志·思潮、朴学、西学志》编纂工作会议。与会专家亦认为《思潮志》中不宜设理学篇。但是，会议提出，典志·思想学术类在设置朴学、思潮、西学三志的同时，有必要考虑清代的主流意识形态--理学。由于理学不是思潮，因此不适于放在《思潮志》中，而有必要在朴学、思潮、西学三志外独立立志，篇幅可在15万字左右。这样，思想学术类似更为结构完善。与会者建议典志组向清史编纂委员会提出这一设想，并召开是否增设《理学志》的专家论证会。至此，扬州大学会议上提出的要关注理学的想法和意见，经过两年多《思想文化志》和《思潮志》的编纂实践，更加明确化，具体化。如果这一意见能够被清史编纂委员会采纳，典志·思想学术类的结构将更加完善。
    (2)《实证思潮篇》的存废
    由于在设置《思想文化志》的同时，典志·思想学术类还设置了《朴学志》，朴学本身就是清代实证思潮的最重要体现，因此，《思想文化志》最初在设计篇目时是没考虑实证思潮的。2004年7月，戴逸主任指出：“清中叶学界精神在于实证”，故建议增加《实证之学篇》。课题组采纳了戴逸先生意见，在《思想文化志》中设置了《实证思想篇》。2006年2月，《思想文化志》改为《思潮志》后，戴逸主任权衡整体布局，觉得《实证思想篇》可能会与《朴学志》相重合，遂建议拿去《实证思想篇》。周积明于2006年2月26日致函戴逸主任，在同意这一意见的同时提出补充建议。信中说：“先生指示从《思潮志》中拿去‘实证思潮’篇，积明以为甚好。‘实证思潮’篇的资料长编正在进行中，最感踯躅的就是如何力避与《朴学志》的交叉重合，实际上，这两块分开是有些问题的，因此，取消《思潮志》的相关内容是适宜的。但由此带来的另一问题是，《朴学志》在设计时仅偏重于实践方面，而乾嘉时期朴学的一个重要思想基础是‘气本论’哲学，作为完整的《朴学志》不能或缺这一方面内容，建议在《朴学志》开篇增加相关篇目。此建议仅供您和祁先生参考。”2006年4月，蟹岛会议召开，会上围绕“实证思想”由谁来写有较大分歧。《朴学志》坚持不写“思想”，只写朴学的研究方法和实践。《思潮志》也无所适从。自此，《实证思想》之归属始终悬而未决。故2006年6月30日，《思潮志》课题组向典志组提交的纲目是：“经世、洋务、维新、革命思潮”，另将“实证思潮”附后，是否撰写，待定。然而，正如戴逸主任所指出，清中叶学界精神在实证，无论是《朴学志》还是《思潮志》，总要给实证思想、实证精神、实证价值观一席之地。为此，典志组在反复调研的基础上，决定《思潮志》中增加《实证思潮篇》。在初步的写作实践中，我们感到事实上《实证思潮》和《朴学志》是完全可以做到不重合的。“实证”一词，意谓确凿的证据，与空言、虚谈相对。郦道元《水经注》三九《庐江水》曰：“世称庐君，故山取号焉，斯耳传之谈，非实证也。”沈约《宋书》卷六十九列传第二十九《范晔传》曰：“晔狱中与诸甥侄书以自序曰：性别宫商，识清浊，斯自然也。观古今文人，多不全了此处，纵有会此者，不必从根本中来。言之皆有实证，非为空谈。”故重证据、重验证、重实测，乃实证思潮之基本内涵。朴学的兴起当然是实证思潮最有力的表现，但实证思潮并不限于朴学。实证思潮的哲学依据是“气本论”，“理，形而上者，气，形而下者”。主张气本，故关注形下，强调现实世界具体的事物，重经验，讲实证。实证思潮的第二个层次，是实证价值观，这就是凌廷堪说的：“昔河间献王实事求是。夫实事在前，吾所谓是者，人不能强辞而非之。吾以为非者，人不能强辞而为是也。如六书九数及典章制度之学是也。理在前，吾所谓是者，人可别持一说以为非；吾所谓非者，人亦可别持一说以为是也，如理义之学是也。”同时，实证还包括重实验、重观测、重阅历。如上这些内容，并非朴学可以涵盖的。因此，于《朴学志》外，在《思潮志》中专设《实证思潮篇》也是有学理依据的。
