司马谈因不得参加汉武帝的封禅大典而发愤且卒。可见，他对汉武帝的封禅是很感兴趣的，是盼望已久的，而自己不得从行，而认为是命中注定的，十分遗憾。他曾对司马迁说：“今天子接千岁之统，封泰山，而余不得从行，是命也夫！是命也夫！”（《太史公自序》）而封禅，则是儒生们热衷于提倡而颂扬的。《封禅书》中记载：“今天子初即位，尤敬鬼神之祀。元年，汉兴已六十余岁矣，天下艾安，搢绅之属皆望天子封禅改正朔也，而上乡（向）儒术，指贤良赵绾、王臧等以文学为公卿，欲议古立明堂城南，以朝诸侯。草巡狩、封禅，改历服色事未就，今窦太后治黄老言，不好儒术，使人微伺得赵绾等奸利事，召案绾臧，绾臧自杀，诸所兴皆为废。”可以看出，封禅诸事是儒生们所搞的一套，道家是极力反对的。而司马谈到了汉武帝中期，也热衷于封禅，其思想与儒家思想合拍了。梁玉绳先生曾有一段评论云：“封禅之诬、君子嗤之，即《封禅书》亦深讥焉。而乃以其父不与为恨乎？《咫闻录》曰：‘太史谈且死，以不及与封禅为恨，相如且死，遗封禅书以劝。当时不独世主有侈心，士大夫皆有以启之。’”（《史记志疑》卷三十六）从这件事中看出，司马谈思想中儒家成分是很重的。事实上，举行封禅，是当时朝野上下十分关心、十分看重的事情。封禅标志着汉兴到了极盛时期，人人忘情、陶醉于此。生活在这一时期的司马谈不可能不受到影响。
    司马谈在临终嘱咐中云：“且夫孝始于事亲，中于事君，终于立身。扬名于后世，以显父母，此孝之大者。”这段话原出于儒家著作之一的《孝经》。《孝经》曰：“身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也；立身行道，扬名于后世，以显父母，孝之终也。夫孝始于事亲，中于事君，终于立身。”司马谈用儒家的纲常伦理来嘱咐儿子，可见儒家思想在司马谈思想中并不是一般的，而是打下了深深的烙印。接着他要司马迁像周公、孔子那样，撰成史书，以记载汉兴以来的“明主贤君忠臣死义之士”。他认为周公“能论歌文武之德，宣周邵之风，达太王王季之思虑，爰及公刘，以尊后稷也。”因而得到天下人的称颂。他用这话来开导儿子，意思是说，要通过撰史，把汉兴以来君臣的事迹记载下来，以流传于世，发扬光大。这汉兴以来，当然包括那些推行儒家政治，崇尚儒学的汉武帝以及汉武帝时代的一些文武大臣。他认为孔子是“修旧起废”，论《诗》《书》，作《春秋》，成为历代学者的法则，他要儿子继周公、孔子，成为第二个周公，第二个孔子。司马谈还对孟子的“五百年必有王者兴”的臆说深信不移，认为是“自周公卒五百岁而有孔子，孔子卒至于今五百岁。”感到自己继周公、孔子当仁不让。撰史颂德，是历史和时代赋予自己的重大历史使命。从司马谈临终嘱咐的全部内容来看，尽管史官之职原出道家，但却全用儒家一套嘱咐儿子，用儒家的道德标准来要求儿子。即使是要儿子继承史家传统，撰史以流于世，也是意欲与儒家六艺相比媲。可见，司马谈的思想在汉武帝即位时是倾向道家的，但后来渐渐受儒家思想的熏陶，受时代风气的影响，渐渐地由推崇道家而变得推崇儒家了。
    但话又说回头，司马谈在后期推崇儒家，并没有把儒家与道家对立起来。汉兴以来的黄老政治对他有着强烈的影响，在他的思想深处还是推崇道家的。他在《论六家要指》中，推崇道家，并对儒家有所批评，而在元封元年的临终嘱咐中，推崇儒学，并没有批评道家。因此，对司马谈思想的表述，应当是以道家为根基，以儒家为主干。儒道思想对司马谈都有很深的影响。因此，那种单凭《要指》来下结论，认为司马谈的思想是道家的，而不是儒家的，其认识是片面的。