    三、走向成熟
    二年来的反复周折，是一个学术研究和撰史修史的探索过程，这个付出是必要的，正常的，如果没有这个反复，一落笔就顺理成章，如有天助，那倒是咄咄怪事，尤其是对于《思潮志》来说。但是，也正是经过这样一个反复和探索，《思潮志》在撰写思想上逐步走向成熟，对于写什么、怎样写，有了更明确的理解。
    （一）撰写《思潮志》，首先要明确什么是“思潮”，这是《思潮志》撰写成功的关键。梁启超关于“时代思潮”的定义实际上已经揭示了“思潮”的形态、特征以及如何写的问题。梁启超说：“凡文化发达之国，其国民于一时期中，因环境之变迁，与夫心理之感召，不期而思想之进路同趋于一方向，于是相互呼应，汹涌如潮然。始焉其势甚微，几莫之觉，寝假而涨-涨-涨，而达欲满度，过时焉则落，以渐至衰息。凡‘思’非皆能成潮，能成潮者，则思必有相当之价值，而又适合于时代之要求者也。”梁启超之说，揭示了“思潮”的如下内涵：其一，“环境之变迁”与“心理之感召”是思潮形成的前提条件；其二，思潮的特征是“汹涌如潮”，也就是说，一个时代，一个时期，大家都在考虑什么问题，关心什么问题，讨论什么问题，这就是思潮。其三、思潮有起伏，即潮起、渐涨、高潮、潮落。思潮又有正负两面，追随簇拥是思潮，抗拒反抗也是思潮，因为，这个抗拒和反抗也是受了思潮的支配，正如钱钟书所说，“他不得不另出手眼来逃避或矫正他所厌恶的风气。”（《中国诗与中国画》）其四、“思潮”是阶段性的，一个时期有一个时期的思潮，而不同时期“思潮”的潮兴与潮落，正构成环环相扣、相推相挽的历史运动，反映了社会的变迁、文化心理的变迁。撰写《思潮志》，就要在梁启超关于“思潮”的定义上推衍开，在紧紧把握思潮的核心命题的同时，也要充分注意思潮主流中的反潮流以及新思潮的酝酿，这样一定能写好《思潮志》。
    （二）《思潮志》如何布局，这是二年来反复讨论和探索的问题。现在回过头来看，戴逸主任最初提出的“经世、实证、洋务、政治变革”之布局，本身就指向思潮的起伏流变，故曰：“以上四篇，时序有别，宗旨各异，相推相挽，波澜迭起，奔流前进，其间派别纷陈，各立门户，标新立异，名家辈出，构成壮阔之清代思想文化大观。”纵看清代主流思潮，有几个大的演变：清初因明清鼎革之刺激，上承晚明经世实学思潮，学术务求经世，多为致用之学；清中叶专门汉学兴起，实证思潮蔚为主流。嘉道以降，社会危机渐现。鸦片战争败后，国势岌岌可危。经世思潮遂以复兴，竟成炎炎不可抑之势。咸同以降，洋务思潮、维新思潮、革命思潮次第兴起，相推相挽。故《思潮志》之布局，可设置为六篇：即“经世思潮篇（上）”、“实证思潮篇”、“经世思潮篇（下）”、“洋务思潮篇”、“维新思潮篇”、“革命思潮篇”。各篇之间虽加划开，但却非绝对。每一思潮都含有下一思潮的萌芽，上一思潮的遗产。如清初经世思潮中，实证思潮已有初兴；清中叶实证思潮中，经世思潮亦未泯灭，从而为嘉道经世思潮的兴起准备了思想资源；嘉道经世实学中，魏源之“师夷长技以制夷”之说，乃洋务运动之先声；洋务思潮中，不仅有器物改革要求，亦有制度改革之呼吁；维新立宪思潮在戊戌维新之前声势宏大，戊戌政变后也并未消灭，而是与革命思潮并立。凡此种种，皆显示了历史的错综与复杂。依次六篇布局不仅能体现新修《清史》“事以类从、依时叙事”的编纂原则，而且也能充分展现清代思潮相推相挽、层叠推进的历史运动。