    三、司马迁对其父思想的继承与发展
    不少论者认为，司马谈是崇道的，司马迁意则尊儒，父子二人的思想是对立的。这种认识对不对呢？可以说，司马迁思想的形成，很重要的就是受其父思想的影响，如果忽视司马迁父子思想的承继关系，也是不正确的，不科学的。不过，司马迁与其父相比，其思想更有所发展。
    司马谈当初对道家十分推崇，认为，“道家无为，又曰无不为，其实易行，其辞难知。”（《太史公自序》）司马迁在史书的撰述中也贯穿着这种思想。他写汉兴以后六十多年实行黄老政治，无为而治，其基本思想和司马谈的这一思想是十分相近的。他对实行黄老政治的吕后、文景帝是十分推崇的。对吕后，虽然对他的立诸吕为王等极为不满，在本纪中极写其残忍以及陈平、周勃平定诸吕的功绩，而在结语中，对吕后执掌朝政的功绩是充分肯定的，认为：“孝惠皇帝，高后之时，黎民得离战国之苦，君臣俱欲休息于无为，故惠帝垂拱，高后女主称制，政不出房户，天下晏然，刑罚罕用，罪人是希，民务稼穑，衣食滋殖。”（《吕太后本纪》）汉文帝实行了一系列有利于人民休养生息的措施，如和戎安兵，亲耕劝农，减刑宽法，司马迁赞不绝口，称为“有德君子”。（《律书》）对汉兴以后辅佐帝王推行黄老政治的萧何、曹参等也是十分欣赏，称赞萧何“因民之疾秦法，顺流与之更始”，“位冠群臣，声施后世”；（《萧相国世家》）称赞曹参“为汉相国，清静极言合道，然百姓离秦之酷后，参与休息无为，故天下俱称其美矣！”（《曹相国世家》）对汉兴七十余年实行黄老政治所取得的政绩，司马迁在《平准书》中作了充分的肯定，给予高度赞扬。汉武帝即位后，崇尚儒术，重用儒生，司马迁虽然生活在汉武帝时代，对汉武帝以及以儒学为官的朝廷大臣并不怎么尊重，常常是批评夹带讥讽，而对在当时信奉黄老的汲黯却给予很高的评价，写他是一个“社稷臣”。通观《史记》可以看出，司马迁写了汉武帝即位后的那么多文武大臣，如卫青、霍去病，如公孙弘、张汤，如窦婴、田蚡，如石奋、张叙，没有哪一个能跟汲黯相比。可以看出，司马迁对道家是十分推崇的，其推崇的称度并不亚于其父司马谈。
    司马谈后来对儒家亦十分推崇，特别是对孔子修《春秋》给予很高的评价，要司马迁继孔子《春秋》而撰史，司马迁并没有违背父亲的意愿，对孔子《春秋》亦给予很高的评价。这从他在《自序》中所写的就可以看出这一点。称是“《春秋》以道义”、“辨是非，长于治人”，“是礼义之大宗”。在《史记》中，司马迁在一百多处引用孔子的言论来褒贬历史人物，来评论历史是非。司马谈在《论六家要指》中批评儒家“博而寡要，劳而无功，是以其事难尽从”，司马迁在《史记》中亦表明这样的意思。他写孔子一生东奔西跑，无所成就，孔子弟子也大多是碌碌无为；孟子亦是一生不得志；对汉儒，更是饱含着批评之意。对儒家的评价，司马迁父子的思想是基本相同的。
    司马谈在《要指》中对其它各家有肯定，有批评，司马迁在《史记》中对各家学派代表人物的记叙，亦能领会其父的用意。这里仅举法家。司马谈对法家的评论是：“法家严而少恩，然其正君臣上下之分，不可改矣。”“法家不别亲疏，不殊贵贱，一断于法，则亲亲尊尊之恩绝矣。可以行一时之计，而不可长用也，故曰‘严而少恩’、若尊主卑臣，明分职不得相逾越，虽百家弗能改矣。”对法家严而少恩的缺点，司马迁在对法家人物的记叙中亦有类似的批评。批评吴起是“刻薄少恩”；批评韩非是“惨激少恩”；批评商鞅是“天资刻薄”，等等。司马迁对三个法家代表人物都批评他们少恩，和其父“严而少恩”是一个腔调。